PDB-4csh: Native structure of the lytic CHAPK domain of the endolysin LysK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4csh

タイトル

Native structure of the lytic CHAPK domain of the endolysin LysK from Staphylococcus aureus bacteriophage K

要素

LYSK

キーワード

HYDROLASE / ENDOLYSIN / PEPTIDOGLYCAN / PROTEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated cytolysis of host cell / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / defense response to bacterium / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS PHAGE K (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Sanz-Gaitero, M. / Keary, R. / Garcia-Doval, C. / Coffey, A. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: Virol. J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the lytic CHAP(K) domain of the endolysin LysK from Staphylococcus aureus bacteriophage K.
著者: Sanz-Gaitero, M. / Keary, R. / Garcia-Doval, C. / Coffey, A. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月18日	Group: Data collection
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4csh.cif.gz	164.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4csh.ent.gz	129.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4csh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4csh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/4csh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ct3SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ct3-3 4ct3-1 4ct3-2 4olk-2 4ct3-4 3zfq-d 5rt8-2 3q85-1 4olk-1 5ru3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LYSK

B: LYSK

C: LYSK

D: LYSK

ヘテロ分子

75.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LYSK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LYSK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: LYSK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: LYSK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.220, 61.470, 73.130
Angle α, β, γ (deg.)	91.49, 98.62, 89.99
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 165 / Label seq-ID: 2 - 165

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99997, 0.00025, -0.00727), (0.00027, 0.99999, -0.00334), (0.00727, -0.00334, -0.99997)	29.354, 30.94843, 126.09038
2	given	(0.99951, -0.0311, -0.0035), (-0.02633, -0.89611, 0.44306), (-0.01691, -0.44275, -0.89649)	-16.69319, -12.97608, 129.98643
3	given	(-0.99932, 0.03573, 0.00936), (-0.02776, -0.89371, 0.44778), (0.02436, 0.44722, 0.89409)	5.92489, 17.41995, -3.9347
4	given	(-0.99946, -0.03087, 0.01131), (0.02274, -0.89756, -0.44031), (0.02375, -0.43981, 0.89778)	12.19289, 69.64667, 29.70509
5	given	(0.99923, 0.03535, -0.01709), (0.02406, -0.89526, -0.4449), (-0.03103, 0.44414, -0.89542)	-22.36007, 100.51833, 96.1291
6	given	(-0.99997, -0.00165, -0.00794), (-0.00161, 0.99998, -0.0054), (0.00795, -0.00539, -0.99995)	-9.78214, 31.06825, 126.10248

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	LYSK 分子量: 18610.824 Da / 分子数: 4 / 断片: CHAPK, RESIDUES 1-165 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS PHAGE K (ファージ) プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q6Y7T6

-
非ポリマー , 6種, 758分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	CHAPK DOMAIN COMPRISING FIRST 165 AMINO ACIDS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 25 MM TRIS-HCL, 22% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 0.1 M 2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID-NAOH PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月8日詳細: ONE PAIR OF (300X40X15) MM3 LONG PT COATED SI MIRROR, 260MM USABLE, IN A KIRKPATRICK-BAEZ GEOMETRY
放射	モノクロメーター: HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→36.53 Å / Num. obs: 62028 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 14.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.79→1.88 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: INTERMEDIATE MODEL BASED ON DERIVATIVE DATA, PDB ENTRY 4CT3

4ct3

解像度: 1.79→32.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 2.717 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20106	2338	3.8 %	RANDOM, COPIED FROM DERIVATIVE DATA
R_work	0.17486	-	-	-
obs	0.17598	59686	97.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0.64 Å²	0.53 Å²
2-	-	-0.52 Å²	-0.16 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→32.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5232	0	66	741	6039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	5496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.934	7480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.279	3	11702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.974	5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.784	24.606	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.098	15	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.934	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.275	0.2	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.139	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.283	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.202	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.294	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.499	1.619	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.498	1.618	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.411	2.42	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.924	1.838	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.016	2.668	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9902	0.07
1	2	B	9902	0.07
2	1	A	9881	0.06
2	2	C	9881	0.06
3	1	A	9800	0.07
3	2	D	9800	0.07
4	1	B	9821	0.09
4	2	C	9821	0.09
5	1	B	9768	0.09
5	2	D	9768	0.09
6	1	C	9862	0.05
6	2	D	9862	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.788→1.884 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	112	-
R_work	0.233	8628	-
obs	-	-	94.27 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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