PDB-4com: Crystal structure of the anaerobic ribonucleotide reductase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4com

タイトル

Crystal structure of the anaerobic ribonucleotide reductase from Thermotoga maritima with MES in the active site

要素

ANAEROBIC RIBONUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATE REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / RADICAL CHEMISTRY / ALLOSTERIC REGULATION / ANAEROBIC ENZYME

機能・相同性

anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase complex / Ribonucleoside-triphosphate reductase, anaerobic / Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase / ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin) activity / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA replication / nucleotide binding / metal ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Aurelius, O. / Johansson, R. / Bagenholm, V. / Beck, T. / Balhuizen, A. / Lundin, D. / Sjoberg, B.M. / Mulliez, E. / Logan, D.T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of Thermotoga Maritima Class III Ribonucleotide Reductase Lacks a Radical Cysteine Pre-Positioned in the Active Site.
著者: Aurelius, O. / Johansson, R. / Bagenholm, V. / Beck, T. / Balhuizen, A. / Lundin, D. / Sjoberg, B.M. / Mulliez, E. / Logan, D.T.

履歴

登録	2014年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 2.0	2018年1月17日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4com.cif.gz	719.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4com.ent.gz	607.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4com.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4com ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4com	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4coiSC 4cojC 4colC 4conC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u3e-d 4coi-d 4coj-d 4col-d 4con-d 3nbb-1 4ev2-2 2oov-2 3sx1-2 4ev2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ANAEROBIC RIBONUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATE REDUCTASE

B: ANAEROBIC RIBONUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATE REDUCTASE

ヘテロ分子

152 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.590, 96.030, 89.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.6612, 0.02988, -0.7496), (0.02513, -0.9995, -0.01767), (-0.7498, -0.00715, -0.6616)
ベクター: 16.41, -7.185, 36.08)

#1: タンパク質	ANAEROBIC RIBONUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATE REDUCTASE / ANAEROBIC RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE 分子量: 75674.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 株: MSB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL 参照: UniProt: Q9WYL6, ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.9 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.0097
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月27日詳細: TOROIDAL MIRROR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSING
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0097 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→29.4 Å / Num. obs: 100224 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ETRY 4COI

4coi

解像度: 1.92→29.399 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	2410	2.5 %
R_work	0.1535	-	-
obs	0.1542	95838	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.399 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9781	0	42	712	10535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	10166
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.477	13735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.19	3802
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	1455
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1744

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.9592	0.2826	150	0.2289	5496	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9592-2.0018	0.2313	137	0.2112	5446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0018-2.0483	0.2537	151	0.1966	5465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0483-2.0995	0.2331	131	0.1788	5494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0995-2.1563	0.2197	152	0.1707	5481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1563-2.2197	0.1917	132	0.1628	5464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2197-2.2913	0.2029	136	0.1605	5517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2913-2.3732	0.2109	122	0.1606	5521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3732-2.4682	0.1744	144	0.1544	5446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4682-2.5804	0.1739	144	0.1534	5495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5804-2.7164	0.1688	139	0.1488	5518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7164-2.8865	0.2033	145	0.1548	5502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8865-3.1091	0.2043	158	0.1594	5482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1091-3.4215	0.1919	129	0.1569	5512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4215-3.9157	0.1782	146	0.1418	5542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9157-4.9296	0.1384	152	0.1235	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9296-29.4027	0.1608	142	0.1533	5528	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3009	-0.2532	0.262	1.1254	-0.5501	2.9162	-0.0857	-0.1789	-0.0381	0.1812	0.0547	0.2127	-0.0848	-0.4095	0.0008	0.1724	0.0131	0.0341	0.264	-0.0153	0.2086	5.4719	-3.1603	31.3224
2	1.3922	0.0718	-0.4049	0.6035	-0.0427	1.4708	-0.0215	0.0936	-0.0512	0.1428	0.0097	-0.1755	-0.0143	0.2047	0.0062	0.1662	0.0061	-0.0439	0.1945	0.0179	0.2261	41.3801	-4.2541	22.8988
3	0.8699	-0.1182	0.1479	1.7654	1.1897	1.8791	-0.0307	-0.2311	0.0452	0.2948	0.0577	-0.0764	-0.0827	-0.0446	-0.0271	0.3384	0.0207	-0.0075	0.2088	0.0198	0.1735	24.9529	-0.7663	44.9366
4	1.5247	0.6819	-0.4666	1.9193	-2.1208	2.7448	0.0064	0.0392	0.5686	0.397	0.1441	0.0618	-0.5746	-0.0899	-0.0864	0.4642	-0.0032	-0.0318	0.2485	-0.0179	0.4463	39.0543	14.6509	31.5941
5	1.94	0.0309	0.114	0.4569	0.0778	0.7837	-0.0193	-0.068	0.0392	0.0273	0.0226	0.0631	-0.0067	-0.1475	-0.0143	0.158	0.0314	-0.0013	0.2101	-0.0211	0.1945	3.0885	-1.5368	8.8232
6	1.983	0.1634	-0.0793	1.4223	0.3701	1.1504	-0.0666	0.2926	-0.0497	-0.2318	0.146	-0.2154	-0.0876	0.3088	0.0135	0.1784	-0.0185	0.0445	0.3365	-0.0259	0.1905	33.3952	-1.9287	-8.0574
7	1.626	0.643	-1.7036	2.0868	1.0196	3.3511	-0.0726	0.6261	-0.0421	-0.6187	0.1711	-0.0739	-0.0324	-0.0112	0.0219	0.3137	-0.0525	0.052	0.4879	-0.055	0.2361	23.666	-8.6085	-20.2653
8	1.7651	0.4713	0.2664	1.0632	0.3174	1.203	-0.1068	0.4173	-0.0997	-0.2096	0.0897	0.0425	0.0584	-0.0666	0.0241	0.2061	0.0014	-0.0188	0.3404	-0.0007	0.1882	-0.4033	-6.1708	-12.1816
9	1.2575	0.6762	0.3334	1.006	-1.255	3.3021	-0.0765	0.5386	-0.6148	-0.5426	0.1773	-0.2162	0.6019	0.1423	-0.0092	0.4641	-0.0745	0.047	0.5854	-0.1811	0.3382	16.9445	-17.4254	-22.7069
10	5.8113	-1.1825	4.2179	7.7372	-5.5479	5.9991	0.2974	-0.4137	-0.7085	0.1136	0.0401	0.639	0.0512	-0.1653	-0.284	0.425	0.0522	0.0365	0.44	-0.085	0.4924	22.6541	-26.7484	-3.8611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 119 THROUGH 386 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 387 THROUGH 546 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 547 THROUGH 632 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 152 THROUGH 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 277 THROUGH 351 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 352 THROUGH 546 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 547 THROUGH 593 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 594 THROUGH 630 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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