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- PDB-4ce4: 39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ce4
タイトル39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome
要素
  • (UNASSIGNED HELICES) x 2
  • 16S Ribosomal RNA
  • ICT1
  • MRPL13
  • MRPL14
  • MRPL15
  • MRPL16
  • MRPL17
  • MRPL18
  • MRPL19
  • MRPL2
  • MRPL20
  • MRPL21
  • MRPL22
  • MRPL23
  • MRPL24
  • MRPL27
  • MRPL28
  • MRPL3
  • MRPL30
  • MRPL32
  • MRPL33
  • MRPL34
  • MRPL35
  • MRPL36
  • MRPL38
  • MRPL39
  • MRPL4
  • MRPL44
  • MRPL45
  • MRPL47
  • MRPL49
  • MRPL52
  • MRPL9
  • THIOREDOXIN FOLD
  • UNASSIGNED RNA
キーワードRIBOSOME / MAMMALIAN MITOCHONDRIAL RIBOSOME / 39S LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT / TRANSLATION / RIBOSOMAL PROTEINS / RRNA / POLYPEPTIDE EXIT SITE / MEMBRANE ASSOCIATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / organelle membrane / RNA processing / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein ...Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Beta-grasp domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / Zinc-binding ribosomal protein / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / : ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / : / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL38 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein bL21m / : / Mitochondrial ribosomal protein L4 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Mitochondrial ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL35m / : / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein bL32m / 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / Mrpl23 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein bL34m
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Greber, B.J. / Boehringer, D. / Leitner, A. / Bieri, P. / Voigts-Hoffmann, F. / Erzberger, J.P. / Leibundgut, M. / Aebersold, R. / Ban, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Architecture of the large subunit of the mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Felix Voigts-Hoffmann / Jan P Erzberger / Marc Leibundgut / Ruedi Aebersold / Nenad Ban /
要旨: Mitochondrial ribosomes synthesize a number of highly hydrophobic proteins encoded on the genome of mitochondria, the organelles in eukaryotic cells that are responsible for energy conversion by ...Mitochondrial ribosomes synthesize a number of highly hydrophobic proteins encoded on the genome of mitochondria, the organelles in eukaryotic cells that are responsible for energy conversion by oxidative phosphorylation. The ribosomes in mammalian mitochondria have undergone massive structural changes throughout their evolution, including ribosomal RNA shortening and acquisition of mitochondria-specific ribosomal proteins. Here we present the three-dimensional structure of the 39S large subunit of the porcine mitochondrial ribosome determined by cryo-electron microscopy at 4.9 Å resolution. The structure, combined with data from chemical crosslinking and mass spectrometry experiments, reveals the unique features of the 39S subunit at near-atomic resolution and provides detailed insight into the architecture of the polypeptide exit site. This region of the mitochondrial ribosome has been considerably remodelled compared to its bacterial counterpart, providing a specialized platform for the synthesis and membrane insertion of the highly hydrophobic protein components of the respiratory chain.
履歴
登録2013年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / em_image_scans / em_software / entity / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_formal_charge / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method
改定 2.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_seq_map_depositor_info / struct_ref
Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_ref.db_name
改定 3.02024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2490
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: MRPL27
1: MRPL28
2: MRPL47
3: MRPL30
5: MRPL32
6: MRPL33
7: MRPL34
8: MRPL35
9: MRPL36
A: 16S Ribosomal RNA
B: UNASSIGNED RNA
D: MRPL2
E: MRPL3
F: MRPL4
I: MRPL9
N: MRPL13
O: MRPL14
P: MRPL15
Q: MRPL16
R: MRPL17
S: MRPL18
T: MRPL19
U: MRPL20
V: MRPL21
W: MRPL22
X: MRPL23
Y: MRPL24
b: MRPL38
c: MRPL39
h: MRPL44
i: MRPL45
l: MRPL49
o: MRPL52
u: ICT1
v: UNASSIGNED HELICES
w: UNASSIGNED HELICES
x: THIOREDOXIN FOLD
z: UNASSIGNED HELICES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,307,23640
ポリマ－1,307,10538
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 35種, 36分子 012356789DEFINOPQRSTUVWXYbchil...

