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- PDB-4cxk: G9 mutant of PAS, arylsulfatase from Pseudomonas Aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cxk
タイトルG9 mutant of PAS, arylsulfatase from Pseudomonas Aeruginosa
要素ARYLSULFATASE
キーワードHYDROLASE / CATALYTIC PROMISCUITY / DIRECTED EVOLUTION / NEUTRAL DRIFT / SULFATASE / SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


arylsulfatase (type I) / arylsulfatase activity / phosphoric diester hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / : / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A ...Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / : / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Arylsulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Miton, C.M. / Jonas, S. / Mohammed, M.F. / Fischer, G. / Loo, B.v. / Kintses, B. / Hyvonen, M. / Tokuriki, N. / Hollfelder, F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Evolutionary repurposing of a sulfatase: A new Michaelis complex leads to efficient transition state charge offset.
著者: Miton, C.M. / Jonas, S. / Fischer, G. / Duarte, F. / Mohamed, M.F. / van Loo, B. / Kintses, B. / Kamerlin, S.C.L. / Tokuriki, N. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2014年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARYLSULFATASE
B: ARYLSULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3238
ポリマ－119,8392
非ポリマー4856
水17,529973
1
A: ARYLSULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1624
ポリマ－59,9191
非ポリマー2423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ARYLSULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1624
ポリマ－59,9191
非ポリマー2423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.298, 67.061, 90.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2329-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 527 / Label seq-ID: 3 - 527

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 ARYLSULFATASE / AS / ARYL-SULFATE SULPHOHYDROLASE


分子量: 59919.289 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PRSF-DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51691, arylsulfatase (type I)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.3
詳細: 0.1M MES PH=6.3, 28% W/V PEG5000MME, 0.25M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→67.32 Å / Num. obs: 92130 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.86→1.87 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HDH

1hdh


解像度: 1.86→93.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 4.054 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. N-TERMINUS NOT VISIBLE - RESIDUES 1 AND 2. C-TERMINUS NOT VISIBLE - RESIDUES 528-536
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25426 4617 5 %RANDOM
Rwork0.20767 ---
obs0.20997 87509 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→93.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8280 0 26 973 9279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0198533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8281.96211611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.157318176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40551048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39922.754414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.385151308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6571581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.261.3184198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.261.3184197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9891.9725244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6441.4924335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 33245 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.863→1.911 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 340 -
Rwork0.276 6344 -
obs--96.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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