PDB-4cbv: X-ray structure of full-length ComE from Streptococcus pneumoniae.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cbv

タイトル

X-ray structure of full-length ComE from Streptococcus pneumoniae.

要素

COME

キーワード

TRANSCRIPTION / NATURAL GENETIC TRANSFORMATION / TRANSCRIPTION FACTOR / REC DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.39 Å

データ登録者

Boudes, M. / Durand, D. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Quevillon-Cheruel, S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural Insights Into the Dimerization of the Response Regulator Come from Streptococcus Pneumoniae.
著者: Boudes, M. / Sanchez, D. / Graille, M. / Van Tilbeurgh, H. / Durand, D. / Quevillon-Cheruel, S.

履歴

登録	2013年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cbv.cif.gz	633.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cbv.ent.gz	536 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ml3C 4mldC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v5f-d 1tno-2 1tnu-3 3hv1-d 4utv-d 1v5e-d 1n4p-4 3wst-15 1n4r-7 1n4s-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: COME

B: COME

C: COME

D: COME

E: COME

F: COME

186 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: COME

D: COME

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: COME

F: COME

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: COME

B: COME

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.893, 135.004, 461.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	COME / RESPONSE REGULATOR 分子量: 30977.785 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q79CK7
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 1.8M DL-MALIC ACID, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月23日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→45 Å / Num. obs: 71134 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 3.77 % / B_iso Wilson estimate: 93.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 3.39→3.59 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.39→37.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9049 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8773 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.43
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2229	1897	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1964	-	-	-
obs	0.1978	37635	96.27 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.4772 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.4171 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.0601 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.39→37.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12732	0	0	0	12732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	12992	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.97	17470	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		6267	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		378	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1813	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		12992	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.17
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.64
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1703	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14349	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.39→3.48 Å / Total num. of bins used: 19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	139	5.47 %
R_work	0.2209	2402	-
all	0.2223	2541	-
obs	-	-	96.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2491	0.4909	-1.8564	5.6074	-2.3701	5.2802	-0.1132	-0.5437	0.089	0.8738	0.125	0.8833	-0.1212	-0.0777	-0.0118	-0.2365	0.023	0.1756	-0.2543	-0.0233	0.1626	12.3107	-10.7864	19.2359
2	2.9376	1.7519	0.2352	5.9973	0.4123	2.9514	-0.0945	0.2768	-0.3233	-0.3824	0.2308	-0.5981	0.034	0.2076	-0.1363	-0.3185	0.007	0.086	-0.31	-0.0065	0.2839	30.9489	-19.9309	-6.2906
3	3.9004	-0.4719	-0.0564	4.9489	0.025	5.1441	-0.2031	-0.7954	-0.2201	0.7027	0.0318	-0.6182	-0.112	0.5608	0.1713	-0.2567	0.0938	-0.0676	-0.2117	0.0462	0.0665	38.6273	-9.7145	23.7758
4	6.3868	-1.7446	2.4014	6.214	-0.9247	3.9303	0.0425	-0.0209	0.8068	0.2261	-0.1158	-0.3861	-0.2487	0.2562	0.0734	-0.3305	0.0342	-0.0037	-0.3679	-0.0582	0.2644	62.1726	-27.6139	6.3917
5	5.997	-0.1448	-0.6478	3.6103	0.1303	5.493	-0.0681	-0.4734	-0.2178	0.018	0.0055	-0.2426	0.4922	0.3762	0.0626	0.3092	0.0691	0.1077	0.0756	0.1178	-0.2419	25.3146	-18.4738	54.5844
6	4.4925	-1.2935	-2.9145	5.845	0.6244	3.5675	0.1009	-0.4413	0.2441	0.5374	0.1195	0.1241	-0.4069	0.0897	-0.2204	0.5876	0.132	0.1484	0.4039	-0.0461	-0.2073	9.7488	-6.1316	80.5964
7	5.8735	0.0828	-2.2445	3.5559	-1.019	6.5922	-0.0031	0.0755	0.842	0.279	0.4304	0.1642	-0.7357	-0.2814	-0.4273	0.5028	0.1049	0.2512	0.0052	0.1355	0.0723	14.6424	5.6235	50.235
8	4.5836	-2.3509	1.0371	7.6075	-3.1008	7.4176	-0.0755	0.281	0.2657	0.0831	0.0827	0.0291	-0.0075	-0.3417	-0.0072	0.6257	0.2384	0.4508	0.4142	0.2126	0.0409	-13.1839	16.1819	66.8364
9	2.0477	-3.2995	0.1739	8.3475	1.1593	5.5082	-0.0338	0.0144	-0.5895	0.0495	-0.1143	-0.3981	0.2663	0.1887	0.1481	0.887	0.1973	0.4352	-0.0301	0.0418	0.1784	56.1331	-7.2963	99.4339
10	2.2833	1.8084	-0.7356	6.299	-3.5696	4.7009	-0.0511	0.5793	-0.4382	-0.0792	-0.1106	-0.1608	0.5922	0.1097	0.1617	0.7154	0.1066	0.4554	0.235	0.0103	-0.0083	53.5403	9.1406	71.2649
11	3.7207	0.0095	0.7218	6.4108	-1.1827	2.3569	-0.0985	0.2676	-0.2026	-0.1598	-0.1034	0.3107	0.4259	-0.4827	0.202	0.5736	-0.1306	0.3035	0.1539	-0.019	-0.2296	36.791	11.6154	99.2017
12	3.1256	1.3917	-1.9494	3.3081	-1.1916	1.1504	-0.0445	0.0589	-0.0598	-0.2368	0.1383	0.2948	-0.1558	-0.0119	-0.0938	0.4237	0.1527	0.1158	0.4935	0.0777	-0.2465	41.5543	40.0595	82.6246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - 131}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|141 - 251}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|1 - 131}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|141 - 251}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|1 - 131}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{C\|141 - 249}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|1 - 131}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{D\|141 - 250}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{E\|2 - 131}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{E\|141 - 249}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{F\|1 - 131}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{F\|141 - 256}

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)