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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4clf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human soluble Adenylyl Cyclase (Apo form) | ||||||
![]() | ADENYLATE CYCLASE TYPE 10 | ||||||
![]() | LYASE / ADENOSINE-3'\ / 5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / bicarbonate binding / astrocyte end-foot / neuron projection retraction / : / central region of growth cone / positive regulation of glycogen catabolic process / glucose catabolic process ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / bicarbonate binding / astrocyte end-foot / neuron projection retraction / : / central region of growth cone / positive regulation of glycogen catabolic process / glucose catabolic process / regulation of mitophagy / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / regulation of membrane repolarization / adenylate cyclase / basal part of cell / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cAMP biosynthetic process / positive regulation of ossification / adenylate cyclase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial membrane potential / spermatid development / positive regulation of axon extension / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cilium / ATPase binding / manganese ion binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kleinboelting, S. / Moniot, S. / Weyand, M. / Steegborn, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Human Soluble Adenylyl Cyclase Reveal Mechanisms of Catalysis and of its Activation Through Bicarbonate. 著者: Kleinboelting, S. / Diaz, A. / Moniot, S. / Van Den Heuvel, J. / Weyand, M. / Levin, L.R. / Buck, J. / Steegborn, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Expression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of a Mammalian Type 10 Adenylyl Cyclase. 著者: Kleinboelting, S. / Van Den Heuvel, J. / Kambach, C. / Weyand, M. / Leipelt, M. / Steegborn, C. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54269.664 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.8, 0.2 M TRI-SODIUM-CITRATE, 15% (W/V) PEG 4000, 10% (V/V) GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI111-DCM WITH SAGITTAL BENDER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→44.45 Å / Num. obs: 60638 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.7→49.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.756 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.026 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.83 Å
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拘束条件 |
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