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- PDB-4chk: Crystal Structure of the ARF5 oligomerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4chk
タイトルCrystal Structure of the ARF5 oligomerization domain
要素AUXIN RESPONSE FACTOR 5
キーワードTRANSCRIPTION / PB1
機能・相同性
機能・相同性情報


longitudinal axis specification / meristem development / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / flower development / root development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / transcription cis-regulatory region binding ...longitudinal axis specification / meristem development / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / flower development / root development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily ...Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / : / PB1 domain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin response factor 5
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Nanao, M.H. / Mazzoleni, M. / Thevenon, E. / Brunoud, G. / Vernoux, T. / Parcy, F. / Dumas, R.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Oligomerisation of Auxin Transcriptional Regulators
著者: Nanao, M.H. / Vinos-Poyo, T. / Brunoud, G. / Thevenon, E. / Mazzoleni, M. / Mast, D. / Laine, S. / Wang, S. / Hagen, G. / Li, H. / Guilfoyle, T.J. / Parcy, F. / Vernoux, T. / Dumas, R.
履歴
登録2013年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
B: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
C: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
D: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
E: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
F: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
G: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
H: AUXIN RESPONSE FACTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6888
ポリマ－112,6888
非ポリマー00
水2,864159
1
A: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
E: AUXIN RESPONSE FACTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1722
ポリマ－28,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-9.3 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PQS
2
B: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
D: AUXIN RESPONSE FACTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1722
ポリマ－28,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PQS
3
C: AUXIN RESPONSE FACTOR 5
F: AUXIN RESPONSE FACTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1722
ポリマ－28,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-4.1 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PQS
4
H: AUXIN RESPONSE FACTOR 5

D: AUXIN RESPONSE FACTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1722
ポリマ－28,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
5
G: AUXIN RESPONSE FACTOR 5

F: AUXIN RESPONSE FACTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1722
ポリマ－28,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
6
G: AUXIN RESPONSE FACTOR 5

B: AUXIN RESPONSE FACTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1722
ポリマ－28,1722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)196.264, 86.438, 91.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.2377, -0.8586, -0.4542), (-0.1659, -0.4967, 0.8519), (-0.9571, -0.1272, -0.2605)73.4224, 4.4159, 21.8426
2given(-0.2846, 0.5523, -0.7836), (0.9586, 0.1636, -0.2329), (-0.0004, -0.8174, -0.576)76.3148, -29.9313, 44.0567
3given(-0.2196, -0.9721, -0.0824), (-0.5133, 0.0433, 0.8571), (-0.8297, 0.2305, -0.5085)79.0377, 3.4112, 75.1284
4given(0.7946, 0.4602, 0.396), (-0.5807, 0.7663, 0.2748), (-0.177, -0.4483, 0.8762)7.7122, 15.7668, -15.8001
5given(0.1938, 0.2227, -0.9554), (0.8934, -0.4424, 0.0781), (-0.4052, -0.8688, -0.2847)73.217, -37.6059, 23.3201
6given(-0.4136, -0.3739, 0.8301), (-0.4415, -0.715, -0.5421), (0.7962, -0.5907, 0.1306)30.1124, 55.3111, -26.391
7given(0.7619, -0.6324, -0.1399), (0.4928, 0.7061, -0.5085), (0.4204, 0.3184, 0.8496)0.3592, -25.2307, 6.1533

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要素

#1: タンパク質
AUXIN RESPONSE FACTOR 5 / AUXIN-RESPONSIVE PROTEIN IAA24 / TRANSCRIPTION FACTOR MONOPTEROS / AUXIN RESPONSE FACTOR 5 ARF5


