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- PDB-4d09: PDE2a catalytic domain in complex with a brain penetrant inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d09
タイトルPDE2a catalytic domain in complex with a brain penetrant inhibitor
要素CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
キーワードHYDROLASE / CYCLIC NUCLEOTIDE PHOSPHODIESTERASES / TYPE 2 / TYPE 4 / DISEASE MODELS / ANIMAL / DRUG EVALUATION / PRECLINICAL / PHOSPHODIESTERASE 2 INHIBITORS / PHOSPHODIESTERASE INHIBITORS / PROTEIN BINDING / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / regulation of mitochondrion organization / aorta development / ventricular septum development / cGMP-mediated signaling / 3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / TPR domain binding / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to cAMP / synaptic membrane / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-788 / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Buijnsters, P. / Andres, J.I. / DeAngelis, M. / Langlois, X. / Rombouts, F. / Sanderson, W. / Tresadern, G. / Trabanco, A. / VanHoof, G. / VanRoosbroeck, Y.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Structure-Based Design of a Potent, Selective, and Brain Penetrating Pde2 Inhibitor with Demonstrated Target Engagement.
著者: Buijnsters, P. / De Angelis, M. / Langlois, X. / Rombouts, F.J.R. / Sanderson, W. / Tresadern, G. / Ritchie, A. / Trabanco, A.A. / Vanhoof, G. / Roosbroeck, Y.V. / Andres, J.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
B: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
C: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
D: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,66216
ポリマ－165,7304
非ポリマー1,93312
水4,774265
1
A: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9164
ポリマ－41,4321
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9164
ポリマ－41,4321
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9164
ポリマ－41,4321
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9164
ポリマ－41,4321
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.140, 73.430, 91.620
Angle α, β, γ (deg.)109.37, 91.82, 91.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CGMP-DEPENDENT 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE / CYCLIC GMP-STIMULATED PHOSPHODIESTERASE / CGS-PDE / CGSPDE / PDE2A


分子量: 41432.375 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 578-921 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-788 / N-benzyl-4-methyl-1-phenyl[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxaline-8-carboxamide


分子量: 393.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19N5O
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS-HCL PH 7.0 AND 20 % PEG 3350 IN PRESENCE OF 1 MM LIGAND

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 / 詳細: VARIAMAXHF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 44706 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL PDE2A MODEL

解像度: 2.5→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 13.952 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27746 2266 5.1 %RANDOM
Rwork0.20642 ---
obs0.21004 42432 93.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.798 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0.1 Å2-0.11 Å2
2---0.19 Å2-0.02 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10725 0 128 265 11118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0041.9415064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.755323510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.21351329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90823.937541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.292151878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5531558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9963.1025328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9953.1025327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7044.6496653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7044.6496654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.963.185797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.963.185798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6654.7358412
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.30824.54513253
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.29524.56513217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 118 -
Rwork0.294 2580 -
obs--77.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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