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- PDB-4d2n: Crystal structure of deglycosylated serum-derived human IgG4 Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d2n
タイトルCrystal structure of deglycosylated serum-derived human IgG4 Fc
要素IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / IGG / IMMUNOGLOBULIN / IGG1
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis ...IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Davies, A.M. / Jefferis, R. / Sutton, B.J.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Deglycosylated Human Igg4-Fc
著者: Davies, A.M. / Jefferis, R. / Sutton, B.J.
履歴
登録2014年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
B: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
C: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
D: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8875
ポリマ－101,7954
非ポリマー921
水21612
1
C: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
D: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8972
ポリマ－50,8972
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-12.4 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
2
A: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
B: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9893
ポリマ－50,8972
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.945, 196.945, 96.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8582, 0.5133, 0.0078), (0.5134, 0.8581, 0.0085), (-0.0024, 0.0113, -0.9999)-0.5206, 0.1066, 49.042
2given(-0.282, -0.2012, 0.9381), (-0.2381, -0.9325, -0.2716), (0.9294, -0.2999, 0.2151)-60.314, -129.0635, 15.9454
3given(0.1108, -0.2853, -0.952), (-0.3082, -0.9205, 0.24), (-0.9448, 0.2668, -0.1899)-13.0665, -141.838, 28.8137

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要素

#1: タンパク質
IG GAMMA-4 CHAIN C REGION


分子量: 25448.658 Da / 分子数: 4 / 断片: FC FRAGMENT, RESIDUES 102-327 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01861
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ASN297 CONVERTED TO ASP THROUGH ACTION OF PNGASE F ENZYME

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: RPIM VALUES OF 0.04 OVERALL AND 0.61 OUTER SHELL
結晶化温度: 291 K / pH: 7
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 291K USING A RESERVOIR OF 100MM BIS-TRIS PROPANE PH7.5, 20% PEG 3350 AND 200MM SODIUM CITRATE, AND A PROTEIN CONCENTRATION OF 6MG/ML.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→53.7 Å / Num. obs: 30902 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 68.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 20 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C54

4c54


解像度: 2.7→53.682 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1545 5 %
Rwork0.2045 --
obs0.207 30889 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→53.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6310 0 6 12 6328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6038885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.432290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0241013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.78720.37761380.33682614X-RAY DIFFRACTION100
2.7872-2.88680.32911370.30782606X-RAY DIFFRACTION100
2.8868-3.00240.32031370.29062615X-RAY DIFFRACTION100
3.0024-3.1390.30771400.26652645X-RAY DIFFRACTION100
3.139-3.30450.28231370.25052605X-RAY DIFFRACTION100
3.3045-3.51150.30361400.21972652X-RAY DIFFRACTION100
3.5115-3.78250.24491400.20872661X-RAY DIFFRACTION100
3.7825-4.1630.29171390.18942645X-RAY DIFFRACTION100
4.163-4.76510.19061420.15232691X-RAY DIFFRACTION100
4.7651-6.00230.21331430.16282722X-RAY DIFFRACTION100
6.0023-53.69290.24191520.20472888X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27940.77360.67021.08720.1192.0813-0.0310.3539-0.6051-0.1702-0.0349-0.36870.24470.0387-0.25890.6293-0.14490.0510.5126-0.09950.6461-37.9964-60.709622.504
20.9584-0.08110.16380.17010.27491.14230.011-0.02750.2318-0.05180.0472-0.0492-0.1448-0.06110.00010.35350.00020.08430.31030.01940.3791-18.7776-34.7722.7682
30.59970.01660.55130.7276-0.39631.368-0.1105-0.1912-0.48760.53-0.05240.1557-0.16-0.08490.14980.8171-0.12030.15470.4615-0.05590.70980.2464-71.855928.2262
41.1583-1.0953-0.40970.75660.05671.09170.01040.02640.07930.0663-0.03350.08070.1414-0.0186-0.00030.3264-0.07480.05390.2972-0.08660.3234-1.1621-47.622124.9359
50.39990.0951-0.01960.3768-0.03570.01340.3028-0.12440.32210.25010.50320.21360.1848-0.63750.05530.984-0.37930.02870.7494-0.11080.53-19.6124-76.49555.4183
60.0359-0.08980.06420.0588-0.03320.0098-0.41880.5894-0.40360.38390.7629-0.5269-1.07150.2446-0.00011.1269-0.13560.20030.7445-0.1050.9837-15.5198-61.26893.1598
70.31820.4136-0.09420.7122-0.47460.46760.24420.0057-0.1915-0.3992-0.0085-0.088-0.602-0.6306-0.0810.9469-0.03110.18881.01360.03230.9479-20.178-64.31022.7932
8-0.04760.0231-0.03160.1269-0.11940.0604-0.06250.0625-0.1497-0.11940.0568-1.0367-0.0707-0.2438-0.00010.8155-0.27110.15860.7981-0.29210.9631-11.6562-73.05363.7993
90.68160.3505-0.06681.07250.16670.7867-0.41010.3005-0.4958-0.34330.4044-0.01260.1561-0.061-0.02440.7752-0.30350.00210.5089-0.05310.6685-27.8733-98.440514.8434
100.43410.33620.73380.11020.27580.8303-0.0752-0.05440.0249-0.40240.24810.00720.07290.0975-0.00010.8774-0.23570.01870.5698-0.01720.5615-20.7473-70.194542.8245
110.2236-0.33990.22270.8053-0.43090.26410.3825-0.1701-0.1903-0.1976-0.2389-0.2151-0.08820.3931-0.14870.8648-0.10490.12670.8422-0.31970.7665-15.4234-66.176945.4379
121.0074-0.68730.67620.70090.13140.81820.0446-0.11990.0820.1592-0.4896-0.305-0.0433-0.4817-0.00010.7368-0.21990.03520.72240.00780.5853-29.4913-71.74442.8667
131.12040.48190.04310.80690.23371.26020.2268-0.1501-0.54040.5316-0.38090.13660.23280.08-0.00730.7645-0.2153-0.05590.43290.06950.6024-27.0788-99.926231.9594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 236 THROUGH 336 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 337 THROUGH 444 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 238 THROUGH 299 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 300 THROUGH 443 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND (RESID 237 THROUGH 264 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 265 THROUGH 279 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 280 THROUGH 301 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 302 THROUGH 337 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESID 338 THROUGH 443 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESID 235 THROUGH 279 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND (RESID 280 THROUGH 301 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND (RESID 302 THROUGH 346 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN D AND (RESID 347 THROUGH 443 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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