PDB-4cr6: Crystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cr6

タイトル

Crystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase without substrates

要素

N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / N-ACETYL-D-MANNOSAMINE DEHYDROGENASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / SUBSTRATE SELECTIVITY

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acylmannosamine 1-dehydrogenase / N-acylmannosamine 1-dehydrogenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gil-Ortiz, F. / Sola-Carvajal, A. / Garcia-Carmona, F. / Sanchez-Ferrer, A. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures and Functional Studies Clarify Substrate Selectivity and Catalytic Residues for the Unique Orphan Enzyme N-Acetyl-D-Mannosamine Dehydrogenase.
著者: Sola-Carvajal, A. / Gil-Ortiz, F. / Garcia-Carmona, F. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A.

履歴

登録	2014年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4cr6.ent.gz	304.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4cr6_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cr6_full_validation.pdf.gz	485.2 KB	表示
XML形式データ	4cr6_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	4cr6_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cr7C 4cr8C 2d1yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cr7-1 4cr7-4 4cr7-3 4cr7-8 4cr7-5 4cr8-2 4cr7-9 4cr7-6 4cr7-7 4cr7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

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テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
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ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
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α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

B: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

C: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

D: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.255, 59.062, 74.206
Angle α, β, γ (deg.)	81.13, 73.29, 79.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	MET	MET	3	A	A	11 - 45	11 - 45
2	1	GLY	GLY	MET	MET	3	B	B	11 - 45	11 - 45
3	1	GLY	GLY	MET	MET	3	C	C	11 - 45	11 - 45
4	1	GLY	GLY	MET	MET	3	D	D	11 - 45	11 - 45
1	2	ASP	ASP	GLY	GLY	4	A	A	46 - 86	46 - 86
2	2	ASP	ASP	GLY	GLY	4	B	B	46 - 86	46 - 86
3	2	ASP	ASP	GLY	GLY	4	C	C	46 - 86	46 - 86
4	2	ASP	ASP	GLY	GLY	4	D	D	46 - 86	46 - 86
1	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	A	A	87 - 119	87 - 119
2	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	B	B	87 - 119	87 - 119
3	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	C	C	87 - 119	87 - 119
4	3	GLY	GLY	ASN	ASN	3	D	D	87 - 119	87 - 119
1	4	THR	THR	ARG	ARG	3	A	A	121 - 128	121 - 128
2	4	THR	THR	ARG	ARG	3	B	B	121 - 128	121 - 128
3	4	THR	THR	ARG	ARG	3	C	C	121 - 128	121 - 128
4	4	THR	THR	ARG	ARG	3	D	D	121 - 128	121 - 128
1	5	ALA	ALA	ALA	ALA	3	A	A	129 - 146	129 - 146
2	5	ALA	ALA	ALA	ALA	3	B	B	129 - 146	129 - 146
3	5	ALA	ALA	ALA	ALA	3	C	C	129 - 146	129 - 146
4	5	ALA	ALA	ALA	ALA	3	D	D	129 - 146	129 - 146
1	6	ARG	ARG	PRO	PRO	3	A	A	147 - 198	147 - 198
2	6	ARG	ARG	PRO	PRO	3	B	B	147 - 198	147 - 198
3	6	ARG	ARG	PRO	PRO	3	C	C	147 - 198	147 - 198
4	6	ARG	ARG	PRO	PRO	3	D	D	147 - 198	147 - 198
1	7	VAL	VAL	GLU	GLU	3	A	A	199 - 215	199 - 215
2	7	VAL	VAL	GLU	GLU	3	B	B	199 - 215	199 - 215
3	7	VAL	VAL	GLU	GLU	3	C	C	199 - 215	199 - 215
4	7	VAL	VAL	GLU	GLU	3	D	D	199 - 215	199 - 215
1	8	GLN	GLN	GLY	GLY	3	A	A	216 - 227	216 - 227
2	8	GLN	GLN	GLY	GLY	3	B	B	216 - 227	216 - 227
3	8	GLN	GLN	GLY	GLY	3	C	C	216 - 227	216 - 227
4	8	GLN	GLN	GLY	GLY	3	D	D	216 - 227	216 - 227
1	9	LEU	LEU	ALA	ALA	3	A	A	228 - 233	228 - 233
2	9	LEU	LEU	ALA	ALA	3	B	B	228 - 233	228 - 233
3	9	LEU	LEU	ALA	ALA	3	C	C	228 - 233	228 - 233
4	9	LEU	LEU	ALA	ALA	3	D	D	228 - 233	228 - 233
1	10	THR	THR	ARG	ARG	3	A	A	234 - 267	234 - 267
2	10	THR	THR	ARG	ARG	3	B	B	234 - 267	234 - 267
3	10	THR	THR	ARG	ARG	3	C	C	234 - 267	234 - 267
4	10	THR	THR	ARG	ARG	3	D	D	234 - 267	234 - 267
1	11	GLU	GLU	ARG	ARG	3	A	A	268 - 271	268 - 271
2	11	GLU	GLU	ARG	ARG	3	B	B	268 - 271	268 - 271
3	11	GLU	GLU	ARG	ARG	3	C	C	268 - 271	268 - 271
4	11	GLU	GLU	ARG	ARG	3	D	D	268 - 271	268 - 271

