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- PDB-4d0k: Complex of Chaetomium thermophilum PAN2 (WD40-CS1) with PAN3 (C-term) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0k
タイトルComplex of Chaetomium thermophilum PAN2 (WD40-CS1) with PAN3 (C-term)
要素
  • A-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN2
  • PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3-LIKE PROTEIN
キーワードGENE REGULATION / WD40 DOMAIN / C-TERMINAL KNOB DOMAIN / DEADENYLATION / MRNA DECAY / PAN2-PAN3 COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PAN complex / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / mRNA processing / nucleic acid binding / protein kinase activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3700 / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal ...Helix Hairpins - #3700 / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
類似検索 - 構成要素
生物種CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Jonas, S. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: An Asymmetric Pan3 Dimer Recruits a Single Pan2 Exonuclease to Mediate Mrna Deadenylation and Decay.
著者: Jonas, S. / Christie, M. / Peter, D. / Bhandari, D. / Loh, B. / Huntzinger, E. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2014年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN2
B: PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3-LIKE PROTEIN
C: PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4413
ポリマ－82,4413
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-30.9 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.414, 93.568, 110.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.2537, -0.6872, 0.6807), (-0.6834, -0.3708, -0.6289), (0.6846, -0.6248, -0.3755)
ベクター: 52.8656, 3.9086, -53.6111)

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要素

#1: タンパク質 A-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN2 / PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN2 / PAB1P-DEPENDENT POLY(A)-NUCLEASE / PAN ...PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN2 / PAB1P-DEPENDENT POLY(A)-NUCLEASE / PAN DEADENYLATION COMPLEX CATALYTIC SUBUNIT 2


分子量: 51366.246 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40 DOMAIN AND CS1, RESIDUES 1-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類) / 株: DSM 1495 / プラスミド: PETMCN (PNYC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G0SAK8, poly(A)-specific ribonuclease
#2: タンパク質 PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3-LIKE PROTEIN / PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3 / PAB1P-DEPENDENT POLY(A)-NUCLEASE / PAN ...PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3 / PAB1P-DEPENDENT POLY(A)-NUCLEASE / PAN DEADENYLATION COMPLEX SUBUNIT 3 / A-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3


分子量: 15537.467 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERM, RESIDUES 448-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類) / 株: DSM 1495 / プラスミド: PETMCN (PNEA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G0S0Y3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE 3 N-TERMINAL RESIDUES OF CHAIN A REMAIN FROM THE PURIFICATION TAG THE 27 N-TERMINAL RESIDUES OF ...THE 3 N-TERMINAL RESIDUES OF CHAIN A REMAIN FROM THE PURIFICATION TAG THE 27 N-TERMINAL RESIDUES OF CHAINS B AND C REMAIN FROM THE PURIFICATION TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M KCL, 0.1M HEPES PH7.5, 15% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00004
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→47.63 Å / Num. obs: 60515 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CZX

4czx


解像度: 1.89→43.97 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A RESIDUES 346-457 WERE PROBABLY DEGRADED BEFORE CRYSTALLIZATION OR ARE DISORDERED. THE FOLLOWING RESIDUES WERE DISORDERED, CHAIN A -2-0, 19-20, 207-214, 329-333, 340, CHAIN B 448-450. ...詳細: CHAIN A RESIDUES 346-457 WERE PROBABLY DEGRADED BEFORE CRYSTALLIZATION OR ARE DISORDERED. THE FOLLOWING RESIDUES WERE DISORDERED, CHAIN A -2-0, 19-20, 207-214, 329-333, 340, CHAIN B 448-450. THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB CHAIN A 1, 18, 21, 215, 216, 334. THE FOLLOWING RESIDUES WERE REFINED WITH DOUBLE CONFORMATIONS, CHAIN A 28, 42, 77, 298, CHAIN B 531.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 3035 5 %
Rwork0.187 --
obs0.1884 60498 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4312 0 0 237 4549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8666010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.111649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8893-1.91880.36061160.35362208X-RAY DIFFRACTION85
1.9188-1.95030.30951360.28132624X-RAY DIFFRACTION100
1.9503-1.98390.27861330.24582557X-RAY DIFFRACTION100
1.9839-2.020.27761300.23372607X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.05880.2491470.23472591X-RAY DIFFRACTION100
2.0588-2.10080.23821510.22842593X-RAY DIFFRACTION100
2.1008-2.14650.24661310.2122576X-RAY DIFFRACTION100
2.1465-2.19640.23631410.1972633X-RAY DIFFRACTION100
2.1964-2.25140.26261390.20812604X-RAY DIFFRACTION100
2.2514-2.31220.2481350.19812607X-RAY DIFFRACTION100
2.3122-2.38030.24741370.20092586X-RAY DIFFRACTION100
2.3803-2.45710.25521380.19892639X-RAY DIFFRACTION100
2.4571-2.54490.22941400.19832605X-RAY DIFFRACTION100
2.5449-2.64680.25731370.19852641X-RAY DIFFRACTION100
2.6468-2.76720.21371360.19772615X-RAY DIFFRACTION100
2.7672-2.91310.20911360.1952630X-RAY DIFFRACTION100
2.9131-3.09560.23931410.20192640X-RAY DIFFRACTION100
3.0956-3.33450.20961370.20132642X-RAY DIFFRACTION100
3.3345-3.66990.17731410.17842658X-RAY DIFFRACTION100
3.6699-4.20060.19491420.16512680X-RAY DIFFRACTION100
4.2006-5.29090.18271420.14242703X-RAY DIFFRACTION100
5.2909-43.9810.20951490.18342824X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8721-0.0773-0.1970.8801-0.32540.777-0.0405-0.12180.1432-0.26580.0524-0.11180.02690.0426-0.05450.2283-0.05730.0020.258-0.00860.21440.106921.8283-37.8767
21.73260.2894-0.29571.9725-0.23131.9649-0.0715-0.0258-0.06380.4560.14610.2558-0.5014-0.05440.0712-0.0412-0.0451-0.02150.0019-0.05490.0418-1.707311.6972-5.8863
30.7958-0.59110.20471.7193-0.0761.46270.06240.1521-0.1821-0.3572-0.04790.07040.21370.03680.26090.3735-0.02270.08090.2892-0.00790.291910.481220.0916-53.1176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN B
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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