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- PDB-4cid: Structural insights into the N-terminus of the EHD2 ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cid
タイトルStructural insights into the N-terminus of the EHD2 ATPase
要素EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
キーワードHYDROLASE / MECHANOCHEMICAL ATPASE / DYNAMIN SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endocytic recycling / plasma membrane tubulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / endocytic recycling / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of myoblast fusion / intercellular bridge / endocytic vesicle / cilium assembly / protein localization to plasma membrane ...positive regulation of endocytic recycling / plasma membrane tubulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / endocytic recycling / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of myoblast fusion / intercellular bridge / endocytic vesicle / cilium assembly / protein localization to plasma membrane / caveola / endocytosis / recycling endosome membrane / microtubule cytoskeleton / early endosome / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase; domain 3 - #20 / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / Topoisomerase; domain 3 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain ...Topoisomerase; domain 3 - #20 / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / Topoisomerase; domain 3 / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / EH domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shah, C. / Daumke, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Insights Into Membrane Interaction and Caveolar Targeting of Dynamin-Like Ehd2.
著者: Shah, C. / Hegde, B.G. / Mor, B. / Behrmann, E. / Mielke, T. / Moenke, G. / Spahn, C.M. / Lundmark, R. / Daumke, O. / Langen, R.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2134
ポリマ－62,6421
非ポリマー5713
水724
1
A: EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子

A: EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4268
ポリマ－125,2852
非ポリマー1,1416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area8220 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area48440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.851, 134.653, 56.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 EH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2


分子量: 62642.273 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PSKB2-LNB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q8BH64, dynamin GTPase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
解説: DATA COLLECTION STATISTICS ARE FOR THE ANOMALOUS DATA. EXPERIMENTAL (SEMET-DERIVED) PHASES DEPOSITED.
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 100 MM MES PH 6.5, 20 MM MGCL2, 4% PEG3350, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97969
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→41 Å / Num. obs: 26426 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.63 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QPT

2qpt


解像度: 3→78.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 53.277 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.467
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES HAVE BEEN ADDED WITH TLS. EXPERIMENTAL (SEMET-DERIVED) PHASES USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27917 699 4.9 %RANDOM
Rwork0.23019 ---
obs0.23255 13424 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å2-0.41 Å2
2---2.28 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→78.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3956 0 33 4 3993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194075
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0272.0015507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71839176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3735492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27723.743179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1215688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5951528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6746.2861983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6746.2861982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9359.4152470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7956.482091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 57 -
Rwork0.337 989 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22560.59073.24060.33970.95763.8355-0.4543-0.37790.34540.36230.13330.07870.249-0.06430.3211.01580.2668-0.01720.5552-0.0650.40332.6932-43.63320.5781
21.79730.72720.43911.12230.01470.8830.1330.0225-0.04670.3911-0.0383-0.0036-0.1586-0.0855-0.09470.2375-0.01870.08220.1112-0.030.078517.7646-52.0214-9.7448
31.6338-0.3581-0.59272.89171.95091.5213-0.21780.0078-0.2007-0.4620.2799-0.0791-0.2603-0.0058-0.06210.2034-0.10410.04920.35450.06470.051133.3236-26.6832-16.2083
44.36254.78151.142211.59952.32810.482-0.27390.27290.4033-0.58820.2230.0597-0.11350.05250.05090.19940.0060.0530.1814-0.02420.214330.2159-68.6141-15.5103
52.9192-0.2271.44553.02910.68063.24810.16970.2729-0.0093-0.0718-0.1667-0.10530.14060.0236-0.0030.07980.0120.0330.18810.02340.04930.4948-85.0038-43.2722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 114
3X-RAY DIFFRACTION2A126 - 286
4X-RAY DIFFRACTION3A17 - 56
5X-RAY DIFFRACTION3A287 - 403
6X-RAY DIFFRACTION4A404 - 423
7X-RAY DIFFRACTION5A441 - 539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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