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万見
- PDB-4cro: PROTEIN-DNA CONFORMATIONAL CHANGES IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cro
タイトルPROTEIN-DNA CONFORMATIONAL CHANGES IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF A LAMBDA CRO-OPERATOR COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
  • PROTEIN (LAMBDA CRO)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / response to UV / core promoter sequence-specific DNA binding / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Brennan, R.G. / Roderick, S.L. / Takeda, Y. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990
タイトル: Protein-DNA conformational changes in the crystal structure of a lambda Cro-operator complex.
著者: Brennan, R.G. / Roderick, S.L. / Takeda, Y. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystallization of a Complex of Cro Repressor with a 17 Base-Pair Operator
著者: Brennan, R.G. / Takeda, Y. / Kim, J. / Anderson, W.F. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the Cro Repressor from Bacteriophage Lambda and its Interaction with DNA
著者: Anderson, W.F. / Ohlendorf, D.H. / Takeda, Y. / Matthews, B.W.
履歴
登録1992年1月15日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01992年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月22日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_source / pdbx_database_status / refine / struct_biol
Item: _diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp ..._diffrn.ambient_pressure / _diffrn.ambient_temp / _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.target / _pdbx_database_status.status_code_sf / _refine.details / _struct_biol.details
改定 2.02022年11月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_validate_symm_contact / refine / struct_biol / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _refine.details / _struct_biol.details / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2]
詳細: ORTHOGONAL X,Y,Z AXES WERE REALIGNED FROM A*,B,C TO A,B*,C CRYSTALLOGRAPHIC DIRECTIONS
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (LAMBDA CRO)
B: PROTEIN (LAMBDA CRO)
C: PROTEIN (LAMBDA CRO)
D: PROTEIN (LAMBDA CRO)
E: PROTEIN (LAMBDA CRO)
F: PROTEIN (LAMBDA CRO)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,61712
ポリマ－75,61712
非ポリマー00
水00
1
G: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (LAMBDA CRO)
B: PROTEIN (LAMBDA CRO)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2064
ポリマ－25,2064
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
C: PROTEIN (LAMBDA CRO)
D: PROTEIN (LAMBDA CRO)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2064
ポリマ－25,2064
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3')
E: PROTEIN (LAMBDA CRO)
F: PROTEIN (LAMBDA CRO)


  • 登録者が定義した集合体
  • 25.2 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2064
ポリマ－25,2064
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.800, 154.800, 86.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.14265205, 0.48913233, 0.86043476), (0.48913233, -0.72084794, 0.49088327), (0.86043476, 0.49088327, -0.1364)-47.65808, 138.94622, -31.51
2given(0.34540109, 0.78100994, -0.52021428), (0.78100994, -0.54650108, -0.30196244), (-0.52021428, -0.30196244, -0.7989)-125.87765, 212.76648, -6.11
3given(-0.92799737, 0.040413, -0.37028759), (0.040413, -0.97720262, -0.20824308), (-0.37028759, -0.20824308, 0.9053)8.81532, 52.35142, 7.44
4given(-0.9433214, 0.03686566, -0.32976811), (0.02926566, -0.98057858, -0.19362487), (-0.33051811, -0.19232583, 0.924)-67.96615, 186.78082, 7.27
5given(0.35599807, 0.78142812, -0.51241909), (0.77822812, -0.55139807, -0.3004641), (-0.51741909, -0.29180385, -0.8045)-48.30516, 78.96699, -7.13
詳細THE MOLECULAR SYMMETRY IS PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW. THESE TRANSFORMATIONS WERE DETERMINED FROM ELECTRON DENSITY MAP ANALYSIS. MTRIX 1 RELATES CHAINS *A* AND *B* AND IS A PSEUDO TWO-FOLD ROTATION AXIS. LIKEWISE MTRIX 2 RELATES CHAINS *C* AND *D* AND MTRIX 3 RELATES CHAINS *E* AND *F* AND BOTH ARE PSEUDO TWO-FOLD ROTATION AXES. MTRIX 4 RELATES CHAINS *A* AND *B* TO CHAINS *C* AND *D* AND IS A PSEUDO THREE-FOLD SCREW AXIS. MTRIX 5 RELATES CHAINS *A* AND *B* TO CHAINS *E* AND *F* AND IS A PSEUDO THREE-FOLD SCREW AXIS.

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*TP*GP*AP*TP*A)-3') / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 5227.397 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
PROTEIN (LAMBDA CRO) / REGULATORY PROTEIN CRO / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7375.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 参照: UniProt: P03040

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: NA CACODYLATE, NACL, pH 6.90, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NA CACODYLATE11
3NACL11
結晶化
*PLUS
pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 188.115-118 1986
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 mg/mlcro monomer1drop
22.5 mg/mlduplex 17 base-pair fragment1drop
320 mMsodium cacodylate1drop
4100 mM1dropNaCl
53.5-4.0 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 298 K
放射光源由来: rotating-anode X-ray tube / Target: Cu
検出器タイプ: AREA DETECTOR / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: UCSD Area Detector Facility
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 1.5418 Å
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 3.9 Å
反射
*PLUS
最高解像度: 3.9 Å

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解析

精密化最高解像度: 3.9 Å
詳細: THE COORDINATES CORRESPONDING TO CRO ARE GIVEN AS ALPHA CARBON POSITIONS FOR RESIDUES 3 - 66. THESE COORDINATES WERE INITIALLY TAKEN FROM THE REFINED COORDINATES OF THE UNCOMPLEXED CRO ...詳細: THE COORDINATES CORRESPONDING TO CRO ARE GIVEN AS ALPHA CARBON POSITIONS FOR RESIDUES 3 - 66. THESE COORDINATES WERE INITIALLY TAKEN FROM THE REFINED COORDINATES OF THE UNCOMPLEXED CRO CRYSTAL STRUCTURE AND THEN FITTED TO THE ISOMORPHOUS REPLACEMENT MAP OF THE COMPLEX. THE COORDINATES CORRESPONDING TO DNA ARE GIVEN AS PHOSPHOROUS ATOM POSITIONS FOR BASES 2 - 17.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数384 96 0 0 480
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.9 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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