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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ckm | ||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal domain of Leishmania SAS-6 | ||||||
要素 | SAS-6 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / BASAL BODY / CENTRIOLE / CARTWHEEL / TRYPANOSOMATIDS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | van Breugel, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Structure of the SAS-6 cartwheel hub from Leishmania major. 著者: van Breugel, M. / Wilcken, R. / McLaughlin, S.H. / Rutherford, T.J. / Johnson, C.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ckm.cif.gz | 99.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ckm.ent.gz | 77.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ckm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ckm_validation.pdf.gz | 455.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ckm_full_validation.pdf.gz | 458.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ckm_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ckm_validation.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4ckm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4ckm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19680.324 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 97-274 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア) 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET28 DERIVATIVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: E9AFQ5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % 解説: STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD USING A DATASET OBTAINED FROM CRYSTALS OF THE SELENOMETHIONINE DERIVATIVE. |
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結晶化 | pH: 5.1 詳細: 100 MM BISTRIS PH 5.1, 200 MM MGCL2, 20% (W/V) PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9794 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→48.86 Å / Num. obs: 48008 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.15→79.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.924 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.513 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→79.49 Å
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拘束条件 |
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