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- PDB-4cq1: Crystal structure of the neuronal isoform of PTB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cq1
タイトルCrystal structure of the neuronal isoform of PTB
要素POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
キーワードTRANSLATION / RNA BINDING PROTEIN / NPTB / BRPTB
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neural precursor cell proliferation / mRNA splice site recognition / negative regulation of RNA splicing / regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PTBP2, RNA recognition motif 3 / PTBP2, RNA recognition motif 4 / PTBP2, RNA recognition motif 1 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...PTBP2, RNA recognition motif 3 / PTBP2, RNA recognition motif 4 / PTBP2, RNA recognition motif 1 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polypyrimidine tract-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Joshi, A. / Buckroyd, A.N. / Curry, S.
引用ジャーナル: Peerj / 年: 2014
タイトル: Solution and Crystal Structures of a C Terminal Fragment of the Neuronal Isoform of the Polypyrimidine Tract Binding Protein (Nptb)
著者: Joshi, A. / Esteve, V. / Buckroyd, A.N. / Blatter, M. / Allain, F.H.-T. / Curry, S.
履歴
登録2014年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2014年2月19日ID: 4CKO
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32014年4月16日Group: Database references
改定 1.42016年1月13日Group: Database references
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
B: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
C: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
D: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
E: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
F: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
G: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
H: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,66128
ポリマ－175,5938
非ポリマー1,06920
水14,088782
1
A: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1154
ポリマ－21,9491
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1815
ポリマ－21,9491
非ポリマー2324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0503
ポリマ－21,9491
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9852
ポリマ－21,9491
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1154
ポリマ－21,9491
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2166
ポリマ－21,9491
非ポリマー2675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0503
ポリマ－21,9491
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9491
ポリマ－21,9491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.000, 65.810, 99.580
Angle α, β, γ (deg.)89.99, 90.00, 89.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN 2 / NEURAL POLYPYRIMIDINE TRACT-BINDING PROTEIN / NEURALLY-ENRICHED HOMOLOG OF PTB / PTB-LIKE PROTEIN / NPTB


分子量: 21949.072 Da / 分子数: 8 / 断片: RRM3-RRM4, RESIDUES 336-531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UKA9
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
解説: INITIAL MAD SOLUTION WAS SOLVED IN P21 FROM AN SE- MET CRYSTAL IN SAME CONDITION. DURING REFINEMENT THE CORRECT SPACE GROUP WAS DETERMINED TO BE P1. SEE METHODS IN JOURNAL ARTICLE.
結晶化詳細: 0.1 M TRIS (PH 8.0), 2 MM ZNCL2, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.153
11-h,-k,l20.245
11h,-k,-l30.176
11-H, K, -L40.425
反射解像度: 1.69→44.74 Å / Num. obs: 153732 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.69→40.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 1.306 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20762 7790 5.1 %RANDOM
Rwork0.17003 ---
obs0.17188 145936 88.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.84 Å2-6.47 Å20.53 Å2
2---4.33 Å21.1 Å2
3----9.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→40.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11595 0 20 782 12397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0211309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9371.95116025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.583325854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.59251506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59425.079504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.782151963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3711536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02113568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2441.6696072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2441.6696071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1892.4957562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7811.8815747
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.692→1.736 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 548 -
Rwork0.235 10332 -
obs--85.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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