PDB-4cbg: Pestivirus NS3 helicase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cbg

タイトル

Pestivirus NS3 helicase

要素

SERINE PROTEASE NS3

キーワード

HYDROLASE / FLAVIVIRIDAE NS3 / SAXS

機能・相同性

機能・相同性情報

pestivirus NS3 polyprotein peptidase / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell surface / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: X-Ray Structure of the Pestivirus Ns3 Helicase and its Conformation in Solution.
著者: Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.

履歴

登録	2013年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.4	2015年10月14日	Group: Refinement description
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cbg.cif.gz	753.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cbg.ent.gz	631.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cbg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cbg_validation.pdf.gz	477.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cbg_full_validation.pdf.gz	498 KB	表示
XML形式データ	4cbg_validation.xml.gz	71.6 KB	表示
CIF形式データ	4cbg_validation.cif.gz	92.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cbhC 4cbiC 4cblC 4cbmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cbm-2 3cym-d 4haf-d 5wso-1 5gvu-1 4l4j-d 5vaa-d 6d4e-d 4cbm-1 4cbl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: SERINE PROTEASE NS3

B: SERINE PROTEASE NS3

C: SERINE PROTEASE NS3

D: SERINE PROTEASE NS3

ヘテロ分子

236 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SERINE PROTEASE NS3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: SERINE PROTEASE NS3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.550, 168.360, 98.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.9995, -0.02716, -0.01318), (-0.02321, -0.4118, -0.911), (0.01931, 0.9109, -0.4122)	-22.46, 19.35, 42.08
3	given	(0.8591, -0.1073, -0.5004), (-0.1037, -0.994, 0.0352), (-0.5012, 0.02164, -0.8651)	24.22, -37.17, 97.39
4	given	(-0.8743, 0.09362, 0.4763), (0.04252, -0.9627, 0.2673), (0.4836, 0.2539, 0.8377)	-49.01, -55.11, -34.82

#1: タンパク質	SERINE PROTEASE NS3 / NON-STRUCTURAL PROTEIN 3 分子量: 59007.828 Da / 分子数: 4 / 断片: HELICASE DOMAIN, 1782-2280 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス) 株: ALFORT / 解説: VIRUS HOST, SUS SCROFA (PIG) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P19712, pestivirus NS3 polyprotein peptidase, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	HISTAG N-TERMINAL PLUS TEV CLEAVAGE SITE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.5 % 解説: PEAK DATASET PEAK AND INFLECTION DATASET WERE COLLECTED WITH INVERSE BEAM DATA COLLECTION STRATEGY
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M NA-CACODYLATE 0.2 M MAGNESIUM ACETATE 12% PEG 8000, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年9月21日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→49.57 Å / Num. obs: 402065 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 47.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.82→2.89 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.13.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.82→49.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8628 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.311

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2049	2532	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1661	-	-	-
obs	0.1681	49698	90.65 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.8797 Å²	0 Å²	3.8296 Å²
2-	-	-32.1921 Å²	0 Å²
3-	-	-	18.3124 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.381 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→49.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14731	0	8	122	14861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	15016	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.19	20306	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5336	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		390	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2137	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		15016	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.72
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1957	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		17118	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.82→2.89 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	104	4.91 %
R_work	0.2162	2013	-
all	0.2185	2117	-
obs	-	-	90.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2817	-0.6232	-0.1429	2.672	1.0122	6.5006	0.0261	-0.761	0.1806	0.2276	-0.1188	0.4005	-0.1823	-0.7484	0.0926	-0.1702	-0.1686	0.0673	0.0434	0.0006	-0.1836	7.3896	13.7787	9.0948
2	4.3943	-0.0858	0.0371	2.808	0.9835	4.9131	0.1034	-0.266	-0.0735	0.1773	0.112	-0.1809	0.2651	0.091	-0.2154	-0.1451	-0.0632	-0.0132	0.0766	0.0301	-0.2473	33.2462	38.5431	22.4765
3	3.6307	-0.1186	1.3943	1.5105	0.2305	3.7059	0.0144	-0.2824	0.0883	0.1442	0.0061	-0.2997	0.2246	0.5909	-0.0205	-0.1389	-0.1018	0.0245	0.03	0.0609	-0.1271	38.5742	8.0226	4.4223
4	4.3373	0.4529	0.788	4.1586	-0.0142	5.0227	0.0049	0.5654	0.6071	-0.6246	0.0728	0.1689	-0.2789	-0.4068	-0.0777	-0.183	0.1518	-0.037	-0.0021	0.1015	-0.1333	29.6533	-30.21	16.2537
5	8.671	0.9256	-0.3376	4.3095	0.4414	5.3538	-0.1718	-0.114	0.9565	-0.1505	0.0996	-0.4647	-0.8039	0.8037	0.0722	-0.1863	-0.1305	0.0318	-0.138	0.0164	-0.1442	54.6369	-25.4328	-7.0463
6	4.6947	0.9287	-0.6226	2.0047	-0.6984	3.8996	0.0505	-0.404	0.5477	0.0348	-0.0489	-0.2825	-0.221	0.9218	-0.0016	-0.3622	0.0617	-0.0366	0.1576	-0.185	-0.1249	60.5911	-31.0743	24.6147
7	4.4063	-0.1262	-0.318	1.5283	0.8852	3.4836	-0.0612	1.1273	0.1371	-0.3887	0.0523	0.2612	0.0641	-0.7054	0.0089	-0.1845	-0.1563	-0.1001	0.3903	0.192	-0.2544	8.7436	41.6697	44.9648
8	4.7903	0.6823	0.915	2.8558	0.7631	6.0258	0.0771	0.1883	-0.1281	0.066	0.0092	-0.2554	0.2766	0.2077	-0.0864	-0.0312	-0.1726	-0.0177	0.0601	0.0082	-0.2035	22.8161	6.5877	37.6311
9	3.3032	-0.6737	-1.5844	1.9153	1.0618	3.1734	-0.0274	0.1708	-0.1558	-0.0857	0.103	-0.1709	0.2353	0.1042	-0.0756	-0.1245	-0.1149	-0.0499	-0.0576	0.0829	-0.1453	36.3007	32.5346	58.3727
10	4.3596	-0.3873	-0.4127	4.6331	1.4546	3.4602	0.2347	0.53	-0.5343	-0.5688	-0.1406	-0.096	0.4912	0.4546	-0.0941	0.1132	0.0405	-0.0618	-0.1942	0.0237	-0.1983	11.7427	-7.3557	75.5066
11	5.6348	0.5056	-1.333	3.6046	-0.2582	6.6545	-0.6789	0.8644	-0.4301	0.0658	0.2692	0.0644	0.993	-1.4571	0.4097	0.0203	-0.4861	0.0707	0.3726	-0.1224	-0.2762	-5.1553	-2.0038	46.2857
12	3.8375	0.2801	2.0806	1.2704	-0.2493	5.524	0.0627	-0.0437	0.0549	-0.1779	0.0358	0.2975	0.4662	-0.9526	-0.0985	-0.1188	-0.1617	-0.058	-0.0817	0.0442	-0.0991	-16.549	8.2796	75.2981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|206 - A\|352}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|361 - A\|474,A\|491 - A\|525}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|475 - A\|490, A\|526-A\|684}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|205 - B\|353}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|361 - B\|474}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|491 - B\|525 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|475 - B\|490,B\|526 - B\|684}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|360 - C\|474}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{D\|205 - D\|353}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{D\|360 - D\|474}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{D\|491 - D\|525,D\|360 - D\|474}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|475 - D\|490,D\|526 - D\|683}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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