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万見
- PDB-4ch7: Crystal structure of the siroheme decarboxylase NirDL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ch7
タイトルCrystal structure of the siroheme decarboxylase NirDL
要素NIRD-LIKE PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / BIFUNCTIONAL ENZYME / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


siroheme decarboxylase / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2890 / Alpha-Beta Plaits - #3460 / Siroheme decarboxylase , AsnC-like ligand binding domain / : / AsnC-like ligand binding domain / Siroheme decarboxylase NirDL-like HTH domain / : / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2890 / Alpha-Beta Plaits - #3460 / Siroheme decarboxylase , AsnC-like ligand binding domain / : / AsnC-like ligand binding domain / Siroheme decarboxylase NirDL-like HTH domain / : / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Siroheme decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種HYDROGENOBACTER THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Schmelz, S. / Kriegler, T.M. / Haufschildt, K. / Layer, G. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure of Siroheme Decarboxylase in Complex with Iron-Uroporphyrin III Reveals Two Essential Histidine Residues
著者: Haufschildt, K. / Schmelz, S. / Kriegler, T.M. / Neumann, A. / Streif, J. / Arai, H. / Heinz, D.W. / Layer, G.
履歴
登録2013年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NIRD-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2731
ポリマ－40,2731
非ポリマー00
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.350, 72.090, 51.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NIRD-LIKE PROTEIN / NIRDL


分子量: 40273.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HYDROGENOBACTER THERMOPHILUS (バクテリア)
株: TK-6 / 解説: DSM-6534 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D3DFS4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 19.0% PEG 3350, 0.1M NACIT PH 5.6, 6.7 MM 4-AMINOBENZOIC ACID, 180 MM LICL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.999
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.3 Å / Num. obs: 24244 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 42.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.002→24.31 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / 位相誤差: 35.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 1213 5 %
Rwork0.2252 --
obs0.2277 24240 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→24.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2535 0 0 72 2607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7663494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.007991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0023-2.08250.35521290.31072452X-RAY DIFFRACTION97
2.0825-2.17720.39731350.29672547X-RAY DIFFRACTION99
2.1772-2.29190.38091330.29642539X-RAY DIFFRACTION99
2.2919-2.43530.3191350.27782551X-RAY DIFFRACTION99
2.4353-2.62320.31881340.27912559X-RAY DIFFRACTION99
2.6232-2.88680.32221360.26172575X-RAY DIFFRACTION100
2.8868-3.30360.30981360.24962585X-RAY DIFFRACTION100
3.3036-4.15880.22191360.20382589X-RAY DIFFRACTION100
4.1588-24.31190.23331390.18482630X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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