PDB-4cup: Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-1 N09421

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cup

タイトル

Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-1 N09421

要素

BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Bradley, A.R. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Baz2B in Complex with Fragment-1 N09421
著者: R Bradley, A. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.

履歴

登録	2014年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cup.cif.gz	65 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cup.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4cup_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cup_full_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示
XML形式データ	4cup_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	4cup_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cup	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4cuq 4cur 4cus 4cut 4cuu
類似構造データ	4cur-1 4cuq-1 4mel-1 4p2m-2 3lmn-3 5tb5-2 5wrw-1 5wrw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.370, 96.120, 57.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B / HWALP4 / BAZ2B 分子量: 13618.652 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMODOMAIN, RESIDUES 1858-1972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-ZYB / 4-Fluorobenzamidoxime / N′-ヒドロキシ-4-フルオロベンズアミジン分子量: 154.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇FN₂O
#3: 化合物	ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル分子量: 32.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.4 / 詳細: 34% PEG SMEAR LOW, 0.1M MES PH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→32.97 Å / Num. obs: 18470 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→18.538 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	940	5.1 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1779	18429	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→18.538 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	924	0	17	146	1087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	973
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.74	365
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	168

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.979	0.3338	133	0.3152	2458	X-RAY DIFFRACTION	99
1.979-2.1029	0.2971	139	0.2368	2430	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1029-2.265	0.2154	138	0.1915	2453	X-RAY DIFFRACTION	99
2.265-2.4924	0.2131	137	0.1683	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4924-2.8519	0.2138	138	0.1662	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8519-3.5889	0.1748	143	0.1669	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5889-18.5386	0.1894	112	0.1558	2654	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7992	3.2401	2.5199	3.5258	1.0981	6.0477	-0.1168	-0.2207	-0.233	-0.5495	0.061	-0.3682	0.0226	-0.7649	0.0478	0.5031	-0.0671	0.0101	0.342	0.0176	0.2895	51.7028	17.1821	14.0205
2	4.0626	-2.3137	-4.9969	3.8144	3.1409	6.1364	-1.3114	-0.2286	0.697	0.3171	0.9615	0.6816	-0.3104	-0.3295	0.3944	0.423	0.0898	-0.0825	0.6859	0.3308	0.6532	42.452	13.1926	21.0656
3	4.872	3.1681	-1.7368	3.622	2.2974	8.1344	-0.5739	-0.1423	-2.0455	-1.0255	-0.4365	-1.5901	1.2374	1.0387	1.0343	0.6035	0.1338	0.1929	0.4343	0.0564	0.6338	30.9297	10.9717	20.1215
4	7.0249	-2.8125	-3.8763	3.39	4.1012	5.0728	-0.1369	0.1165	-0.6617	0.3502	-0.1947	0.0007	-0.127	0.1826	0.2831	0.5504	0.0361	-0.0383	0.2498	-0.0065	0.3584	24.9736	15.8473	22.3096
5	2.1489	-0.0077	-1.3098	2.169	1.8074	2.285	-0.0188	-0.3145	-1.0586	0.7185	-0.1463	-0.1241	0.393	-0.1897	0.1294	0.5076	0.0095	-0.0044	0.2863	0.0375	0.3932	19.8248	18.4657	26.3083
6	2.4656	-2.136	-0.4599	2.5873	1.4935	2.0098	-0.4931	0.1661	-0.8137	0.1552	-0.0212	-0.0001	1.0938	-0.2369	0.5633	0.4324	-0.0452	0.0328	0.2186	0.0454	0.3336	16.5283	22.0022	29.2251
