PDB-4chg: Crystal structure of VapBC15 complex from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4chg

タイトル

Crystal structure of VapBC15 complex from Mycobacterium tuberculosis

要素

ANTITOXIN VAPB15
PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX / PIN DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of growth / negative regulation of growth / RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to hypoxia / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Das, U. / Pogenberg, V. / Tiruttani Subhramanyam, U.K. / Wilmanns, M. / Srinivasan, A. / Gourinath, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Vapbc-15 Complex from Mycobacterium Tuberculosis Reveals a Two-Metal Ion Dependent Pin-Domain Ribonuclease And a Variable Mode of Toxin-Antitoxin Assembly.
著者: Das, U. / Pogenberg, V. / Subhramanyam, U.K.T. / Wilmanns, M. / Gourinath, S. / Srinivasan, A.

履歴

登録	2013年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Data collection / Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4chg.cif.gz	381.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4chg.ent.gz	329.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4chg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4chg_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4chg_full_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示
XML形式データ	4chg_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	4chg_validation.cif.gz	55.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4chg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4chg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5tcy-3 5tcy-2 3n21-d 5tcy-1 5t9q-d 5ix8-1 5l8p-d 3vo9-1 5wr6-d 2qob-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

B: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

C: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

D: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

E: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

F: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

G: ANTITOXIN VAPB15

H: ANTITOXIN VAPB15

I: ANTITOXIN VAPB15

J: ANTITOXIN VAPB15

ヘテロ分子

130 kDa, 10 ポリマー
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1

A: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

B: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

G: ANTITOXIN VAPB15

H: ANTITOXIN VAPB15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 4 ポリマー
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2

C: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

D: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

I: ANTITOXIN VAPB15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 3 ポリマー
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3

