[日本語] English
万見
- PDB-4c81: IspF (Plasmodium falciparum) CDP complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c81
タイトルIspF (Plasmodium falciparum) CDP complex
要素2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, apicoplast
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者O'Rourke, P.E.F. / Kalinowska-Tluscik, J. / Fyfe, P.K. / Dawson, A. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Ispf from Plasmodium Falciparum and Burkholderia Cenocepacia: Comparisons Inform Antimicrobial Drug Target Assessment.
著者: O Rourke, P.E. / Kalinowska-Tluscik, J. / Fyfe, P.K. / Dawson, A. / Hunter, W.N.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3118
ポリマ－20,5751
非ポリマー7367
水1,53185
1
A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,93324
ポリマ－61,7243
非ポリマー2,20921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-350.2 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.864, 84.864, 101.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1247-

SO4

21A-1247-

SO4

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE / MECDP-SYNTHASE / MECPS / 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL-2 / 4-CYCLODIPHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 20574.588 Da / 分子数: 1
断片: MATURE PROTEIN (APICOPLAST-TARGETING SEQUENCE OMITTED), RESIDUES 60-240
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PET15BTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: P62368, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 92分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細RESIDUES 1-59, A PREDICTED APICOPLAST TARGETING SEQUENCE, HAVE BEEN OMITTED FROM THE CONSTRUCT USED ...RESIDUES 1-59, A PREDICTED APICOPLAST TARGETING SEQUENCE, HAVE BEEN OMITTED FROM THE CONSTRUCT USED TO PREPARE PROTEIN FOR CRYSTALLISATION.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION. PFISPF SAMPLE IN 100 MM KCL, 100 MM L-ARGININE, 2 MM MGCL2, 50 MM CHES, PH 9.5; WAS CONCENTRATED TO 6 MG/ML, AND HAD CDP DISODIUM ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION. PFISPF SAMPLE IN 100 MM KCL, 100 MM L-ARGININE, 2 MM MGCL2, 50 MM CHES, PH 9.5; WAS CONCENTRATED TO 6 MG/ML, AND HAD CDP DISODIUM SALT ADDED (2 MM FINAL CONCENTRATION). CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 2 MICROLITES OF PROTEIN WITH 2 MICROLITRES OF RESERVOIR SOLUTION AT 20 DEGREES C. RESERVOIR SOLUTION: 1.8-2.5 M (NH4)2SO4, 5MM ZNCL2, 100 MM BIS-TRIS, PH 5.5. SATURATED SUCROSE WAS USED AS A CRYO-PROTECTANT DURING COLLECTION.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9841
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9841 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.558
11K, H, -L20.442
反射解像度: 1.6→41.63 Å / Num. obs: 35607 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0094精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GX1

1gx1


解像度: 1.56→26.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.077 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. RESIDUES 83-97 AND 144-151 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16503 1810 5.1 %RANDOM
Rwork0.14398 ---
obs0.14506 33786 92.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→26.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 35 85 1333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0221332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9672.0361815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7613.0032159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9055167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.39125.850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.69615252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.944154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6385798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5695332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.993101304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.77415534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it18.90720506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0 0 -
obs--0 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る