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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cpz
タイトルStructure of the Neuraminidase from the B/Lyon/CHU/15.216/2011 virus in complex with Zanamivir
要素NEURAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / NEURAMINIDASE INHIBITOR / RELENZA
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ZANAMIVIR / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA B VIRUS (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Escuret, V. / Casalegno, J.S. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. ...Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Escuret, V. / Casalegno, J.S. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. / Valla, F. / Valette, M. / Ottmann, M. / McCauley, J.W. / Daniels, R.S. / Lina, B.
引用ジャーナル: J.Infect.Dis. / 年: 2014
タイトル: A Novel I221 L Substitution in Neuraminidase Confers High Level Resistance to Oseltamivir in Influenza B Viruses.
著者: Escuret, V. / Collins, P.J. / Casalegno, J. / Vachieri, S.G. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. / Gamblin, S. / Valla, F. / Valette, M. / ...著者: Escuret, V. / Collins, P.J. / Casalegno, J. / Vachieri, S.G. / Cattle, N. / Ferraris, O. / Sabatier, M. / Frobert, E. / Caro, V. / Skehel, J.J. / Gamblin, S. / Valla, F. / Valette, M. / Ottmann, M. / Mccauley, J.W. / Daniels, R.S. / Lina, B.
履歴
登録2014年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Derived calculations
改定 1.32019年10月2日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAMINIDASE
B: NEURAMINIDASE
C: NEURAMINIDASE
D: NEURAMINIDASE
E: NEURAMINIDASE
F: NEURAMINIDASE
G: NEURAMINIDASE
H: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)418,83140
ポリマ－409,8748
非ポリマー8,95832
水22,9511274
1
E: NEURAMINIDASE
F: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

G: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

H: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,27419
ポリマ－204,9374
非ポリマー4,33715
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
crystal symmetry operation2_757-x+2,y+1/2,-z+21
Buried area21190 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area47910 Å2
手法PISA
2
A: NEURAMINIDASE
B: NEURAMINIDASE
C: NEURAMINIDASE
D: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,55721
ポリマ－204,9374
非ポリマー4,62017
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21640 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area48240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.344, 163.255, 123.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
NEURAMINIDASE


分子量: 51234.223 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA B VIRUS (B型インフルエンザウイルス)
株: B/LYON/CHU/15.216/2011 / 参照: UniProt: U5XBU0*PLUS, exo-alpha-sialidase

-
糖 , 4種, 23分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-ZMR / ZANAMIVIR / 4-GUANIDINO-2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / 4-guanidino-Neu5Ac2en / MODIFIED SIALIC ACID / ザナミビル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 332.310 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O7 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM

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非ポリマー , 3種, 1283分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE FOR B/LYON/CHU/15.216/2011 NEURAMINIDASE IS AVAILABLE THROUGH THE GLOBAL INITIATIVE ON ...THE SEQUENCE FOR B/LYON/CHU/15.216/2011 NEURAMINIDASE IS AVAILABLE THROUGH THE GLOBAL INITIATIVE ON SHARING ALL INFLUENZA DATABASE.THE ACCESSION NUMBER IS EPI498043.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG 1500, 0.1M SUCCINIC ACID PH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.5 Å / Num. obs: 164411 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CPO

