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- PDB-4chu: E. coli IscR-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4chu
タイトルE. coli IscR-DNA complex
要素
  • (HYA PROMOTER FRAGMENT) x 2
  • HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR ISCR
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA RECOGNITION / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / RRF2-LIKE REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / iron ion binding / DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor HTH, IscR / Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Transcription factor HTH, IscR / Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator IscR
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.489 Å
データ登録者Santos, J.A. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The Unique Regulation of Iron-Sulfur Cluster Biogenesis in a Gram-Positive Bacterium.
著者: Santos, J.A. / Alonso-Garcia, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.
履歴
登録2013年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR ISCR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR ISCR
C: HYA PROMOTER FRAGMENT
D: HYA PROMOTER FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3244
ポリマ－51,3244
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9870 Å2
ΔGint-63.4 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.015, 75.835, 173.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.906403, 0.421922, -0.020374), (0.420988, 0.898331, -0.125578), (-0.034682, -0.122402, -0.991874)
ベクター: -8.4702, 3.3643, 29.7306)

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要素

#1: タンパク質 HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR ISCR / ISCR


分子量: 17367.414 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PETZ2_1A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: C3SZN7
#2: DNA鎖 HYA PROMOTER FRAGMENT


分子量: 8296.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 557270520
#3: DNA鎖 HYA PROMOTER FRAGMENT


分子量: 8292.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 557270520
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細INSERTION OF G BETWEEN RESIDUES 1 AND 2. MUTATIONS C92S, C98S, C104S. ADDITIONAL 5' G ADDITIONAL 5' C

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 0.1M CITRIC ACID PH 4.0, 0.1M LICL, 20% (W/V) PEG6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→46 Å / Num. obs: 23387 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: T. POTENS ISCR

解像度: 2.489→45.973 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 1193 5.1 %
Rwork0.2067 --
obs0.209 23250 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.489→45.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1841 1101 0 15 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3814468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.6281233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4888-2.58850.38261410.33952313X-RAY DIFFRACTION95
2.5885-2.70630.361280.30852426X-RAY DIFFRACTION100
2.7063-2.84890.26791230.27292416X-RAY DIFFRACTION100
2.8489-3.02740.29021150.26542461X-RAY DIFFRACTION100
3.0274-3.26110.31191460.23462410X-RAY DIFFRACTION99
3.2611-3.58910.24251460.2112389X-RAY DIFFRACTION98
3.5891-4.10820.23031360.18252485X-RAY DIFFRACTION100
4.1082-5.17480.21931240.16492505X-RAY DIFFRACTION100
5.1748-45.98120.21321340.17952652X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.48640.13451.26796.12950.35636.4923-0.14560.0591-0.21680.2311-0.0928-0.16740.03350.26590.20840.1741-0.0292-0.0110.2368-0.06930.341217.721985.2081-8.7488
22.1606-0.2634-0.51892.46562.48884.4913-0.0733-0.15030.0198-0.0529-0.13790.1881-0.0761-0.70790.17560.2224-0.02650.01090.45920.00030.3348.367990.1005-0.9307
35.8361-0.95460.28892.5726-3.78885.80430.1296-0.07951.24040.8012-0.3695-0.4654-1.5880.33740.35450.5588-0.11290.02550.6843-0.13870.499719.9515102.539-1.3346
45.8833-0.3042-4.32310.898-0.42034.0804-0.11150.1943-0.3803-0.35520.0219-0.04490.7984-0.09970.04380.6593-0.0985-0.00410.8230.0160.427313.590989.92621.8908
52.37630.36460.29993.2643-0.52757.29450.1067-0.8752-0.1780.6019-0.1394-0.01131.29740.7566-0.01330.79780.04850.00081.06270.07190.395517.749987.706229.736
63.8907-0.5887-0.16622.50971.77963.9252-0.0633-0.62390.02170.25160.3421-0.18590.20090.8123-0.26160.3398-0.0497-0.01760.5280.0390.416622.2694.08115.9066
72.15140.6716-0.97380.2294-0.52132.38880.0884-0.3236-0.8429-0.08770.5228-0.09051.9946-0.2722-0.24771.95170.0984-0.17761.48370.26620.567415.23172.578733.5475
84.32420.33782.61124.14840.22672.65380.3045-0.0516-0.6968-0.1134-0.05670.43381.4618-0.5672-0.34310.6693-0.05090.01580.7227-0.11880.58767.546871.6309-9.2071
92.3097-0.18051.20433.6019-2.22616.47950.35440.1629-0.8488-0.02590.39580.27081.28290.4251-0.68740.71810.008-0.11840.7043-0.10530.5529.105270.5847-10.4697
101.44340.39162.87780.67391.25796.1284-0.0438-0.8536-0.767-0.07320.28640.09742.44280.59230.04131.8305-0.00960.08571.52110.32660.716114.874672.302232.5085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 39 THROUGH 122 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 123 THROUGH 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 20 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 21 THROUGH 83 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 84 THROUGH 135 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 12 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 13 THROUGH 27 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND (RESID 17 THROUGH 27 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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