E: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

F: PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15

J: ANTITOXIN VAPB15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.160, 131.200, 149.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PROBABLE RIBONUCLEASE VAPC15 分子量: 15010.687 Da / 分子数: 6 / 断片: VAPC15-TOXIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P64925, UniProt: P9WF97*PLUS
#2: タンパク質	ANTITOXIN VAPB15 / RNASE VAPC15 / TOXIN VAPC15 / VAPBC15 分子量: 9964.924 Da / 分子数: 4 / 断片: VAPB15-ANTITOXIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q10848, UniProt: P9WLM7*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 100 MM SODIUM HEPES PH. 7.0, 8% PEG 8000 AND 10 MM BME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.977316
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月28日 / 詳細: SLITS AND COLLIMATOR
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977316 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→60.06 Å / Num. obs: 189170 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→60.062 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 18.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	9467	5 %
R_work	0.1674	-	-
obs	0.1691	189140	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→60.062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7174	0	8	551	7733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7277
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97	9860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.166	2700
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3176	309	0.2605	6018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.31	299	0.2477	6059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.2679	363	0.2348	5971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.2641	297	0.2219	6028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.2163	309	0.2123	6061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2621	0.2268	326	0.1979	6073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2621-2.2945	0.2185	304	0.1901	5940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.2417	370	0.1896	6085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.2174	355	0.1844	5923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2058	300	0.1781	5918	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4039-2.4453	0.1878	288	0.1682	5784	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4453-2.4898	0.1959	315	0.161	6040	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4898-2.5377	0.2034	291	0.1651	6036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2211	284	0.1648	6027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6458	0.2134	333	0.1585	5985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.7073	0.1948	294	0.1533	6111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.775	0.2182	281	0.1603	6092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.8501	0.2037	311	0.1666	5992	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8501-2.9339	0.198	319	0.166	6019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9339-3.0286	0.2207	329	0.1768	6004	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0286-3.1369	0.1999	314	0.1754	5845	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1369-3.2625	0.2033	292	0.1847	5889	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2625-3.4109	0.2022	322	0.1685	6056	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4109-3.5907	0.2066	329	0.1606	6002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5907-3.8157	0.2082	321	0.153	6020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8157-4.1102	0.1567	299	0.1367	6060	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1102-4.5237	0.1672	333	0.1319	5981	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5237-5.178	0.1571	330	0.1382	5768	X-RAY DIFFRACTION	96
5.178-6.5225	0.1859	360	0.1667	5999	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5225-60.0861	0.1602	290	0.1635	5887	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7935	-1.7677	0.3148	2.5511	0.9204	3.1496	0.2067	0.1789	0.2869	-0.1545	-0.3399	-0.6137	-0.0257	0.276	0.0952	0.2045	0.0138	0.0556	0.3015	0.0433	0.3206	51.9683	0.9239	119.8702
2	2.386	1.4598	2.3456	2.375	-0.2851	4.2792	0.1648	-0.0601	0.3118	-0.1134	-0.2361	-0.3987	-0.2942	0.4597	0.0111	0.2127	0.0068	0.0792	0.3891	0.0883	0.4114	58.0453	4.8982	119.6798
3	2.3685	-0.8523	0.2543	0.316	-0.1184	0.0835	-0.123	-0.2136	0.5423	-0.056	0.1747	-0.4908	-0.4094	0.1805	-0.1217	0.257	-0.0719	0.0547	0.2666	0.0116	0.401	51.1246	10.8224	125.6815
4	1.1209	-0.0736	0.402	0.9485	-0.636	1.5232	0.1813	-0.067	0.0602	-0.1609	-0.0452	0.057	0.1376	-0.1054	-0.1203	0.268	-0.0166	0.0043	0.2574	-0.0212	0.2137	45.4578	-2.1373	131.0007
