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万見
- PDB-4cs3: Catalytic domain of Pyrrolysyl-tRNA synthetase mutant Y306A, Y384... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cs3
タイトルCatalytic domain of Pyrrolysyl-tRNA synthetase mutant Y306A, Y384F in complex with an adenylated furan-bearing noncanonical amino acid and pyrophosphate
要素PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
キーワードLIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / PYRROLYSYL-TRNA-SYNTHETASE / NONCANONICAL AMINO ACIDS / FURANS / CROSSLINKING REACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 2-(furan-2-yl)ethyl hydrogen carbonate / LYSINE / PYROPHOSPHATE 2- / Pyrrolysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Schmidt, M.J. / Weber, A. / Pott, M. / Welte, W. / Summerer, D.
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Furan-Amino Acid Recognition by a Polyspecific Aminoacyl-tRNA-Synthetase and its Genetic Encoding in Human Cells.
著者: Schmidt, M.J. / Weber, A. / Pott, M. / Welte, W. / Summerer, D.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Red-Light-Controlled Protein-RNA Crosslinking with a Genetically Encoded Furan.
著者: Schmidt, M.J. / Summerer, D.
履歴
登録2014年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6748
ポリマ－31,7361
非ポリマー9377
水4,504250
1
A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
ヘテロ分子

A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,34716
ポリマ－63,4732
非ポリマー1,87414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area9190 Å2
ΔGint-41.1 kcal/mol
Surface area22530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.335, 44.345, 64.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PYRROLYSINE--TRNA LIGASE / PYRROLYSINE--TRNA(PYL) LIGASE / PYRROLYSYL-TRNA SYNTHETASE / PYLRS


分子量: 31736.404 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 188-454 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase

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非ポリマー , 7種, 257分子

#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-FU0 / 2-(furan-2-yl)ethyl hydrogen carbonate


分子量: 156.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O4
#5: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細AMP-ESTER OF N-EPSILON-[2-(FURAN-2-YL)ETHOXY]CARBONYL LYSINE: NEW NONCANONICAL AMINO ACID N-EPSILON- ...AMP-ESTER OF N-EPSILON-[2-(FURAN-2-YL)ETHOXY]CARBONYL LYSINE: NEW NONCANONICAL AMINO ACID N-EPSILON-2-FURAN-2-YL ETHOXYCARBONYL LYSINE BOUND TO ADENOSINE-MONOPHOSPHATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 50 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM CALCIUM CHLORIDE, 18 % (W/V) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.49 Å / Num. obs: 45483 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.12
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.499→36.489 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1849 2300 5.1 %
Rwork0.155 --
obs0.1565 45472 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→36.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2193 0 57 250 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3423106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.106898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4986-1.53120.38531400.34152628X-RAY DIFFRACTION98
1.5312-1.56680.30421430.29252679X-RAY DIFFRACTION100
1.5668-1.6060.31091430.26042683X-RAY DIFFRACTION100
1.606-1.64940.26661430.23722692X-RAY DIFFRACTION100
1.6494-1.6980.26791450.22562713X-RAY DIFFRACTION100
1.698-1.75280.24151660.21632642X-RAY DIFFRACTION100
1.7528-1.81540.20371390.19182718X-RAY DIFFRACTION100
1.8154-1.88810.21811390.17182684X-RAY DIFFRACTION100
1.8881-1.9740.16771420.14772700X-RAY DIFFRACTION100
1.974-2.07810.18181490.13982698X-RAY DIFFRACTION100
2.0781-2.20830.15771370.13762690X-RAY DIFFRACTION100
2.2083-2.37870.18361390.13442725X-RAY DIFFRACTION100
2.3787-2.61810.1921290.14082727X-RAY DIFFRACTION99
2.6181-2.99670.1841470.14882710X-RAY DIFFRACTION99
2.9967-3.7750.15311350.14092718X-RAY DIFFRACTION99
3.775-36.49950.16651640.13832765X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16030.0274-0.11490.3152-0.03460.0745-0.10150.1255-0.2062-0.1906-0.01470.353-0.0041-0.20870.00320.17910.05590.01110.3486-0.00680.308-33.31428.0650.4138
20.3257-0.16450.05460.0663-0.05890.0904-0.2231-0.4766-0.52480.09570.21560.2660.0673-0.04240.03460.19710.05980.06230.29460.09310.2724-23.86970.882954.1998
3-0.01510.01440.05080.04240.08270.0953-0.0685-0.0266-0.18530.0389-0.01760.02580.1285-0.0893-00.2125-0.00770.0140.168-0.00080.2192-11.2743-4.085631.9159
40.77350.1221-0.16460.20150.16760.7056-0.07830.14110.0968-0.06310.04890.0537-0.1633-0.0474-00.2334-0.0117-0.02310.16350.0120.1938-6.758314.482818.6232
50.53940.25090.14730.06250.00440.3476-0.04450.10750.03890.01720.05280.0194-0.0462-0.22010.00120.2025-0.0125-0.01010.21260.00270.1926-18.10085.253220.2189
60.09110.0043-0.02640.02780.0380.0716-0.1030.06680.22130.0285-0.04330.1033-0.1136-0.091-00.2751-0.0383-0.04760.34070.00860.3341-25.14217.905816.7461
70.04780.02980.04350.10250.09670.0821-0.07050.04780.214-0.11060.03040.1597-0.0633-0.283800.202-0.0024-0.02450.3463-0.00010.2567-25.13687.709717.9535
80.0430.0203-0.00510.0327-0.02940.0284-0.17740.38040.1196-0.23020.10070.1059-0.0329-0.063700.3171-0.0611-0.02180.3020.04560.2114-9.350113.60514.768
90.5029-0.0545-0.01490.1647-0.05630.2222-0.0908-0.078-0.00390.0185-0.00020.0665-0.0541-0.1721-00.17490.01850.01120.22470.00050.1991-20.30766.880737.9208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 189 THROUGH 215 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 216 THROUGH 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 237 THROUGH 256 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 257 THROUGH 329 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 330 THROUGH 370 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 371 THROUGH 384 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 385 THROUGH 402 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 403 THROUGH 416 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 417 THROUGH 458 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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