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- PDB-4cdp: Improved coordinates for Escherichia coli O157:H7 heme degrading ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cdp
タイトルImproved coordinates for Escherichia coli O157:H7 heme degrading enzyme ChuS.
要素PUTATIVE HEME/HEMOGLOBIN TRANSPORT PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / HEME DEGRADATION / STRUCTURAL REPEAT / MONTREAL- KINGSTON BACTERIAL STRUCTURAL GENOMICS INITIATIVE / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemin-degrading HemS/ChuX domain / Haemin-degrading HemS.ChuX domain / HemS/ChuS/ChuX like domains / Heme iron utilization protein-like fold / : / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Suits, M.D.L. / Jaffer, N. / Jia, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Escherichia Coli O157:H7 Heme Oxygenase Chus in Complex with Heme and Enzymatic Inactivation by Mutation of the Heme Coordinating Residue His-193.
著者: Suits, M.D. / Jaffer, N. / Jia, Z.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年11月13日ID: 2HQ2
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE HEME/HEMOGLOBIN TRANSPORT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,48715
ポリマ－40,0801
非ポリマー1,40714
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.487, 106.487, 90.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE HEME/HEMOGLOBIN TRANSPORT PROTEIN


分子量: 40080.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: O157\:H7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8X5N8
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細1,2-ETHANEDIOL (EDO): EDO WAS AN ADDITIVE IN CRYSTALLIZATION. PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): ...1,2-ETHANEDIOL (EDO): EDO WAS AN ADDITIVE IN CRYSTALLIZATION. PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): CO-PURIFIED WITH PROTEIN FORMIC ACID (FMT): FMT WAS AN ADDITIVE IN CRYSTALLIZATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20MG/ML PROTEIN, 12-15% PEG 0.15-0.2M MAGNESIUM FORMATE, AND 10-20MM NAD, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月8日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30.08 Å / Num. obs: 67643 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U9T

1u9t


解像度: 1.45→30.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.049 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES 170-175 DISORDERED, NOT MODELED. ELECTRON DENSITY AROUND PRO15 AND GLY16 SUGGESTS FLEXIBILITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17253 3371 5 %RANDOM
Rwork0.13259 ---
obs0.13462 63391 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.858 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20.49 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 94 391 3104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.9543813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5615347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50324.61141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1615449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.41518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3091.9951346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.682.9961683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9092.2851461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.23332807
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.2315102
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.71653046
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 233 -
Rwork0.213 4660 -
obs--97.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.029 Å / Origin y: -14.495 Å / Origin z: 5.902 Å
111213212223313233
T0.0004 Å20.0003 Å20.0001 Å2-0.0006 Å20 Å2--0.0079 Å2
L0.0079 °20.0063 °20.0002 °2-0.0056 °20.0027 °2--0.0188 °2
S-0.0004 Å °0.0004 Å °0.0005 Å °0 Å °0.0009 Å °0.0002 Å °0 Å °0.0023 Å °-0.0006 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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