分子量: 14085.997 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 779-902 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P93024
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 12% DIOXANE, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月26日 / 詳細: KB
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 33135 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 98.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.37
反射 シェル解像度: 2.84→3.01 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.85→45.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9376 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR THE D, E, F, G AND H IS POOR AND RESIDUES 62-64 WERE OMITTED FROM CHAINS F,G AND H THE DENSITY FOR THE C-TERMINAL HELIX WAS OF GOOD QUALITY IN SUBUNIT A, BUT POOR FOR ...詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR THE D, E, F, G AND H IS POOR AND RESIDUES 62-64 WERE OMITTED FROM CHAINS F,G AND H THE DENSITY FOR THE C-TERMINAL HELIX WAS OF GOOD QUALITY IN SUBUNIT A, BUT POOR FOR THE REMAINING SUBUNITS, ESPECIALLY TOWARDS THE END OF THE MODELLED HELIX. HOWEVER, IN SUBUNIT E, BROKEN AND POORLY DEFINED HELICAL DENSITY EXTENDED FURTHER AND WAS MODELLED AS RESIDUES LYS 112 TO ILE 119, BUT INTERPRETATION OF THIS REGION SHOULD BE DONE WITH CARE BECAUSE OF THE QUALITY OF THE ELECTRON DENSITY. SIMILARLY, IN SUBUNIT H, RESIDUES GLY 110 TO ASP121 WERE ORDERED AND VISIBLE, PROBABLY BECAUSE THIS SEGMENT MAKES CRYSTAL CONTACTS WITH SUBUNIT C AND F.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 1725 5.22 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1843 33076 --
原子変位パラメータBiso mean: 88.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.2794 Å20 Å2-2.9066 Å2
2--1.9208 Å20 Å2
3----16.2002 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.504 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→45.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5937 0 0 159 6096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016063HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.228193HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2137SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes853HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6063HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion773SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6487SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.94 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 148 5.22 %
Rwork0.2543 2688 -
all0.259 2836 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.63130.51640.56683.4737-0.32362.71880.2679-0.0831-0.49620.2868-0.3091-0.00850.0150.26090.0411-0.1367-0.13120.0507-0.1484-0.0064-0.146552.1614-11.694328.3651
26.11262.07180.32514.34280.50544.8764-0.0468-0.12860.0035-0.02610.065-0.5185-0.20190.1126-0.0182-0.1562-0.253-0.006-0.178-0.0178-0.108173.00864.38821.7354
35.2035-1.49551.05434.07020.40865.6707-0.00970.2025-0.0583-0.1434-0.02960.1481-0.8063-0.69270.0393-0.05830.03990.167-0.1763-0.0703-0.192424.51243.497422.7801
47.29111.05710.89226.8974-2.033.1368-0.26220.5330.4630.57720.40660.14-0.359-0.2208-0.1444-0.0343-0.18420.0515-0.21650.1074-0.186752.122413.453113.5148
52.57852.825-1.22865.9438-3.73119.7048-0.0015-0.02350.16850.67380.01110.3337-0.4816-0.3331-0.00950.0666-0.20150.0905-0.13680.0547-0.169343.3692-21.02348.6311
64.59544.509-0.300112.32881.43614.79310.24910.129-1.0820.2671-0.4287-0.85830.0936-0.36770.1797-0.3502-0.2230.0543-0.2108-0.17010.088817.9958-20.238519.4152
79.3955-2.9797-1.38386.8178-1.07214.1430.29380.255-0.7183-0.57330.00360.34730.0787-0.4184-0.2975-0.3130.2740.0405-0.16260.13250.065762.90316.812462.9474
80.76630.7781-0.98391.70761.53225.04070.33470.3343-0.4473-0.3502-0.22510.09990.10290.8184-0.1097-0.21730.1356-0.02830.0244-0.2138-0.117454.2375-16.56125.0147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 18:115
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESSEQ 19:110
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESSEQ 18:109
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND RESSEQ 18:109
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND { RESSEQ 18:108 OR RESSEQ 111:119 }
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F AND RESSEQ 18:108
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G AND { RESSEQ 18:61 OR RESSEQ 65:108 }
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H AND { RESSEQ 18:61 OR RESSEQ 65:106 OR RESSEQ 110:121 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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