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万見
- PDB-4chi: (R)-selective amine transaminase from Aspergillus fumigatus at 1.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4chi
タイトル(R)-selective amine transaminase from Aspergillus fumigatus at 1.27 A resolution
要素BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / carboxylic acid metabolic process / transaminase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Branched-chain amino acid aminotransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Thomsen, M. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystallographic Characterization of the (R)-Selective Amine Transaminase from Aspergillus Fumigatus.
著者: Thomsen, M. / Skalden, L. / Palm, G.J. / Hohne, M. / Bornscheuer, U.T. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the (R)-Selective Amine Transaminase from Aspergillus Fumigatus
著者: Thomsen, M. / Skalden, L. / Palm, G.J. / Hoehne, M. / Bornscheuer, U.T. / Hinrichs, W.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_source
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
B: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,59718
ポリマ－74,3852
非ポリマー1,21316
水18,5731031
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-110.4 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.367, 120.935, 135.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.864, -0.007, -0.504), (-0.008, -1), (-0.504, 0.004, -0.864)
ベクター: 24.3019, 71.63666, 88.77213)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE / R-SELECTIVE AMINE TRANSAMINASE


分子量: 37192.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 株: AF293 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4WH08, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの, beta-alanine-pyruvate transaminase

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非ポリマー , 7種, 1047分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): COVALENTLY LINKED TO LYS179

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
解説: THE DATA SET AT WAVELENGTH 0.9184 A WAS USED FOR DATA COLLECTION STATISTICS AND REFINEMENT. THE DATA SET AT WAVELENGTH 1.7712 A WAS USED FOR S-SAD AND ANOMALOUS MAP CALCULATION.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20 MM TRICINE PH 7.5, 0.01 MM PLP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841,1.7712
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918411
21.77121
反射解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 426722 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.27→1.35 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.27→47.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.972 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. OCCUPANCIES OF ANOMALOUS SCATTERERS WERE SET TO ACCOMMODATE NORMAL AND ANOMALOUS MAPS, OCCASIONALLY RESULTING ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. OCCUPANCIES OF ANOMALOUS SCATTERERS WERE SET TO ACCOMMODATE NORMAL AND ANOMALOUS MAPS, OCCASIONALLY RESULTING IN UNINTERPRETABLE B-FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12697 10991 5 %RANDOM
Rwork0.10329 ---
obs0.10447 208810 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.118 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5043 0 62 1031 6136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8421.9868717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.195314018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.785892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31723.883291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.792151107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4321546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0217357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8251.2492951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7791.2462950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1771.8913779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6061.5343313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.48512276
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.268→1.301 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 783 -
Rwork0.264 14859 -
obs--96.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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