PDB-4ce5: First crystal structure of an (R)-selective omega-transaminase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ce5

タイトル

First crystal structure of an (R)-selective omega-transaminase from Aspergillus terreus

要素

AT-OMEGATA

キーワード

TRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / (R)-AMINE AMINOTRANSFERASE / ENANTIOSELECTIVITY / CHIRAL AMINES / TRANSAMINATION.

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylic acid biosynthetic process / catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ASPERGILLUS TERREUS (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Lyskowski, A. / Gruber, C. / Steinkellner, G. / Schurmann, M. / Schwab, H. / Gruber, K. / Steiner, K.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of an (R)-Selective Omega-Transaminase from Aspergillus Terreus
著者: Lyskowski, A. / Gruber, C. / Steinkellner, G. / Schurmann, M. / Schwab, H. / Gruber, K. / Steiner, K.

履歴

登録	2013年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ce5.cif.gz	289.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ce5.ent.gz	235.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ce5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ce5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ce5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ce5_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	4ce5_validation.cif.gz	61 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/4ce5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/4ce5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6snl-3 3wwi-1 4cmd-d 2e8w-d 3wwi-5 6ss3-d 1wrv-5 3wwj-4 3ht5-1 3wwh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: AT-OMEGATA

B: AT-OMEGATA

ヘテロ分子

76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.670, 135.310, 116.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	AT-OMEGATA / OMEGA-TRANSAMINASE 分子量: 37279.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: ACTIVE SITE INTERPRETED AS TWO DISTINCT STATES, (I) FREE LYS180 AND PYRIDOXYL-GLUTAMIC ACID-5'-MONOPHOSPHATE (PDG) AND (II) LYSINE-BOUND PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP) 由来: (組換発現) ASPERGILLUS TERREUS (カビ) / 株: NIH 2624 / FGSC A1156 / プラスミド: PET28A-AT-OMEGATA-CHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / TOP10F' 参照: UniProt: Q0C8G1, branched-chain-amino-acid transaminase

#1: タンパク質

AT-OMEGATA / OMEGA-TRANSAMINASE

分子量: 37279.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ACTIVE SITE INTERPRETED AS TWO DISTINCT STATES, (I) FREE LYS180 AND PYRIDOXYL-GLUTAMIC ACID-5'-MONOPHOSPHATE (PDG) AND (II) LYSINE-BOUND PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP)
由来: (組換発現)

ASPERGILLUS TERREUS (カビ) / 株: NIH 2624 / FGSC A1156 / プラスミド: PET28A-AT-OMEGATA-CHIS / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / TOP10F'
参照: UniProt: Q0C8G1, branched-chain-amino-acid transaminase

-
非ポリマー , 5種, 1118分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-PDG / N-({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)-D-GLUTAMIC ACID / N-PYRIDOXYL-D-GLUTAMIC ACID-5'-MONOPHOSPHATE 分子量: 378.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₂O₉P
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.26 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→41.64 Å / Num. obs: 103737 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.99 / 冗長度: 7.43 % / B_iso Wilson estimate: 13.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.47
反射シェル	解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 7.43 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ENSEMBLE OF SELECTED HOMOLOGOUS PROTEINS

解像度: 1.63→41.483 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1669	5186	5 %
R_work	0.1371	-	-
obs	0.1386	103727	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→41.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5088	0	91	1103	6282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	7218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.441	1944
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	790
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.6485	0.2252	181	0.1952	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6485-1.6679	0.2243	158	0.1902	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6679-1.6883	0.2213	172	0.1787	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6883-1.7096	0.229	155	0.1793	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7096-1.7321	0.2047	157	0.1731	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7321-1.7559	0.1979	199	0.1608	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7559-1.7809	0.1876	160	0.1613	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7809-1.8075	0.2032	191	0.1649	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8075-1.8358	0.2105	184	0.164	3236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8358-1.8659	0.2091	182	0.1555	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8659-1.898	0.1919	190	0.1569	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.9326	0.1769	160	0.1545	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9326-1.9697	0.1743	175	0.1385	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9697-2.0099	0.1485	166	0.1335	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0099-2.0536	0.1467	177	0.122	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0536-2.1014	0.1623	161	0.1308	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1014-2.154	0.1654	177	0.1325	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.154-2.2122	0.1409	202	0.1292	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2122-2.2773	0.1753	190	0.1273	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2773-2.3508	0.1492	175	0.1333	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3508-2.4348	0.1744	147	0.1329	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4348-2.5323	0.1521	150	0.136	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5323-2.6475	0.164	168	0.1401	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6475-2.787	0.1521	153	0.1346	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.787-2.9616	0.1801	180	0.1398	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9616-3.1902	0.1825	173	0.1311	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1902-3.5111	0.1554	183	0.1293	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5111-4.0188	0.1535	175	0.1242	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0188-5.0619	0.1214	176	0.1071	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0619-41.496	0.167	169	0.1378	3486	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4839	-0.2015	0.0722	0.9806	-0.494	0.9495	0.0132	0.0248	-0.0081	-0.0491	-0.0927	-0.2374	0.1334	0.2149	0.0397	0.1129	0.0426	0.0111	0.1271	0.0073	0.1518	-20.9038	-56.7338	27.2062
2	1.971	-0.43	-0.0203	1.9235	-0.0112	0.6458	0.0579	0.2801	0.1031	-0.3016	-0.0983	-0.0982	0.0782	0.2113	0.0021	0.1145	0.0241	0.028	0.1056	0.0051	0.1206	-25.1037	-49.5344	17.2904
3	0.3588	-0.2047	0.0962	0.9965	-0.0559	0.4857	0.0073	-0.0274	-0.0416	0.0253	-0.0019	0.0237	0.0724	-0.0163	-0.0086	0.0886	0.0039	-0.006	0.1019	0.0067	0.0877	-40.4305	-52.3465	38.6097
4	1.2876	-0.8662	-0.5851	1.8756	0.605	1.3836	-0.0007	-0.0762	-0.0619	0.0559	0.0066	-0.0911	0.179	0.079	-0.0001	0.1151	0.015	-0.0317	0.0899	0.0126	0.09	-31.1994	-62.5568	42.339
5	0.3358	0.064	-0.0577	0.6919	-0.6893	1.0856	0.0034	-0.0041	0.0184	-0.0503	-0.0678	-0.1365	0.011	0.1421	0.0567	0.0747	-0.0089	0.0112	0.0961	0.0023	0.1108	-23.6732	-25.0909	16.1885
6	1.2617	-0.105	0.119	2.211	-1.109	2.6958	0.0244	-0.1737	-0.0714	0.1917	-0.0777	-0.1864	-0.0345	0.2652	0.0741	0.0659	-0.003	-0.0093	0.1094	0.0144	0.1117	-22.8273	-32.3059	26.966
7	0.5318	0.3055	-0.0405	0.8954	-0.2127	0.5458	-0.0236	0.036	0.0807	-0.0495	0.0383	0.0679	-0.013	-0.0334	-0.0151	0.0757	-0.0016	-0.0034	0.1064	0.0051	0.0902	-46.2027	-29.4924	14.9731
8	1.2292	0.7582	0.201	1.4333	0.0087	0.8859	-0.0623	0.0924	0.1019	-0.1759	0.0809	0.0163	-0.0483	-0.0176	-0.0223	0.0923	-0.0042	0.0107	0.0811	0.0125	0.0707	-39.3471	-19.2432	7.3889

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 111 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 112 THROUGH 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 146 THROUGH 267 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 268 THROUGH 325 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 112 THROUGH 145 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 146 THROUGH 267 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 268 THROUGH 325 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)