PDB-4ch3: Structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ch3

タイトル

Structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylated butyryl lysine

要素

PYRROLYSINE--TRNA LIGASE

キーワード

LIGASE / NON-NATURAL AMINO ACID / PYRROLYSINE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Fluegel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Site-Specific Incorporation of Lysine Derivatives Into Proteins.
著者: Flugel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.

履歴

登録	2013年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ch3.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ch3.ent.gz	98 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ch3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ch3_validation.pdf.gz	703.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ch3_full_validation.pdf.gz	705.3 KB	表示
XML形式データ	4ch3_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	4ch3_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ch4C 4ch5C 4ch6C 4bwaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ch6-d 4bwa-d 4bw9-d 4ch5-d 6ly6-d 4ch4-d 4tqd-d 6lya-d 2zin-d 6aao-d 6ab1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.257, 105.257, 71.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	PYRROLYSINE--TRNA LIGASE / PYRROLYSINE--TRNA(PYL) LIGASE / PYRROLYSYL-TRNA SYNTHETASE / PYLRS 分子量: 33416.227 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 185-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 株: GO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase
#2: 化合物	ChemComp-YLB / 5'-O-({[(2R)-2-amino-6-(butanoylamino)hexanoyl]oxy}phosphinato)adenosine 分子量: 545.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂N₇O₉P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST 21 AMINO ACIDS DISORDERED

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.69 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M LIAC, 12% PEG3350, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→38.44 Å / Num. obs: 20634 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.69
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BWA

4bwa

解像度: 2.28→38.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 8.026 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19666	1034	5 %	RANDOM
R_work	0.17627	-	-	-
obs	0.17733	19600	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.551 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	-0.48 Å²	0 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→38.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2096	0	58	80	2234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	2.009	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.751	3	4851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.588	23.564	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.357	15	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.623	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.987	3.197	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.987	3.197	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.248	4.775	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.389	3.265	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	74	-
R_work	0.226	1447	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6659	1.3625	-1.6626	9.3587	3.5076	5.5535	0.2729	-0.1866	-0.4902	0.4281	0.0048	-0.5758	0.2075	0.5695	-0.2776	0.0941	0.0146	-0.1029	0.0812	-0.0107	0.2221	24.8473	103.7189	-7.7355
2	0.4208	-3.131	0.6745	24.9089	-5.2715	1.1687	0.117	0.0073	-0.0307	0.0336	-0.1991	0.4917	0.0512	0.0788	0.0821	0.4807	-0.009	0.1343	0.3922	-0.0219	0.6714	27.2483	98.1852	-0.7658
3	1.1828	-3.6545	-2.1466	14.0686	8.3447	6.4042	-0.1167	-0.0998	-0.109	1.1425	0.0816	0.2367	0.7498	0.0672	0.0351	0.2361	-0.0647	-0.0228	0.0869	0.0616	0.112	17.7133	110.0205	2.0361
4	14.7356	9.0605	4.6056	5.9685	2.3757	2.7005	0.0869	0.22	0.0434	0.2825	0.041	0.0724	0.2248	0.0771	-0.1278	0.3955	-0.0528	0.0005	0.2366	0.0063	0.2367	29.9039	131.4172	4.3571
5	1.97	0.1231	0.1059	2.1494	0.0999	2.9975	-0.0154	0.1494	0.0061	-0.2117	0.0397	-0.2202	-0.1337	0.1305	-0.0243	0.092	-0.0846	0.0321	0.111	0.0056	0.1362	37.345	142.5035	-10.0445
6	1.766	1.2144	0.4989	2.6111	0.566	1.7916	-0.154	0.1891	0.0123	-0.273	0.1833	-0.2626	-0.1439	0.2289	-0.0293	0.0653	-0.074	0.03	0.1027	-0.0179	0.0833	38.0312	142.9088	-11.5102
7	26.0441	-4.9021	11.7626	10.6863	-9.3757	10.5809	0.7922	1.5658	-1.859	-1.5196	-0.4967	-0.4615	1.2873	0.906	-0.2955	0.6024	-0.1792	0.3056	0.4253	-0.1959	0.3854	35.86	126.3745	-19.0511
8	3.3842	1.5678	0.5596	1.7203	-0.2182	1.4041	0.0021	0.1135	-0.1594	0.0249	-0.0368	-0.2142	-0.0133	0.3033	0.0348	0.0182	-0.014	0.0047	0.0852	-0.0176	0.1341	44.4819	134.3854	-2.7183
9	3.8968	-0.4819	0.851	4.1358	-0.0583	3.2712	0.1209	0.2807	-0.1195	-0.2806	-0.0021	-0.5368	0.1607	0.2327	-0.1189	0.0531	0.011	-0.0304	0.1409	-0.0274	0.2342	48.1046	126.7673	-0.9991
10	3.7594	-1.8524	-0.2464	3.8649	-2.1757	2.3089	0.0939	0.3171	0.2615	-0.144	-0.4408	-0.5965	-0.1862	0.3611	0.3469	0.2657	-0.1266	0.0431	0.3549	0.0387	0.3034	51.2193	145.3791	-9.5978
11	3.3256	1.5097	0.3705	3.2091	-0.6315	1.2946	0.0402	0.0516	-0.3243	0.0308	0.0457	-0.1737	0.2169	0.0522	-0.0859	0.0757	-0.0217	-0.0138	0.0616	-0.0409	0.0854	29.8544	121.5987	-3.9768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	188 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	207 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	240 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	254 - 280
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	281 - 329
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	330 - 335
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	336 - 364
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	365 - 399
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	400 - 418
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	419 - 454

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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