PDB-4cn0: An intertwined homodimer of the PDZ homology domain of AHNAK2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cn0

タイトル

An intertwined homodimer of the PDZ homology domain of AHNAK2

要素

PROTEIN AHNAK2

キーワード

CELL CYCLE / DOMAIN SWAPPING / INTERTWINING / PDZ DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of RNA splicing / T-tubule / sarcolemma / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Han, H. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Periaxin and Ahnak Nucleoprotein 2 Form Intertwined Homodimers Through Domain Swapping
著者: Han, H. / Kursula, P.

履歴

登録	2014年1月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月23日	Group: Atomic model
改定 1.3	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.4	2014年12月17日	Group: Data collection
改定 1.5	2018年3月7日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cn0.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cn0.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cn0_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cn0_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	4cn0_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	4cn0_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cn0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cmzSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wjw-d 6fnn-2 2ccl-2 6sbx-d 3r8k-1 4laq-d 4l8p-d 3r8k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN AHNAK2

B: PROTEIN AHNAK2

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.730, 81.730, 65.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2067- HOH

#1: タンパク質	PROTEIN AHNAK2 分子量: 10828.055 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 108-203 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8IVF2
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG8000, 50 MM KH2PO4, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9669
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9669 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 25792 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.7 % / B_iso Wilson estimate: 36.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CMZ

4cmz

解像度: 1.75→47.999 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	1288	5 %
R_work	0.1805	-	-
obs	0.1818	25739	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1423	0	40	113	1576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1505
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	2020
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.718	584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	258

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.82	0.282	140	0.2601	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.9029	0.2541	143	0.2338	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9029-2.0032	0.2627	140	0.2112	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.1287	0.2247	142	0.1852	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1287-2.2931	0.2383	142	0.1808	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2931-2.5238	0.2015	143	0.1837	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5238-2.889	0.2368	143	0.1862	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.889-3.6396	0.2034	145	0.1814	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6396-48.0167	0.183	150	0.1688	2847	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5954	-0.3206	-0.5063	0.4809	0.1423	0.6205	-0.1735	0.161	-0.08	-0.1798	0.2142	0.2188	0.6138	0.1496	0.0003	0.6301	-0.0008	-0.0429	0.3388	0.0136	0.4093	36.0501	8.1187	-6.7701
2	0.3621	-0.4533	-0.3907	0.7005	0.0527	0.9523	0.5045	0.2746	0.0233	0.1757	-0.2588	0.1643	0.7119	-0.4493	0.0002	0.3851	-0.0829	-0.0417	0.4125	0.0021	0.3886	28.2863	17.9932	-13.5364
3	0.4381	-0.3981	-0.3938	1.0616	0.4251	0.6328	-0.2988	0.2486	-0.0533	-0.0065	0.0795	-0.4693	0.1296	0.4942	-0.0003	0.347	0.0046	0.0053	0.385	0.0338	0.4462	41.5513	18.7305	-10.927
4	1.2183	-0.4102	0.0643	1.1266	-0.0271	0.2046	-0.1427	-0.1764	0.0882	-0.1856	0.1864	0.0247	0.1192	-0.0895	-0.0002	0.3753	-0.0232	-0.0039	0.3637	0.0237	0.3923	31.4729	17.0997	-0.8168
5	1.8641	0.2652	-2.0483	0.6216	-0.2301	2.2559	-0.186	-0.0285	0.0883	0.3007	0.3069	0.0138	0.1734	-0.5086	-0.0009	0.3749	0.0441	-0.0057	0.5689	0.0869	0.4217	22.0827	18.4737	7.4579
6	0.2967	-0.3254	-0.237	0.4632	0.0167	0.342	-0.2747	-0.8844	-0.517	0.2857	0.4013	-0.2319	0.8306	-0.6797	0.0001	0.6316	0.029	-0.0287	0.6381	0.1112	0.5731	23.4975	7.8766	12.7336
7	0.1598	0.3293	0.2538	3.0488	-0.8946	1.0801	0.2474	0.4247	0.1013	0.9055	0.7086	0.5616	0.0408	-0.5519	0.1984	0.2754	0.096	0.0134	0.8373	0.1855	0.4533	16.6417	20.7168	9.6185
8	2.8937	0.1102	0.1377	2.3227	0.9361	1.7103	-0.7485	0.3291	-0.4806	0.1829	0.8866	-0.0321	-0.6859	-0.0943	0.0078	0.5038	0.1546	0.026	0.6317	0.1346	0.3687	18.7676	21.4987	15.2799
9	0.1065	-0.1462	-0.0285	0.3511	0.105	0.0377	0.0847	-1.0067	-1.3146	-0.1179	0.6494	0.1012	0.9323	-0.8399	0.0161	0.5239	-0.0211	0.1024	0.9516	0.252	0.6987	13.6882	11.6976	11.6815
10	1.7916	-1.02	-1.2373	2.1713	-0.5629	2.3082	-0.1521	-0.0672	0.0693	0.0845	0.2296	0.074	0.0007	-0.3628	0.0001	0.2934	-0.0228	-0.0287	0.3917	0.0432	0.376	25.4477	19.6379	-0.1858
11	0.9142	0.0078	-0.2817	0.2655	0.1544	0.2193	-0.1747	0.1414	-0.2814	0.0771	0.0261	-0.0681	1.3553	0.2228	-0.0001	0.6073	0.0607	0.0267	0.3475	-0.0421	0.4034	34.2582	8.5152	-9.545
12	0.1759	0.0707	-0.058	0.3146	0.0618	0.0682	0.2758	-0.4857	0.7644	0.081	-0.742	1.3616	-1.5103	-0.6749	-0.0066	0.7126	-0.0014	0.062	0.54	-0.1483	0.5128	42.5388	-9.7383	-28.4079

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 109 THROUGH 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 124 THROUGH 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 139 THROUGH 154 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 155 THROUGH 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 171 THROUGH 195 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 111 THROUGH 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 121 THROUGH 130 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 131 THROUGH 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 146 THROUGH 154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 155 THROUGH 185 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 186 THROUGH 195 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 196 THROUGH 203 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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