7	4.7862	3.4538	4.196	2.5992	2.9932	3.6907	-0.1064	-0.4934	-0.2901	1.715	-0.4447	1.3036	0.9397	-0.7725	0.5716	0.4467	-0.0106	0.0959	0.3712	0.0082	0.3756	12.0584	25.355	35.2106
8	5.3004	0.159	-1.098	2.4	-3.1474	4.3745	-0.2325	-0.1494	0.1781	0.1259	0.1722	0.4258	0.3504	-0.1263	0.118	0.436	0.0152	-0.0008	0.2224	-0.0103	0.2301	12.2558	32.3038	28.3473
9	6.0673	0.1395	-4.5955	3.4729	1.0862	3.8865	0.7227	0.6985	0.2798	-1.2197	-0.347	1.8211	-0.5498	-0.5622	-0.3211	0.6552	0.0442	-0.1285	0.2868	0.0101	0.5332	11.5957	42.8738	20.2128
10	6.9735	3.123	-1.1141	5.2432	0.6592	2.7354	-0.113	0.1813	0.2376	-0.4285	0.051	0.6625	-0.2049	0.0641	0.0605	0.6036	0.0195	-0.0108	0.2413	-0.0286	0.3569	16.3571	46.545	23.5539
11	4.1251	-4.0621	-4.6203	4.0476	4.6329	5.317	0.5135	0.3499	0.8601	-1.4383	0.0666	-1.1686	0.0655	0.8293	-0.6056	0.5657	0.0137	0.0586	0.272	-0.014	0.3311	23.6802	41.1211	21.8391
12	6.0865	-1.8657	-3.0431	7.5463	-0.7044	9.7191	0.1115	0.5094	-0.0441	-0.49	-0.0858	0.0693	-0.3356	-0.2682	-0.0162	0.3986	0.009	-0.0497	0.2077	0.0046	0.1894	18.4353	27.5606	20.0883
13	5.1692	0.9603	1.6702	4.8504	-0.5802	2.0828	-0.0147	-0.0525	-0.027	-0.8332	-0.1793	0.0751	0.1942	0.3749	0.17	0.622	0.0078	-0.0132	0.3324	-0.0121	0.2481	24.49	23.9184	14.696
14	2.8833	-1.1102	1.3483	3.2327	2.1959	3.2546	-0.4924	-0.282	-0.2985	1.0556	1.4267	-1.0819	0.1691	0.94	-0.9175	0.4733	0.0615	-0.0186	0.4321	-0.0631	0.3634	31.2758	23.4917	21.2425
15	8.0179	-5.8089	-6.6	7.1898	3.1255	8.3202	-0.1503	0.0185	0.1006	-0.5472	-0.0187	-0.1842	-0.5116	0.1461	0.1819	0.4822	-0.0216	0.0094	0.2508	-0.0124	0.187	26.8945	27.546	23.7543
16	2.6955	-3.5102	-2.0328	9.8561	4.8267	3.7702	0.1136	-0.0208	0.1876	0.243	-0.0417	-0.2487	-0.0826	0.1457	-0.0535	0.4434	-0.005	-0.0107	0.2548	0.0143	0.224	22.7495	36.5039	30.4054
17	5.3185	1.0649	-2.5329	6.4588	1.0621	5.7668	-0.1798	-0.3139	0.0723	1.0978	0.2017	0.2587	-0.1173	0.2469	-0.1121	0.6457	0.0444	-0.023	0.2743	-0.0001	0.2348	17.2344	37.4881	39.5019
18	9.3593	0.5053	-4.8951	8.2893	1.0187	4.5231	-0.298	-0.3294	-0.3719	0.9189	0.0026	0.2408	0.3713	0.0019	0.3063	0.5133	0.0105	-0.0345	0.2435	0.0298	0.2278	22.2045	26.2103	34.8182
19	7.3775	0.935	1.6224	6.7995	-4.7865	4.6886	0.1544	-0.1645	-0.6502	1.891	0.2371	-0.4276	0.7722	1.0419	-0.1655	0.5648	0.1217	-0.0692	0.3303	0.0099	0.271	27.2243	20.7729	33.5863
20	2.6405	3.8115	0.0362	5.7804	-0.6806	2.6468	-0.3472	-0.9397	-0.9159	1.2543	0.7286	-0.3107	0.8458	1.6357	-0.4624	0.7479	0.2564	0.0149	0.4722	-0.0419	0.4878	29.3472	15.6284	31.726

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1856:1859)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 1860:1864)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 1865:1868)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 1869:1873)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 1874:1877)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 1878:1881)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 1882:1885)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 1886:1892)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 1893:1896)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 1897:1904)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 1905:1908)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 1909:1918)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 1919:1924)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 1925:1928)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 1929:1932)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 1933:1944)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 1945:1956)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 1957:1961)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 1962:1966)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 1967:1970)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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