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- PDB-4c8v: Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c8v
タイトルXenopus RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I
要素R-SPONDIN-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / WNT / ZNRF3 / RNF43 / LGR4 / LGR5 / LGR6 / RSPO / R-SPO / RSPO1 / RSPO3 / RSPO4 / RECEPTOR / MEMBRANE / SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


anal fin development / caudal fin development / dorsal fin development / pectoral fin development / pelvic fin development / Regulation of FZD by ubiquitination / lysosomal protein catabolic process / dorsal/ventral axis specification / BMP receptor binding / negative regulation of BMP signaling pathway ...anal fin development / caudal fin development / dorsal fin development / pectoral fin development / pelvic fin development / Regulation of FZD by ubiquitination / lysosomal protein catabolic process / dorsal/ventral axis specification / BMP receptor binding / negative regulation of BMP signaling pathway / BMP signaling pathway / skeletal system development / Wnt signaling pathway / heparin binding / lysosome / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Spondin-like TSP1 domain / Spondin-like TSP1 domain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats ...Spondin-like TSP1 domain / Spondin-like TSP1 domain / R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種XENOPUS TROPICALIS
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zebisch, M. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2013
タイトル: Structural and Molecular Basis of Znrf3/Rnf43 Transmembrane Ubiquitin Ligase Inhibition by the Wnt Agonist R-Spondin.
著者: Zebisch, M. / Xu, Y. / Krastev, C. / Macdonald, B.T. / Chen, M. / Gilbert, R.J.C. / He, X. / Jones, E.Y.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-SPONDIN-2
B: R-SPONDIN-2
C: R-SPONDIN-2
D: R-SPONDIN-2
E: R-SPONDIN-2
F: R-SPONDIN-2
G: R-SPONDIN-2
H: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2548
ポリマ－110,2548
非ポリマー00
水5,224290
1
A: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: R-SPONDIN-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7821
ポリマ－13,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.138, 97.138, 292.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質
R-SPONDIN-2 / ROOF PLATE-SPECIFIC SPONDIN-2 / RSPO2


分子量: 13781.749 Da / 分子数: 8 / 断片: FU1-FU2, RESIDUES 35-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS (SILURANA) TROPICALIS (ネッタイツメガエル)
プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q5M7L6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 71285 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.3

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→39.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 5.659 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27035 3589 5 %RANDOM
Rwork0.22318 ---
obs0.22558 67674 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6791 0 0 290 7081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.9629447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7455867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.57422.434341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.823151203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8661571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 269 -
Rwork0.36 4996 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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