4cpo


解像度: 2.2→48.503 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 8204 5 %
Rwork0.1533 --
obs0.1556 164328 96.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24126 0 584 1274 25984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00725386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12634267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0759260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0793682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.31662720.25465144X-RAY DIFFRACTION96
2.225-2.25120.27652300.25514644X-RAY DIFFRACTION87
2.2512-2.27860.32872600.24644934X-RAY DIFFRACTION91
2.2786-2.30750.26462550.22185249X-RAY DIFFRACTION98
2.3075-2.33780.29682690.21245298X-RAY DIFFRACTION98
2.3378-2.36990.28142800.20715275X-RAY DIFFRACTION99
2.3699-2.40370.25322840.19465296X-RAY DIFFRACTION98
2.4037-2.43960.25172940.19025261X-RAY DIFFRACTION99
2.4396-2.47770.22572860.17875316X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.51830.2442630.17865267X-RAY DIFFRACTION98
2.5183-2.56180.26492920.18995304X-RAY DIFFRACTION98
2.5618-2.60830.25122500.1915261X-RAY DIFFRACTION98
2.6083-2.65850.27422630.19325341X-RAY DIFFRACTION99
2.6585-2.71280.25922940.18275234X-RAY DIFFRACTION98
2.7128-2.77170.24772630.16865318X-RAY DIFFRACTION98
2.7717-2.83620.24912790.16725235X-RAY DIFFRACTION98
2.8362-2.90710.22532860.16155291X-RAY DIFFRACTION98
2.9071-2.98570.23382760.16945259X-RAY DIFFRACTION98
2.9857-3.07360.24122570.175211X-RAY DIFFRACTION98
3.0736-3.17280.22982990.16755184X-RAY DIFFRACTION96
3.1728-3.28610.21722430.16214691X-RAY DIFFRACTION87
3.2861-3.41770.22693050.15265209X-RAY DIFFRACTION97
3.4177-3.57320.17952800.14035294X-RAY DIFFRACTION98
3.5732-3.76150.16142930.1325255X-RAY DIFFRACTION98
3.7615-3.9970.14672730.12475278X-RAY DIFFRACTION98
3.997-4.30550.15992870.11635263X-RAY DIFFRACTION98
4.3055-4.73840.14272950.10985247X-RAY DIFFRACTION98
4.7384-5.42330.14392440.11025257X-RAY DIFFRACTION97
5.4233-6.82980.17432620.13174918X-RAY DIFFRACTION91
6.8298-48.5150.15072700.15355390X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6302-0.02320.06280.7277-0.12460.43130.05520.0680.16540.0034-0.04240.0985-0.0093-0.0426-0.01320.12510.0080.04580.1601-0.03150.2342-7.294236.307648.6862
20.74880.12130.13730.9073-0.0610.2260.0899-0.0627-0.17280.1882-0.05290.16670.0348-0.0391-0.03320.2228-0.05580.0380.1567-0.01220.2318-10.41360.723766.4491
30.80440.0733-0.09380.7349-0.060.23890.06640.09610.15380.0371-0.0573-0.40840.02070.02120.00060.14460.00640.01560.1713-0.0270.427132.519534.455752.218
40.8135-0.09050.05840.7438-0.03790.15040.1162-0.1273-0.37550.2158-0.0383-0.41080.08910.0311-0.04540.2949-0.0129-0.17120.1760.0160.484929.2026-1.080870.0673
50.5681-0.1127-0.0680.56340.51930.9116-0.12540.0738-0.1762-0.0572-0.29060.35480.3348-0.48060.00860.5226-0.30070.07170.6852-0.18630.118815.382455.3041101.1138
60.8615-0.1584-0.28960.63660.48230.5181-0.0745-0.1342-0.20250.0110.09-0.31210.29360.15750.01480.50.02330.04830.44790.05290.235855.099750.8963103.957
70.9347-0.0796-0.07420.8151-0.22870.69310.07350.18490.44920.037-0.1787-0.3179-0.14360.27140.07260.36570.03770.01620.60040.19420.4283-6.28359.2607115.4277
80.57230.0487-0.19330.8498-0.31760.48980.12330.43070.4283-0.03670.10330.4675-0.0467-0.3765-0.16180.32720.1580.01010.78060.25520.422943.50324.6607112.4321
90.1485-0.0183-0.02110.05750.0180.08620.0379-0.0258-0.02720.0275-0.0156-0.02260.0165-0.0068-0.01450.2225-0.0163-0.00160.2046-0.0120.272812.848423.023769.4104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 76:700)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 76:700)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESID 76:700)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESID 76:700)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN E AND RESID 76:700)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN F AND RESID 76:700)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN G AND RESID 76:700)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN H AND RESID 76:700)
9X-RAY DIFFRACTION9((CHAIN A AND RESID 2001:2314) OR (CHAIN B AND RESID 2001:2251) OR (CHAIN C AND RESID 2001:2255) OR (CHAIN D AND RESID 2001:2188) OR (CHAIN E AND RESID 2001:2102) OR (CHAIN F AND RESID 2001:2050) OR (CHAIN G AND RESID 2001:2058) OR (CHAIN H AND RESID 2001:2056))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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