5	3.9518	-2.5893	2.0423	1.6807	-1.3614	1.2608	-0.1647	-0.3388	0.7202	0.1728	0.0193	-0.5359	-0.2589	0.1189	-0.1059	0.2102	-0.0244	0.0411	0.3672	-0.2286	0.2374	38.7055	10.6158	127.6145
6	1.4964	0.5934	0.771	1.8478	0.0082	3.4097	0.085	0.0148	-0.0331	-0.0762	-0.0766	0.0396	0.3721	0.0854	0.0053	0.2264	0.0171	-0.0055	0.1764	0.0079	0.2174	31.2114	6.3885	110.1608
7	2.0073	-0.0628	-0.1941	1.7989	0.5442	1.8777	0.0275	-0.0706	0.3921	0.4244	-0.0843	-0.1921	0.2347	0.2132	0.0628	0.2278	0.0176	0.0101	0.2336	0.044	0.2895	40.6428	8.6028	116.8541
8	4.1253	-1.6463	0.8408	2.623	-2.6327	4.708	0.0688	0.2798	0.1281	-0.2468	-0.1351	-0.2433	-0.1582	0.0293	-0.0082	0.2888	0.0351	0.0658	0.2279	0.0351	0.1802	40.6012	7.1088	107.1447
9	6.2405	-4.2456	0.6105	7.1298	-1.0775	1.7814	0.2007	0.4822	0.5307	-0.3228	-0.4225	-0.4852	0.159	0.4067	0.1018	0.2738	0.008	0.0729	0.301	0.1097	0.2798	48.6037	8.8032	110.6502
10	5.2139	0.0798	4.4261	2.8033	1.689	4.6753	0.0916	-0.2993	-0.0043	0.0634	-0.0213	0.8237	0.3983	-0.6144	-0.1056	0.327	-0.1153	-0.0625	0.263	0.0839	0.4102	16.7891	-3.7606	121.2039
11	1.542	-0.1869	-1.351	2.0427	-0.7881	1.6401	0.3056	0.1095	-0.4738	-0.4536	0.0934	0.7214	0.383	-0.8405	-0.3317	0.3839	-0.1658	-0.1546	0.4454	0.1065	0.5518	9.4452	-7.1181	118.2773
12	3.0499	1.0036	0.9455	0.3581	0.2857	0.312	0.2981	-0.0825	0.0559	0.1541	-0.032	0.518	0.0468	-0.4738	-0.165	0.2533	-0.057	0.0356	0.3586	0.1242	0.4012	12.8311	1.9018	127.6068
13	4.7821	-1.6485	-1.0514	4.7037	1.4535	7.6834	0.1461	0.013	0.5791	-0.3381	0.041	-0.3152	-0.8613	-0.0091	-0.1587	0.3408	-0.0257	-0.0603	0.2739	0.0407	0.3579	25.7808	3.6044	120.6416
14	2.1015	-0.573	-0.3502	1.4295	0.0359	1.1093	0.0877	0.1321	0.0095	-0.1971	-0.011	0.1301	0.0647	-0.175	-0.0535	0.2286	-0.0124	-0.0397	0.2164	0.0185	0.2395	18.1694	7.4175	113.3443
15	6.765	0.3675	4.1234	0.0106	0.1844	2.5253	-0.293	-0.4746	0.4877	0.178	0.0284	0.1065	-0.014	-0.5422	0.0941	0.2722	-0.0097	0.0345	0.3008	-0.1125	0.4139	24.4728	6.4663	129.5376
16	3.1083	-1.1841	-0.0313	3.2061	-1.7691	1.2264	0.0483	-0.2934	0.0731	0.4444	-0.0053	-0.1254	0.1906	-0.1789	-0.1105	0.2926	-0.031	-0.0415	0.255	0.0057	0.1909	36.5909	-7.1024	132.3804
17	1.3785	-0.645	0.2259	3.7827	-1.7725	3.4168	0.0797	0.0554	-0.1805	-0.3787	-0.1162	0.2106	0.0113	-0.3808	0.0581	0.4296	-0.0014	-0.1102	0.2483	-0.0431	0.2649	33.5039	-14.141	124.3318
18	1.9891	0.1579	-0.398	0.6776	0.4292	2.2677	0.11	-0.0262	0.0043	-0.2202	0.063	0.3364	0.0005	-0.3194	-0.1758	0.2841	-0.045	-0.0622	0.2558	0.0498	0.2752	24.9846	-4.6159	129.0564
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61	2.5625	1.7802	0.5035	4.1617	0.4906	1.6991	0.2015	-0.194	0.0053	-0.0907	-0.1556	0.6244	-0.1408	-0.2729	-0.1206	0.2854	-0.0395	-0.024	0.3899	0.044	0.4287	9.1683	9.1219	117.1118
62	0.0477	0.0549	0.2474	1.8479	-0.276	1.5812	0.3069	0.0075	-0.256	-0.67	-0.0593	0.3655	0.3938	-0.3793	-0.1488	0.4879	-0.0907	-0.1137	0.3241	0.0151	0.3256	18.3485	-3.1119	109.4275
63	4.1795	0.4808	-0.9295	4.4207	-1.0703	6.2546	0.3069	0.3222	0.0763	-0.6832	-0.0619	-0.3183	0.0811	0.136	-0.0916	0.4645	0.0677	-0.0164	0.3759	0.0545	0.349	28.7662	-7.6016	113.3053
64	0.8983	0.8969	0.47	3.2374	1.7343	1.8651	-0.1025	0.1429	-0.0387	-0.3408	0.3346	-0.2766	-0.5881	0.461	-0.1996	0.3725	-0.1189	0.0563	0.3361	-0.0455	0.2494	18.3939	15.0623	70.1445
65	1.1696	0.6347	0.097	2.7096	-1.1879	2.3462	0.0716	0.0773	0.1415	0.2347	0.2312	0.2855	-0.6779	-0.4913	-0.2124	0.3209	0.0115	0.0313	0.2218	0.0069	0.2003	2.3133	15.9794	83.9114
66	7.4305	2.1822	-0.7388	5.277	-1.2197	2.1128	-0.0584	-0.1261	0.3029	0.1646	0.1833	0.1517	0.2	-0.512	-0.0419	0.7255	-0.0477	-0.0597	0.5465	0.0508	0.5087	-7.416	3.7142	92.5393
67	1.123	0.1098	-0.0205	1.4925	-0.2201	1.208	-0.034	0.0151	-0.0373	-0.2089	-0.0452	-0.114	0.1291	0.0839	0.079	0.2232	0.0078	0.0483	0.2188	0.0051	0.1965	30.2487	27.4753	100.0499
68	2.0098	-2.22	-0.7911	2.4475	0.8741	0.3124	0.3001	0.1972	0.3666	0.2445	0.2117	0.376	-0.4181	-0.7262	-0.2221	0.7607	0.1592	-0.0083	0.7152	-0.0079	0.4504	9.3796	41.8883	106.929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 18 THROUGH 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 29 THROUGH 36 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 37 THROUGH 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 63 THROUGH 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 72 THROUGH 93 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 94 THROUGH 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 115 THROUGH 124 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 125 THROUGH 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 0 THROUGH 12 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 13 THROUGH 28 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 