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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4civ | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis type 2 dehydroquinase in complex with (1R,4R,5R)-1,4,5-trihydroxy-3-hydroxymethylcyclohex-2-ene-1-carboxylic acid | ||||||
![]() | 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE | ||||||
![]() | LYASE / BACTERIAL PROTEINS / INHIBITOR / PROTEIN BINDING / SHIKIMIS ACID PATHWAY / SUBSTRATE SPECIFICITY | ||||||
機能・相同性 | ![]() quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Blanco, B. / Sedes, A. / Peon, A. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Exploring the water-binding pocket of the type II dehydroquinase enzyme in the structure-based design of inhibitors. 著者: Blanco, B. / Sedes, A. / Peon, A. / Otero, J.M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12|||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15676.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A4Z6, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase |
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#2: 化合物 | ChemComp-48P / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 32% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.3 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M 4-(2-HYDROXYETHYL)-PIPERAZINE-1-ETHANESULFONIC ACID SODIUM SALT (HEPES) PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月28日 / 詳細: PT COATED SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: HORIZONTALLY DIFFRACTING MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→38 Å / Num. obs: 3103 / % possible obs: 81.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 71 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Y71 解像度: 2.9→36.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 22.233 / SU ML: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.531 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE REFINED INDIVIDUALLY GAP BY DISORDERED REGION BETWEEN ARG-19 AND GLY-25 INHIBITOR INCLUDED IN ENZYME ACTIVE SITE BY SOAKING OF ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE REFINED INDIVIDUALLY GAP BY DISORDERED REGION BETWEEN ARG-19 AND GLY-25 INHIBITOR INCLUDED IN ENZYME ACTIVE SITE BY SOAKING OF APO- CRYSTALS IN INHIBITOR SOLUTION
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.937 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→36.45 Å
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拘束条件 |
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