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- PDB-4cbz: Notch ligand, Jagged-1, contains an N-terminal C2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cbz
タイトルNotch ligand, Jagged-1, contains an N-terminal C2 domain
要素PROTEIN JAGGED-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNALLING / GLYCOPROTEIN / EXTRACELLULAR / DEVELOPMENTAL PROTEIN / NOTCH SIGNALING PATHWAY / EGF-LIKE DOMAIN TRANSMEMBRANE / EGF-LIKE DOMAIN / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell development / loop of Henle development / ciliary body morphogenesis / regulation of reproductive process / pulmonary artery morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / podocyte development / negative regulation of endothelial cell differentiation / morphogenesis of an epithelial sheet / nephron development ...endocardial cushion cell development / loop of Henle development / ciliary body morphogenesis / regulation of reproductive process / pulmonary artery morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / podocyte development / negative regulation of endothelial cell differentiation / morphogenesis of an epithelial sheet / nephron development / positive regulation of myeloid cell differentiation / Nephron development / cardiac right ventricle morphogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / distal tubule development / neuroendocrine cell differentiation / aorta morphogenesis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / inner ear auditory receptor cell differentiation / T cell mediated immunity / endothelial cell differentiation / neuronal stem cell population maintenance / pulmonary valve morphogenesis / cell fate determination / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of epithelial cell proliferation / aortic valve morphogenesis / Notch binding / myoblast differentiation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / cardiac septum morphogenesis / response to muramyl dipeptide / hemopoiesis / negative regulation of neuron differentiation / RAC3 GTPase cycle / blood vessel remodeling / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / RAC1 GTPase cycle / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / negative regulation of cell migration / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / adherens junction / growth factor activity / phospholipid binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / nervous system development / regulation of cell population proliferation / angiogenesis / molecular adaptor activity / apical plasma membrane / calcium ion binding / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Laminin - #140 / Immunoglobulin-like - #3510 / Jagged/Serrate protein / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand ...Laminin - #140 / Immunoglobulin-like - #3510 / Jagged/Serrate protein / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / von Willebrand factor (vWF) type C domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / : / Calcium-binding EGF domain / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Protein jagged-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chilakuri, C.R. / Sheppard, D. / Ilagan, M.X.G. / Holt, L.R. / Abbott, F. / Liang, S. / Kopan, R. / Handford, P.A. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2013
タイトル: Structural Analysis Uncovers Lipid-Binding Properties of Notch Ligands
著者: Chilakuri, C.R. / Sheppard, D. / Ilagan, M.X.G. / Holt, L.R. / Abbott, F. / Liang, S. / Kopan, R. / Handford, P.A. / Lea, S.M.
履歴
登録2013年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN JAGGED-1
B: PROTEIN JAGGED-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2345
ポリマ－69,6282
非ポリマー6073
水1,08160
1
A: PROTEIN JAGGED-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1993
ポリマ－34,8141
非ポリマー3852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN JAGGED-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0352
ポリマ－34,8141
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.930, 59.840, 62.940
Angle α, β, γ (deg.)95.04, 101.90, 98.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.248, -0.594, 0.766), (-0.607, -0.521, -0.6), (0.755, -0.614, -0.232)
ベクター: 29.36379, -7.46976, -35.17925)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN JAGGED-1 / JAGGED1 / HJ1 / CD339


分子量: 34813.750 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-335 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NAG LINKAGE AT N217 IN BOTH A, B CHAINS, FUC LINKAGE AT T311 IN A CHAIN
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P78504
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.39 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→61.12 Å / Num. obs: 22857 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 74.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.4 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VJ2

2vj2


解像度: 2.5→61.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9298 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8996 / SU R Cruickshank DPI: 0.477 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.438 / SU Rfree Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.283
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1168 5.12 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
obs0.2065 22816 82.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6745 Å25.5576 Å23.4212 Å2
2--0.5135 Å20.0533 Å2
3----1.188 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.386 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→61.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4222 0 38 60 4320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084400HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.125969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1486SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes640HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4400HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion541SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4519SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3458 68 4.69 %
Rwork0.255 1383 -
all0.2594 1451 -
obs--82.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6648-1.2661-3.08560.7180.81042.99090.00750.0513-0.1065-0.11330.01760.0269-0.09710.0319-0.025-0.12140.06630.0044-0.0853-0.0359-0.104948.0117-18.975-8.2319
22.27380.0318-2.5170.1956-0.32133.3166-0.01910.05450.04170.0326-0.02830.0526-0.0293-0.17740.0474-0.06840.1170.0055-0.07120.0093-0.069616.9825-19.306524.14
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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