PDB-4cur: Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-3 N09555

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cur

タイトル

Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-3 N09555

要素

BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学))

機能・相同性

機能・相同性情報

クロマチンリモデリング / regulation of transcription by RNA polymerase II /

DNA binding /

metal ion binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.842 Å

データ登録者

Bradley, A.R. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Baz2B in Complex with Fragment-3 N09553
著者: R Bradley, A. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.

履歴

登録	2014年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cur.cif.gz	64.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cur.ent.gz	48.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cup 4cuq 4cus 4cut 4cuu
類似構造データ	4cup-1 4cuq-1 6ono-1 4p2m-2 5tb5-2 3lmn-3 4mel-1 7kag-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.100, 96.600, 57.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B / HWALP4 / BAZ2B 分子量: 13618.652 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMODOMAIN, RESIDUES 1858-1972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-LA7 / 2-(hydroxymethyl)-6-methylpyridin-3-ol / 3-ヒドロキシ-6-メチルピリジン-2-メタノ-ル分子量: 139.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.97 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 31% PEG SMEAR LOW, 0.1M MES PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→48.3 Å / Num. obs: 20037 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 34.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.842→40.55 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2019	1016	5.1 %
R_work	0.1713	-	-
obs	0.1727	20017	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.842→40.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	930	0	14	119	1063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.498	378
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	143
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	171

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8416-1.9386	0.3977	150	0.3114	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9386-2.0601	0.227	145	0.2258	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0601-2.2191	0.2497	139	0.176	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2191-2.4424	0.1943	154	0.1669	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4424-2.7958	0.1968	140	0.1667	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7958-3.5221	0.2016	162	0.1812	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5221-40.5598	0.1756	126	0.1522	2878	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5103	0.1254	-5.1773	0.0004	-0.1231	5.8792	-0.422	-1.2096	-0.9124	-0.0857	-0.2567	0.2897	-0.273	0.6781	0.6703	0.4529	0.0295	-0.0049	0.4957	0.133	0.5833	42.3188	13.9018	19.1048
2	5.5534	-1.5166	-5.3637	4.4154	4.4062	7.3746	-0.3605	0.1628	-0.9376	0.2439	0.0244	0.304	0.8367	-0.0529	0.2859	0.3847	0.0291	0.0007	0.2989	0.0014	0.4484	20.105	18.6853	26.8365
3	8.6498	-4.3249	4.2707	2.9339	0.2527	9.4414	-0.5858	-0.6328	0.0338	1.0795	0.6726	0.5545	-0.4023	-1.0681	-0.1445	0.4169	0.0943	0.0619	0.376	0.0302	0.34	12.6646	29.9279	34.0299
4	7.986	3.4913	-1.1737	8.4029	0.1224	5.3004	0.1664	0.1753	1.4814	-1.0795	-0.3084	0.7141	-0.8134	-0.4115	0.1528	0.5396	0.1399	-0.063	0.3881	-0.0069	0.5173	11.8695	41.1399	23.1382
5	3.4292	-1.4776	-0.6197	6.3195	3.1816	2.6038	0.1857	0.3184	0.195	-0.7614	-0.005	-0.2383	-0.5535	0.1578	-0.1126	0.4135	0.0201	-0.0095	0.2592	0.0133	0.2111	20.0407	33.7899	20.8878
6	5.5071	-3.3838	-1.0215	7.1125	2.517	4.9843	0.0121	0.021	0.2307	0.1139	0.1115	-0.3851	-0.1612	0.423	-0.1815	0.2999	-0.0244	-0.0048	0.2791	0.0208	0.2589	26.2603	30.2258	25.3738
7	7.1169	-3.6219	-1.0188	6.883	1.145	5.9924	-0.6007	-0.727	-0.1369	1.1271	0.4696	0.0733	0.0079	0.2815	0.0489	0.4304	0.0544	-0.0221	0.3601	0.0307	0.2251	22.1242	29.4532	36.8163

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1856 THROUGH 1868 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 1869 THROUGH 1882 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 1883 THROUGH 1889 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 1890 THROUGH 1900 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 1901 THROUGH 1920 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 1921 THROUGH 1943 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 1944 THROUGH 1970 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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