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- PDB-4cfs: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cfs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) CATALYTICALLY INACTIVE H251A VARIANT COMPLEXED WITH ITS NATURAL SUBSTRATE 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE
要素1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA HYDROLASE COMPLEX / DIOXYGENASE / COFACTOR-DEVOID
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase / 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / catabolic process
類似検索 - 分子機能
Uteroglobin - #20 / Uteroglobin / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Uteroglobin - #20 / Uteroglobin / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXY-2-METHYLQUINOLIN-4(1H)-ONE / : / D(-)-TARTARIC ACID / 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種ARTHROBACTER NITROGUAJACOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bui, S. / Steiner, R.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Origin of the Proton-Transfer Step in the Cofactor-Free 1-H-3-Hydroxy-4-Oxoquinaldine 2,4- Dioxygenase: Effect of the Basicity of an Active Site His Residue.
著者: Hernandez-Ortega, A. / Quesne, M.G. / Bui, S. / Heuts, D.P. / Steiner, R.A. / Heyes, D.J. / De Visser, S.P. / Scrutton, N.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Cofactor-Independent Dioxygenation of N-Heteroaromatic Compounds at the Alpha/Beta-Hydrolase Fold.
著者: Steiner, R.A. / Janssen, H.J. / Roversi, P. / Oakley, A.J. / Fetzner, S.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
B: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
C: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
D: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,33719
ポリマ－132,4294
非ポリマー1,90815
水11,494638
1
A: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4724
ポリマ－33,1071
非ポリマー3643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3213
ポリマ－33,1071
非ポリマー2142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7726
ポリマ－33,1071
非ポリマー6655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7726
ポリマ－33,1071
非ポリマー6655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.730, 166.850, 167.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLYGLYAA3 - 27514 - 286
21ASPASPGLYGLYBB3 - 27514 - 286
12ASPASPGLYGLYAA3 - 27514 - 286
22ASPASPGLYGLYCC3 - 27514 - 286
13THRTHRGLNGLNAA4 - 27415 - 285
23THRTHRGLNGLNDD4 - 27415 - 285
14ASPASPGLYGLYBB3 - 27514 - 286
24ASPASPGLYGLYCC3 - 27514 - 286
15THRTHRGLNGLNBB4 - 27415 - 285
25THRTHRGLNGLNDD4 - 27415 - 285
16THRTHRGLNGLNCC4 - 27415 - 285
26THRTHRGLNGLNDD4 - 27415 - 285

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE


分子量: 33107.195 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARTHROBACTER NITROGUAJACOLICUS (バクテリア)
株: RU61A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15/PREP4
参照: UniProt: O31266, 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-HQD / 3-HYDROXY-2-METHYLQUINOLIN-4(1H)-ONE / 2-メチルキノリン-3,4-ジオ-ル


分子量: 175.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2
#4: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MRGSHHHHHHGS N-TERMINAL PURIFICATION TAG C69S, ENGINEERED MUTATION H251A, ENGINEERED MUTATION

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.511
11-H, L, K20.489
反射解像度: 1.95→46.45 Å / Num. obs: 92811 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.73 % / Biso Wilson estimate: 24.648 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.84 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.94→46.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.588 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TNCS IS PRESENT FRAC 0.000 0.407 0.407
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19841 4709 5.1 %THIN SHELLS TAKING TWIN LAW INTO CONSIDERATION
Rwork0.16287 ---
obs0.16464 88008 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.945 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.94 Å20 Å20 Å2
2--3.29 Å20 Å2
3---3.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8880 0 126 638 9644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.94812860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.917319817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82851127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01923.483491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.312151492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1441574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7922.8844406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7912.8844407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6664.3125517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.993.0625021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A174530.05
12B174530.05
21A175410.05
22C175410.05
31A174340.05
32D174340.05
41B175750.04
42C175750.04
51B174400.05
52D174400.05
61C174920.05
62D174920.05
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 238 -
Rwork0.201 5341 -
obs--81.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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