#1: タンパク質 MRPL27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RT79
#2: タンパク質 MRPL28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RGV8, UniProt: A0A0R4J8D5*PLUS
#3: タンパク質 MRPL47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1SGC7*PLUS
#4: タンパク質 MRPL30


分子量: 18585.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1STE5
#5: タンパク質 MRPL32


分子量: 15932.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: I3LTC4
#6: タンパク質 MRPL33


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA
#7: タンパク質 MRPL34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5IDC1*PLUS
#8: タンパク質 MRPL35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1SVC5
#9: タンパク質 MRPL36


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: I3LDE8
#12: タンパク質 MRPL2


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RRN2
#13: タンパク質 MRPL3


分子量: 43708.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RX24
#14: タンパク質 MRPL4


分子量: 24306.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1S3J8
#15: タンパク質 MRPL9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: I3LR45
#16: タンパク質 MRPL13


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1S286
#17: タンパク質 MRPL14


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RQV7
#18: タンパク質 MRPL15


分子量: 32471.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RSH0
#19: タンパク質 MRPL16


分子量: 22745.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RI89
#20: タンパク質 MRPL17


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RMQ4
#21: タンパク質 MRPL18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1SB64, UniProt: A0A0R4J8D5*PLUS
#22: タンパク質 MRPL19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: I3LNJ0
#23: タンパク質 MRPL20


分子量: 15563.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RJD0
#24: タンパク質 MRPL21


分子量: 22894.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RY70
#25: タンパク質 MRPL22


分子量: 15072.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5IDB8*PLUS
#26: タンパク質 MRPL23


分子量: 9807.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5IDB9*PLUS
#27: タンパク質 MRPL24


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RHJ1
#28: タンパク質 MRPL38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1RW03
#29: タンパク質 MRPL39


分子量: 33832.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1SHP6
#30: タンパク質 MRPL44


分子量: 32637.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: F1SR64
#31: タンパク質 MRPL45


分子量: 36119.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: I3LGM5*PLUS
#32: タンパク質 MRPL49


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: A0A0R4J8D5*PLUS
#33: タンパク質 MRPL52


分子量: 4783.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA
#34: タンパク質 ICT1


分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5IDC0*PLUS
#35: タンパク質 UNASSIGNED HELICES


分子量: 7762.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA
#36: タンパク質 THIOREDOXIN FOLD


分子量: 7251.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA
#37: タンパク質 UNASSIGNED HELICES


分子量: 36272.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#10: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 501424.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: GenBank: 4220565
#11: RNA鎖 UNASSIGNED RNA


分子量: 5641.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA DOMESTICA (ブタ) / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#38: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

配列の詳細CHAINS I W X 7: ACCESSION CODE PROVIDED FOR MRNA SEQUENCE, PROTEIN SEQUENCE IS TRANSLATED MRNA. ...CHAINS I W X 7: ACCESSION CODE PROVIDED FOR MRNA SEQUENCE, PROTEIN SEQUENCE IS TRANSLATED MRNA. CHAINS B V W X Z: SEQUENCE UNASSIGNED. CHAIN 2 HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE XP_003132595.1 CHAIN 6 HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE XP_003125332.1 CHAIN 7 HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE AW415886.1 CHAIN C HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE XM_003132745.3 CHAIN I HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE AK350308.1 CHAIN L HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE NP_001231942.1 CHAIN O HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE NP_001172080.1 CHAIN U HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE NP_001231224.1 CHAIN W HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE AK392578.1 CHAIN X HAS AUTHOR PROVIDED GENBANK SEQUENCE AK392218.1

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 39S MITOCHONDRIAL RIBOSOMAL SUBUNIT / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20 MM HEPES-KOH PH 7.9, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 20 MM MGCL2
pH: 7.9
詳細: 20 MM HEPES-KOH PH 7.9, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 20 MM MGCL2
試料濃度: 0.07 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: MANUAL BLOTTING FOLLOWED BY MANUAL PLUNGING INTO LIQUID ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: IMAGES COLLECTED ON A FEI TITAN KRIOS BETWEEN NOVEMBER 2012 AND JUNE 2013. CALIBRATED MAGNIFICATION 141510 FOR FALCON II DATA AND 99290 FOR FALCON I DATA.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 79 K / 傾斜角・最大: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2Cootモデルフィッティング
3Oモデルフィッティング
4UCSF Chimeraモデルフィッティング
5IMAGIC5３次元再構成
6RELION３次元再構成
7SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PER DETECTOR FRAME
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: ANGULAR RECONSTITUTION FOR INITIAL MODEL GENERATION FOLLOWED BY REFINEMENT BY PROJECTION MATCHING
解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 232181 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.41 Å
詳細: RESOLUTION DETERMIED ACCORDING TO GOLD STANDARD FSC BY FSC EQUAL 0.143 CRITERION FROM TWO INDEPENDENTLY REFINED DATA HALF SETS
Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY STRUCTURES, HOMOLOGY MODELS
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13V2D

3v2d
PDB 未公開エントリ

13V2D1PDBexperimental model
21R73

1r73

11R732PDBexperimental model
32QYQ

2qyq

12QYQ3PDBexperimental model
41QF6

1qf6

11QF64PDBexperimental model
51O0W

1o0w

11O0W5PDBexperimental model
62CW9

2cw9

12CW96PDBexperimental model
72XZN

2xzn
PDB 未公開エントリ

12XZN7PDBexperimental model
81J26

1j26

11J268PDBexperimental model
91S3A

1s3a

11S3A9PDBexperimental model
精密化最高解像度: 4.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34467 31004 2 0 65473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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