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-1, 0.007452, 0.000862), (-0.000749, -1, 0.004132), (0.000859, 0.004133, 1)	40.29, 14.29, -0.07727
2	given	(-0.1872, -0.9823, 0.001515), (-0.9823, 0.1872, -0.002177), (0.001855, -0.001896, -1)	31.04, 25.89, 136.7
3	given	(0.1871, 0.9823, -0.001409), (0.9823, -0.1871, -0.003052), (-0.003262, -0.000813, -1)	9.339, -10.87, 136.8

#1: タンパク質

N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE / NAMDH / N-ACETYL-D-MANNOSAMINE DEHYDROGENASE

分子量: 27495.346 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (バクテリア)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P22441, N-acylmannosamine 1-dehydrogenase

#2: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 0.1 M HEPES, PH 7.5 AND 30% (W/V) PEG [POLY(ETHYLENE GLYCOL)] 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9393
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月5日
放射	モノクロメーター: CHANEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→12 Å / Num. obs: 63579 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D1Y

2d1y

解像度: 1.9→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.748 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22844	3360	5 %	RANDOM
R_work	0.20865	-	-	-
obs	0.20966	63579	90.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.97 Å²	-0.43 Å²	-0.98 Å²
2-	-	-0.65 Å²	-0.07 Å²
3-	-	-	2.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7170	0	24	213	7407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	7285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.347	1.979	9875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.053	3.002	11567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.018	5	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.958	22.381	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.358	15	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.769	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	1.5	5003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.184	1.5	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.147	2	7833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.982	3	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.226	4.5	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1237	tight positional	0.02	0.05
2	B	1237	tight positional	0.02	0.05
3	C	1237	tight positional	0.02	0.05
4	D	1237	tight positional	0.02	0.05
1	A	408	medium positional	0.02	0.5
2	B	408	medium positional	0.02	0.5
3	C	408	medium positional	0.02	0.5
4	D	408	medium positional	0.01	0.5
1	A	1237	loose positional	0.05	5
2	B	1237	loose positional	0.05	5
3	C	1237	loose positional	0.03	5
4	D	1237	loose positional	0.03	5
1	A	1237	tight thermal	0.12	0.5
2	B	1237	tight thermal	0.11	0.5
3	C	1237	tight thermal	0.1	0.5
4	D	1237	tight thermal	0.1	0.5
1	A	408	medium thermal	0.04	2
2	B	408	medium thermal	0.04	2
3	C	408	medium thermal	0.05	2
4	D	408	medium thermal	0.05	2
1	A	1237	loose thermal	0.11	10
2	B	1237	loose thermal	0.09	10
3	C	1237	loose thermal	0.09	10
4	D	1237	loose thermal	0.09	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	269	-
R_work	0.252	4660	-
obs	-	-	92.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7912	-1.2242	2.0086	0.9458	-1.4645	2.4874	-0.0746	0.1109	0.2458	-0.0095	-0.0097	-0.0592	-0.1886	0.0701	0.0843	0.2044	-0.006	0.013	0.1592	0.0374	0.2203	28.7948	3.9069	37.7059
2	4.0838	-0.9851	-0.6009	1.5611	-0.7051	3.6895	-0.0649	0.0667	-0.2594	-0.1926	0.0868	0.1242	0.2884	-0.1827	-0.0219	0.146	0.0025	-0.0052	0.1341	-0.0221	0.1332	26.2709	-8.1394	44.6378
3	2.3856	-1.0025	0.7882	5.496	-2.9077	3.9254	-0.0108	-0.1277	-0.1296	0.0135	0.0564	0.0912	0.0714	-0.094	-0.0456	0.1907	-0.0089	0.0082	0.2002	-0.0345	0.178	29.3744	-8.5843	41.0169
4	0.8267	0.2967	-0.7435	2.7275	-1.5135	1.3348	-0.0037	-0.0266	-0.0013	-0.0287	0.0503	0.1461	-0.0144	-0.1475	-0.0466	0.2921	0.0041	0.0049	0.2907	-0.0175	0.2812	28.9162	-16.1108	41.1682
5	0.8463	-1.1962	0.3361	2.4559	-0.7618	0.3839	0.0645	0.0177	-0.1467	-0.1795	-0.1375	-0.198	0.2303	0.1412	0.073	0.2574	0.0531	0.0202	0.2129	0.0231	0.2471	40.2957	-9.5443	46.7201
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47	0.1858	0.0801	0.2345	0.1457	0.1511	0.4227	0.0763	-0.3219	0.0666	0.1333	-0.157	0.1423	0.2455	-0.4829	0.0807	0.2358	-0.2146	0.0686	0.6049	-0.101	0.1735	1.3459	15.483	74.5648
