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- PDB-4c9t: BACTERIAL CHALCONE ISOMERASE IN open CONFORMATION FROM EUBACTERIU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c9t
タイトルBACTERIAL CHALCONE ISOMERASE IN open CONFORMATION FROM EUBACTERIUM RAMULUS AT 2.0 A RESOLUTION, SelenoMet derivative
要素CHALCONE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / FLAVONOIDS
機能・相同性Chalcone isomerase, N-terminal / Chalcone isomerase N-terminal domain / chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / Chalcone isomerase
機能・相同性情報
生物種EUBACTERIUM RAMULUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Thomsen, M. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2015
タイトル: Structure and catalytic mechanism of the evolutionarily unique bacterial chalcone isomerase.
著者: Maren Thomsen / Anne Tuukkanen / Jonathan Dickerhoff / Gottfried J Palm / Hanna Kratzat / Dmitri I Svergun / Klaus Weisz / Uwe T Bornscheuer / Winfried Hinrichs /
要旨: Flavonoids represent a large class of secondary metabolites produced by plants. These polyphenolic compounds are well known for their antioxidative abilities, are antimicrobial phytoalexins ...Flavonoids represent a large class of secondary metabolites produced by plants. These polyphenolic compounds are well known for their antioxidative abilities, are antimicrobial phytoalexins responsible for flower pigmentation to attract pollinators and, in addition to other properties, are also specific bacterial regulators governing the expression of Rhizobium genes involved in root nodulation (Firmin et al., 1986). The bacterial chalcone isomerase (CHI) from Eubacterium ramulus catalyses the first step in a flavanone-degradation pathway by ring opening of (2S)-naringenin to form naringenin chalcone. The structural biology and enzymology of plant CHIs have been well documented, whereas the existence of bacterial CHIs has only recently been elucidated. This first determination of the structure of a bacterial CHI provides detailed structural insights into the key step of the flavonoid-degradation pathway. The active site could be confirmed by co-crystallization with the substrate (2S)-naringenin. The stereochemistry of the proposed mechanism of the isomerase reaction was verified by specific (1)H/(2)H isotope exchange observed by (1)H NMR experiments and was further supported by mutagenesis studies. The active site is shielded by a flexible lid, the varying structure of which could be modelled in different states of the catalytic cycle using small-angle X-ray scattering data together with the crystallographic structures. Comparison of bacterial CHI with the plant enzyme from Medicago sativa reveals that they have unrelated folds, suggesting that the enzyme activity evolved convergently from different ancestor proteins. Despite the lack of any functional relationship, the tertiary structure of the bacterial CHI shows similarities to the ferredoxin-like fold of a chlorite dismutase and the stress-related protein SP1.
#1: ジャーナル: Arch.Microbiol. / 年: 2004
タイトル: First Bacterial Chalcone Isomerase Isolated from Eubacterium Ramulus.
著者: Herles, C. / Braune, A. / Blaut, M.
履歴
登録2013年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHALCONE ISOMERASE
B: CHALCONE ISOMERASE
C: CHALCONE ISOMERASE
D: CHALCONE ISOMERASE
E: CHALCONE ISOMERASE
F: CHALCONE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,15328
ポリマ－196,9736
非ポリマー1,18022
水37,5792086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31410 Å2
ΔGint-260.7 kcal/mol
Surface area52500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.391, 192.704, 203.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.22152, 0.11371, -0.9685), (0.11865, -0.98266, -0.14251), (-0.96791, -0.14648, 0.20419)153.73807, 238.88782, 152.27586
2given(0.09414, -0.00137, 0.99556), (0.99234, -0.08025, -0.09394), (0.08003, 0.99677, -0.00619)73.76118, 24.84684, -103.89963
3given(0.09137, 0.992, 0.08711), (0.00488, -0.08792, 0.99612), (0.99581, -0.09059, -0.01288)-23.12254, 105.86493, -71.94551
4given(0.00567, -0.97573, -0.21889), (-0.97591, -0.05314, 0.21159), (-0.21809, 0.21241, -0.95253)241.89601, 236.75217, 56.4682
5given(-0.9854, -0.13607, 0.10231), (-0.13062, 0.21884, -0.96698), (0.10919, -0.96623, -0.23341)240.16154, 141.53755, 145.19124

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要素

#1: タンパク質
CHALCONE ISOMERASE


分子量: 32828.789 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) EUBACTERIUM RAMULUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: V9P0A9*PLUS, chalcone isomerase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENBANK KF154734

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 1.3 M AMMONIUM SULFATE; CRYO: 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 2 M AMMONIUM SULFATE, 22% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97935
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月28日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 457839 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.72 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 11.41
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0027精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.98→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 4.148 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15592 11719 5 %RANDOM
Rwork0.13376 ---
obs0.13488 222651 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12787 0 56 2086 14929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.95618428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872328838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62851623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67623.973657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.387152017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5761566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02115241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.977→2.028 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 830 -
Rwork0.234 15759 -
obs--96.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08390.05220.07060.169-0.07610.18390.0117-0.00420.02310.055-0.00440.018-0.00590-0.00730.12110.01360.00940.0292-0.00790.0561109.453131.59457.004
20.2757-0.04660.05780.07340.01840.0771-0.0139-0.0287-0.02090.00370.02540.04620.02080.0166-0.01150.09250.00610.01360.01810.02350.093289.307114.25138.822
30.113-0.12760.00970.1805-0.01240.0182-0.013-0.01120.02290.01870.01460.0129-0.00510.0306-0.00160.06810.01710.00740.0668-0.00180.0514140.658117.44435.597
40.0631-0.0053-0.03470.0623-0.03880.0637-0.02330.0178-0.02090.003-0.00330.01270.01240.01350.02660.07690.01770.00860.064-0.00030.0607120.521100.8116.774
50.0482-0.0070.00690.09730.00140.0288-0.00260.00550.00980.0197-0.01050.01080.01370.03590.01310.03940.006-0.01470.05540.00760.0564122.263151.73224.386
60.0225-0.0231-0.01870.211-0.07440.10260.01210.02710.0076-0.01310.00490.04660.0016-0.0266-0.0170.09010.033-0.00540.04960.00670.0753101.707134.9626.239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION1A106 - 130
3X-RAY DIFFRACTION1A131 - 282
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 105
5X-RAY DIFFRACTION2B106 - 130
6X-RAY DIFFRACTION2B131 - 282
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 105
8X-RAY DIFFRACTION3C106 - 130
9X-RAY DIFFRACTION3C131 - 282
10X-RAY DIFFRACTION4D1 - 105
11X-RAY DIFFRACTION4D106 - 130
12X-RAY DIFFRACTION4D131 - 282
13X-RAY DIFFRACTION5E1 - 105
14X-RAY DIFFRACTION5E106 - 130
15X-RAY DIFFRACTION5E131 - 282
16X-RAY DIFFRACTION6F1 - 105
17X-RAY DIFFRACTION6F106 - 130
18X-RAY DIFFRACTION6F131 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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