36 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 37 THROUGH 42 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 43 THROUGH 62 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 63 THROUGH 71 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 72 THROUGH 86 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 87 THROUGH 93 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'B' AND (RESID 94 THROUGH 114 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'B' AND (RESID 115 THROUGH 124 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 132 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'C' AND (RESID 0 THROUGH 12 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'C' AND (RESID 13 THROUGH 28 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'C' AND (RESID 29 THROUGH 36 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'C' AND (RESID 37 THROUGH 42 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'C' AND (RESID 43 THROUGH 49 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'C' AND (RESID 50 THROUGH 62 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'C' AND (RESID 63 THROUGH 71 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'C' AND (RESID 72 THROUGH 93 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'C' AND (RESID 94 THROUGH 114 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'C' AND (RESID 115 THROUGH 124 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'C' AND (RESID 125 THROUGH 132 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'D' AND (RESID 0 THROUGH 12 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'D' AND (RESID 13 THROUGH 28 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN 'D' AND (RESID 29 THROUGH 62 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN 'D' AND (RESID 63 THROUGH 71 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN 'D' AND (RESID 72 THROUGH 93 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN 'D' AND (RESID 94 THROUGH 124 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN 'D' AND (RESID 125 THROUGH 132 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN 'E' AND (RESID 0 THROUGH 12 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN 'E' AND (RESID 13 THROUGH 28 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN 'E' AND (RESID 29 THROUGH 49 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN 'E' AND (RESID 50 THROUGH 62 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN 'E' AND (RESID 63 THROUGH 71 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN 'E' AND (RESID 72 THROUGH 93 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN 'E' AND (RESID 94 THROUGH 114 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN 'E' AND (RESID 115 THROUGH 124 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN 'E' AND (RESID 125 THROUGH 132 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN 'F' AND (RESID 0 THROUGH 12 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN 'F' AND (RESID 13 THROUGH 28 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN 'F' AND (RESID 29 THROUGH 36 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN 'F' AND (RESID 37 THROUGH 42 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN 'F' AND (RESID 43 THROUGH 62 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN 'F' AND (RESID 63 THROUGH 71 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN 'F' AND (RESID 72 THROUGH 93 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN 'F' AND (RESID 94 THROUGH 114 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN 'F' AND (RESID 115 THROUGH 124 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN 'F' AND (RESID 125 THROUGH 132 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN 'G' AND (RESID 41 THROUGH 54 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN 'G' AND (RESID 55 THROUGH 62 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN 'G' AND (RESID 63 THROUGH 69 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN 'H' AND (RESID 41 THROUGH 54 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN 'H' AND (RESID 55 THROUGH 62 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN 'H' AND (RESID 63 THROUGH 69 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN 'I' AND (RESID 41 THROUGH 54 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN 'I' AND (RESID 55 THROUGH 70 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN 'I' AND (RESID 71 THROUGH 76)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN 'J' AND (RESID 41 THROUGH 70 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN 'J' AND (RESID 71 THROUGH 76 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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