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- PDB-4d0c: COMPLEX OF A B21 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 10MER CHICKEN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d0c
タイトルCOMPLEX OF A B21 CHICKEN MHC CLASS I MOLECULE AND A 10MER CHICKEN PEPTIDE
要素
  • 10MER PEPTIDE
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferrin endocytosis and recycling / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion ...Transferrin endocytosis and recycling / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I alpha chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Chappell, P.E. / Roversi, P. / Harrison, M.C. / Mears, L.E. / Kaufman, J.F. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Expression levels of MHC class I molecules are inversely correlated with promiscuity of peptide binding.
著者: Chappell, P. / Meziane, E.K. / Harrison, M. / Magiera, L. / Hermann, C. / Mears, L. / Wrobel, A.G. / Durant, C. / Nielsen, L.L. / Buus, S. / Ternette, N. / Mwangi, W. / Butter, C. / Nair, V. ...著者: Chappell, P. / Meziane, E.K. / Harrison, M. / Magiera, L. / Hermann, C. / Mears, L. / Wrobel, A.G. / Durant, C. / Nielsen, L.L. / Buus, S. / Ternette, N. / Mwangi, W. / Butter, C. / Nair, V. / Ahyee, T. / Duggleby, R. / Madrigal, A. / Roversi, P. / Lea, S.M. / Kaufman, J.
履歴
登録2014年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年5月6日ID: 2YF5
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_database_proc / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: 10MER PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1124
ポリマ－49,0503
非ポリマー621
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.410, 68.790, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS I ALPHA CHAIN 2 / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I GLYCOPROTEIN HAPLOTYPE B21


分子量: 36862.012 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, RESIDUES 1-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 解説: B21 HAPLOTYPE / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS ROSETTA CELLS / 参照: UniProt: Q95601
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11062.404 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS ROSETTA CELLS / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド 10MER PEPTIDE


分子量: 1125.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 由来: (合成) GALLUS GALLUS (ニワトリ)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.05 M KH2PO4 AND 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→68.79 Å / Num. obs: 9089 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 48.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 78.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSTHROUGH XIA2データ削減
AimlessTHROUGH XIA2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BEV

3bev


解像度: 2.81→50.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7661 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7702 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 421 4.69 %RANDOM
Rwork0.275 ---
obs0.2753 8967 88.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.3503 Å20 Å20 Å2
2--18.9832 Å20 Å2
3----33.3335 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.588 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→50.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3057 0 4 31 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073147HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.864275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1059SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes461HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3147HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion385SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3275SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.81→3.14 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3508 103 4.48 %
Rwork0.3312 2198 -
all0.332 2301 -
obs--88.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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