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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d09 | ||||||
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タイトル | PDE2a catalytic domain in complex with a brain penetrant inhibitor | ||||||
要素 | CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CYCLIC NUCLEOTIDE PHOSPHODIESTERASES / TYPE 2 / TYPE 4 / DISEASE MODELS / ANIMAL / DRUG EVALUATION / PRECLINICAL / PHOSPHODIESTERASE 2 INHIBITORS / PHOSPHODIESTERASE INHIBITORS / PROTEIN BINDING / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of mitochondrion organization / aorta development / ventricular septum development / cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP-mediated signaling / TPR domain binding / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cAMP-mediated signaling / synaptic membrane / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Buijnsters, P. / Andres, J.I. / DeAngelis, M. / Langlois, X. / Rombouts, F. / Sanderson, W. / Tresadern, G. / Trabanco, A. / VanHoof, G. / VanRoosbroeck, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014 タイトル: Structure-Based Design of a Potent, Selective, and Brain Penetrating Pde2 Inhibitor with Demonstrated Target Engagement. 著者: Buijnsters, P. / De Angelis, M. / Langlois, X. / Rombouts, F.J.R. / Sanderson, W. / Tresadern, G. / Ritchie, A. / Trabanco, A.A. / Vanhoof, G. / Roosbroeck, Y.V. / Andres, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d09.cif.gz | 278.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4d09.ent.gz | 226.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4d09.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4d09_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4d09_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4d09_validation.xml.gz | 47.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4d09_validation.cif.gz | 65.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d09 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41432.375 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 578-921 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase #2: 化合物 | ChemComp-788 / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS-HCL PH 7.0 AND 20 % PEG 3350 IN PRESENCE OF 1 MM LIGAND |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 / 詳細: VARIAMAXHF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 44706 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 85.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: INTERNAL PDE2A MODEL 解像度: 2.5→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 13.952 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.798 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.77 Å
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拘束条件 |
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