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- PDB-4d0u: Crystal structure of the fiber head domain of the Atadenovirus sn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0u
タイトルCrystal structure of the fiber head domain of the Atadenovirus snake adenovirus 1, selenomethionine-derivative
要素FIBER PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Atadenovirus fibre, head domain / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種SNAKE ADENOVIRUS 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Singh, A.K. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the fibre head domain of the Atadenovirus Snake Adenovirus 1.
著者: Singh, A.K. / Menendez-Conejero, R. / San Martin, C. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2013
タイトル: Crystallization of the C-terminal domain of the fibre protein from snake adenovirus 1, an atadenovirus.
著者: Singh, A.K. / Menendez-Conejero, R. / San Martin, C. / van Raaij, M.J.
#2: ジャーナル: Archives of Virology / 年: 1993
タイトル: Physicochemical Properties and Cytopathogenicity of an Adenovirus-Like Agent Isolated from Corn Snake (Elaphe Guttata).
著者: Juhasz, A. / Ahne, W.
#3: ジャーナル: Virus Res. / 年: 2008
タイトル: Completion of the Genome Analysis of Snake Adenovirus Type 1, a Representative of the Reptilian Lineage within the Novel Genus Atadenovirus.
著者: Farkas, S.L. / Harrach, B. / Benko, M.
履歴
登録2014年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Data collection
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02018年12月19日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / struct_conn / Item: _atom_site.label_alt_id
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBER PROTEIN
B: FIBER PROTEIN
C: FIBER PROTEIN
D: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,68810
ポリマ－62,5634
非ポリマー1,1256
水9,620534
1
A: FIBER PROTEIN
B: FIBER PROTEIN
C: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6778
ポリマ－46,9223
非ポリマー7555
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-40.5 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
2
D: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子

D: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子

D: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0336
ポリマ－46,9223
非ポリマー1,1113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
Buried area4190 Å2
ΔGint-21.7 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.540, 149.540, 149.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1345-

SO4

21B-1346-

SO4

31B-1346-

SO4

41B-2054-

HOH

51B-2121-

HOH

61C-2116-

HOH

71D-2018-

HOH

81D-2112-

HOH

91D-2137-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.36934, 0.36594, -0.85421), (0.46967, 0.86667, 0.1682), (0.80187, -0.33908, -0.49197)68.53525, -14.77436, 98.75262
2given(-0.36896, 0.48796, 0.79105), (0.37773, 0.85637, -0.35207), (-0.84922, 0.16891, -0.50029)-0.31009, 0.14867, 0.73649
3given(0.85437, 0.36224, 0.3726), (-0.16615, -0.48896, 0.85634), (0.49238, -0.79354, -0.35757)-23.87586, -66.36921, 88.99033
4given(-0.36241, 0.38169, -0.85028), (0.47332, 0.86127, 0.18488), (0.80289, -0.33545, -0.49279)67.99879, -15.89412, 98.7602
5given(-0.49403, 0.78253, 0.37892), (-0.85407, -0.3552, -0.38), (-0.16277, -0.51135, 0.84382)-0.10372, 0.16201, 0.06348
6given(0.155, 0.51, -0.846), (0.496, -0.781, -0.379), (-0.854, -0.361, -0.374)0.43859, 0.10367, 0.66067

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要素

#1: タンパク質
FIBER PROTEIN / SPIKE / PROTEIN IV / FIBER PROTEIN OF THE ATADENOVIRUS SNAKE ADENOVIRUS 1


分子量: 15640.671 Da / 分子数: 4 / 断片: FIBER HEAD DOMAIN, RESIDUES 234-339 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SNAKE ADENOVIRUS 1 (ウイルス)
解説: SNAKE ADENOVIRUS 1 (SNADV1) WAS FIRST ISOLATED FROM THE CORN SNAKE ELAPHE GUTTATA, JUHASZ & AHNE, 1993, I.E. ADDITIONAL REFERENCE 2.
プラスミド: PET28C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CB96
#2: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL


分子量: 370.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細LEU322 AND LEU324 WERE MUTATED TO MET. THE C-TERMINAL PART OF THE SEQUENCE IS DIFFERENT, WE BELIEVE ...LEU322 AND LEU324 WERE MUTATED TO MET. THE C-TERMINAL PART OF THE SEQUENCE IS DIFFERENT, WE BELIEVE THE DATABASE SEQUENCE IS WRONG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 8.5, 10 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 0.085 M HEPES SODIUM SALT PH 7.5, 1.7%(V/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 400, 15%(V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9768, 0.9791, 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月26日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR SI(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97681
20.97911
30.97931
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 72960 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→29.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.324 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18854 1975 2.7 %THIN SHELLS
Rwork0.15797 ---
obs0.15884 70937 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.448 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3228 0 70 534 3832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193465
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9984684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.22009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3361.4051737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2012.0952175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4421.7491728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9352.4772503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.697 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 392 -
Rwork0.19 11269 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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