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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cmz | ||||||
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タイトル | An intertwined homodimer of the PDZ homology domain of periaxin | ||||||
要素 | PERIAXIN | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / DOMAIN SWAPPING / INTERTWINING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axon ensheathment / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of RNA splicing / 横行小管 / 細胞結合 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Han, H. / Kursula, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Periaxin and Ahnak Nucleoprotein 2 Form Intertwined Homodimers Through Domain Swapping 著者: Han, H. / Kursula, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cmz.cif.gz | 119.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cmz.ent.gz | 98 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cmz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cmz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10045.292 Da / 分子数: 3 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 14-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9BXM0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 2000 MME, 0.15 M KBR, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.915 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 15882 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 79.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.7→39.92 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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