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- PDB-4cvq: CRYSTAL STRUCTURE OF AN AMINOTRANSFERASE FROM ESCHERICHIA COLI AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cvq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN AMINOTRANSFERASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2. 11 ANGSTROEM RESOLUTION
要素GLUTAMATE-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE ALAA
キーワードTRANSFERASE / AMINO ACID METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


L-alanine biosynthetic process from pyruvate / alanine transaminase / L-alanine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / alanine biosynthetic process / D-alanine biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / response to antibiotic / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glutamate-pyruvate aminotransferase AlaA / Glutamate-pyruvate aminotransferase AlaA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Penya-Soler, E. / Fernandez, F.J. / Lopez-Estepa, M. / Garces, F. / Richardson, A.J. / Rudd, K.E. / Coll, M. / Vega, M.C.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2014
タイトル: Structural analysis and mutant growth properties reveal distinctive enzymatic and cellular roles for the three major L-alanine transaminases of Escherichia coli.
著者: Pena-Soler, E. / Fernandez, F.J. / Lopez-Estepa, M. / Garces, F. / Richardson, A.J. / Quintana, J.F. / Rudd, K.E. / Coll, M. / Vega, M.C.
履歴
登録2014年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE ALAA
B: GLUTAMATE-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE ALAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1147
ポリマ－97,4092
非ポリマー7045
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-37.3 kcal/mol
Surface area28020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.780, 152.130, 174.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2012-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE ALAA / L-ALANINE AMINOTRANSFERASE


分子量: 48704.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A960, UniProt: P0A959*PLUS, alanine transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97618
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97618 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→46.88 Å / Num. obs: 46169 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 39.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.11→2.22 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XI9

1xi9


解像度: 2.11→46.162 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 2491 5.4 %
Rwork0.2036 --
obs0.2059 46114 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→46.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6395 0 44 148 6587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.838998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7362488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.15060.36511370.35352430X-RAY DIFFRACTION100
2.1506-2.19450.35161370.32652360X-RAY DIFFRACTION100
2.1945-2.24220.36131460.30722376X-RAY DIFFRACTION100
2.2422-2.29440.31511260.28632437X-RAY DIFFRACTION100
2.2944-2.35170.29171540.27132363X-RAY DIFFRACTION100
2.3517-2.41530.371290.26212423X-RAY DIFFRACTION100
2.4153-2.48640.29761450.26472403X-RAY DIFFRACTION100
2.4864-2.56660.35911240.25232410X-RAY DIFFRACTION100
2.5666-2.65840.31261470.23892388X-RAY DIFFRACTION100
2.6584-2.76480.36451450.23572400X-RAY DIFFRACTION100
2.7648-2.89060.28091440.24152416X-RAY DIFFRACTION100
2.8906-3.0430.36611340.23752431X-RAY DIFFRACTION100
3.043-3.23360.24471230.21592431X-RAY DIFFRACTION100
3.2336-3.48320.23721250.20362449X-RAY DIFFRACTION100
3.4832-3.83360.21321230.17672462X-RAY DIFFRACTION100
3.8336-4.38790.1881550.1562436X-RAY DIFFRACTION100
4.3879-5.52680.1871390.15522493X-RAY DIFFRACTION100
5.5268-46.17290.19691580.16732515X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.85292.5617-2.23821.3689-1.50184.865-0.02840.59980.01420.01890.18930.63480.501-0.509-0.15780.54670.00120.03590.3428-0.06130.6476-0.51253.618.0852
21.69330.41170.40682.80380.88452.17470.2451-0.1069-0.18790.8501-0.06-0.38010.57650.1708-0.18090.58690.0067-0.1210.30970.03590.27523.3259-4.766523.863
32.50711.12890.88673.80810.47051.51270.3759-0.5228-0.10850.968-0.27840.67240.5369-0.3991-0.14090.7616-0.09920.15270.39460.0290.47012.3575-12.377626.2892
40.96210.88021.04870.7460.94791.1152-0.08430.3010.0021-0.08850.2338-0.1783-0.13540.3698-0.20020.48470.01970.01710.50260.07520.464635.680817.174223.0559
52.070.61610.41133.11180.3062.48560.13570.09810.24610.2053-0.10130.1228-0.0804-0.1911-0.03920.19790.06280.04740.26070.0190.266518.953728.051921.7358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 44 THROUGH 274 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 275 THROUGH 404 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 43 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 44 THROUGH 405 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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