48	3.6304	0.2865	1.7053	2.4658	1.0751	6.6093	0.0058	-0.2748	0.1579	0.2264	-0.0684	0.0535	-0.0875	-0.2053	0.0627	0.1188	0.0032	0.014	0.113	0.0137	0.1383	-2.2985	20.3993	67.7022
49	4.8073	1.1494	2.5841	4.4948	1.3727	6.3963	-0.0459	-0.1314	0.2008	0.2009	-0.0101	-0.181	-0.1912	0.208	0.0559	0.1095	0.0136	0.0409	0.1062	0.0106	0.1193	13.7853	29.2282	82.6496
50	2.1693	1.8158	2.1319	3.7117	2.865	5.4643	0.0802	-0.0701	0.0036	0.1959	0.0317	-0.1765	0.0421	0.1355	-0.1119	0.0728	0.0198	0.019	0.0779	0.0203	0.0957	14.0095	14.2683	79.2283
51	5.6164	2.7226	2.8959	2.3857	1.9354	2.7802	0.1008	-0.1563	-0.0301	0.0999	-0.1111	0.0312	0.0965	-0.1035	0.0102	0.0818	0.0187	0.0113	0.059	0.0155	0.058	11.4695	17.1502	72.507
52	2.5533	0.4597	0.9273	2.5145	1.024	2.5624	0.0266	0.022	0.1381	0.0634	0.0162	0.0364	-0.0615	0.0832	-0.0427	0.0925	0.0663	0.0024	0.0996	0.0061	0.0526	16.4283	16.3451	81.9658
53	1.1131	1.5503	1.4056	2.7205	2.2938	1.9915	0.1205	-0.3263	0.016	0.4788	-0.1785	0.1273	0.3149	-0.2146	0.0579	0.2586	0.0638	0.0118	0.2917	0.0157	0.2228	-4.5527	0.8887	84.3956
54	4.334	-0.3187	0.0016	0.9523	-0.8054	1.1158	-0.0398	0.1917	-0.1468	-0.149	0.1114	0.3592	0.1715	-0.348	-0.0716	0.1155	-0.0107	-0.0095	0.1963	-0.0738	0.2686	-1.8264	-5.8575	73.781
55	1.3802	0.8823	-0.2979	1.7132	0.1805	0.4468	0.094	-0.1929	0.0911	0.2033	-0.1204	0.112	0.0434	-0.0831	0.0264	0.1041	0.0129	-0.0029	0.1183	0.0076	0.0966	14.0419	4.3944	82.2248
56	1.4406	1.5794	-0.5747	2.717	-0.2424	5.7814	-0.0446	0.0156	-0.3874	0.0132	0.0099	0.1247	0.5936	-0.1741	0.0347	0.1305	-0.0047	0.0052	0.1274	0.0032	0.4306	7.8586	-15.3647	72.7529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	36 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	49 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	91 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	105 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	120 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	137 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	157 - 184
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	185 - 200
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	201 - 211
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	212 - 266
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	267 - 271
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	10 - 36
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	37 - 50
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	51 - 66
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	67 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	94 - 103
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	104 - 119
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	120 - 139
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	144 - 159
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	160 - 184
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	185 - 200
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	201 - 211
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	212 - 218
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	219 - 265
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	266 - 271
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	12 - 35
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	36 - 50
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	51 - 68
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	71 - 92
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	93 - 103
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	104 - 119
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	120 - 139
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	144 - 159
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	160 - 184
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	185 - 200
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	201 - 211
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	212 - 218
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	219 - 265
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	266 - 271
43	X-RAY DIFFRACTION	43	D	11 - 36
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	211 - 218
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	219 - 265
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	266 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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