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- PDB-4d0d: COMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 8MER CHICKEN P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0d
タイトルCOMPLEX OF A B2 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 8MER CHICKEN PEPTIDE
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
  • SLP-76 ADAPTOR PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class I protein binding, via antigen binding groove / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex ...MHC class I protein binding, via antigen binding groove / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / SAM domain (Sterile alpha motif) / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / SH2 domain / Beta-2-Microglobulin ...: / SAM domain (Sterile alpha motif) / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / SH2 domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / SH2 domain superfamily / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I alpha chain 2 / Beta-2-microglobulin / Lymphocyte cytosolic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Chappell, P.E. / Roversi, P. / Harrison, M.C. / Mears, L.E. / Kaufman, J.F. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Expression levels of MHC class I molecules are inversely correlated with promiscuity of peptide binding.
著者: Chappell, P. / Meziane, E.K. / Harrison, M. / Magiera, L. / Hermann, C. / Mears, L. / Wrobel, A.G. / Durant, C. / Nielsen, L.L. / Buus, S. / Ternette, N. / Mwangi, W. / Butter, C. / Nair, V. ...著者: Chappell, P. / Meziane, E.K. / Harrison, M. / Magiera, L. / Hermann, C. / Mears, L. / Wrobel, A.G. / Durant, C. / Nielsen, L.L. / Buus, S. / Ternette, N. / Mwangi, W. / Butter, C. / Nair, V. / Ahyee, T. / Duggleby, R. / Madrigal, A. / Roversi, P. / Lea, S.M. / Kaufman, J.
履歴
登録2014年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_database_proc / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN
D: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN
G: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
H: BETA-2-MICROGLOBULIN
I: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN
J: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
K: BETA-2-MICROGLOBULIN
L: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,14612
ポリマ－189,14612
非ポリマー00
水1629
1
A: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2873
ポリマ－47,2873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PQS
2
D: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2873
ポリマ－47,2873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-30.5 kcal/mol
Surface area22220 Å2
手法PQS
3
G: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
H: BETA-2-MICROGLOBULIN
I: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2873
ポリマ－47,2873
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PQS
4
J: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2
K: BETA-2-MICROGLOBULIN
L: SLP-76 ADAPTOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2873
ポリマ－47,2873
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-37.6 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.080, 92.540, 223.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.90928, 0.07617, -0.40915), (0.0775, -0.9969, -0.01335), (-0.4089, -0.01957, -0.91237)23.06852, -40.77456, 99.01662
2given(-0.04658, -0.89999, 0.43342), (0.99884, -0.03655, 0.03145), (-0.01246, 0.43438, 0.90064)-65.5183, 21.24869, 76.87175
3given(-0.06587, 0.99775, 0.01249), (-0.99777, -0.066, 0.01022), (0.01102, -0.01179, 0.99987)-22.34212, -23.1485, 55.84542
4given(0.90966, 0.05919, -0.41111), (0.05435, -0.99825, -0.02347), (-0.41177, -0.00099, -0.91129)22.51104, -40.63344, 99.81913
5given(-0.0177, -0.89392, 0.44787), (0.9988, 0.00465, 0.04874), (-0.04566, 0.4482, 0.89277)-64.55205, 23.08082, 76.72356
6given(-0.06455, 0.99728, 0.03547), (-0.99739, -0.06563, 0.03019), (0.03244, -0.03343, 0.99891)-22.60219, -23.50065, 56.16111

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要素

#1: タンパク質
MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B2


分子量: 35349.094 Da / 分子数: 4 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 22-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 解説: B2 HAPLOTYPE / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS ROSETTA / 参照: UniProt: O46789
#2: タンパク質
BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11062.404 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 22-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS ROSETTA / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド
SLP-76 ADAPTOR PROTEIN


分子量: 875.086 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 159-166 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q9DG07
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1M MMT BUFFER, PH 7.0, 25% W/V PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979
検出器日付: 2011年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→88.08 Å / Num. obs: 32916 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 73.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.13→3.21 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSTHROUGH XIA2データ削減
AimlessTHROUGH XIA2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YF6

2yf6
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.13→81.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8066 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.556
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2986 1665 5.08 %RANDOM
Rwork0.2925 ---
obs0.2928 32760 99.11 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6305 Å20 Å20 Å2
2---4.9839 Å20 Å2
3----2.6467 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.882 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→81.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12102 0 0 9 12111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00712475HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8216969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4146SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes309HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1821HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12475HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1515SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12614SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.13→3.23 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3613 151 5.26 %
Rwork0.3608 2720 -
all0.3608 2871 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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