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- PDB-4c7r: Inward facing conformation of the trimeric betaine transporter Be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7r
タイトルInward facing conformation of the trimeric betaine transporter BetP in complex with lipids
要素GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CHEMOSENSOR AND OSMOSENSOR / MEMBRANE / TRANSPORT / CELL MEMBRANE / SECONDARY TRANSPORTER / SODIUM COUPLED TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / BETAINE TRANSPORT / HYPEROSMOTIC STRESS / ANIONIC LIPIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen compound transport / symporter activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BCCT transporter family / BCCT transporter, conserved site / BCCT, betaine/carnitine/choline family transporter / BCCT family of transporters signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PGT / Glycine betaine transporter BetP
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Koshy, C. / Yildiz, O. / Ziegler, C.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Structural Evidence for Functional Lipid Interactions in the Betaine Transporter Betp
著者: Koshy, C. / Schweikhard, E.S. / Gaertner, R.M. / Perez, C. / Yildiz, O. / Ziegler, C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Alternating-Access Mechanism in Conformationally Asymmetric Trimers of the Betaine Transporter Betp.
著者: Perez, C. / Koshy, C. / Yildiz, O. / Ziegler, C.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
B: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
C: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,30123
ポリマ－183,0073
非ポリマー8,29420
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19490 Å2
ΔGint-197.7 kcal/mol
Surface area54580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.560, 129.500, 167.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP


分子量: 61002.469 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
プラスミド: PASK IBA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL-X / 参照: UniProt: P54582

-
非ポリマー , 6種, 78分子

#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド


分子量: 494.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / pH: 5.5
詳細: 100MM 3NA-CITRATE, 300MM NACL, 20% PEG 400, PH 5.5, 18 DEG CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH 165 MM / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 73562 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 69.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.39 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WIT

2wit


解像度: 2.7→29.421 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A COMPRISES RESIDUES 56-586 CHAIN B FROM 56-552 AND CHAIN C COMPRISES RESIDUES 56-561
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 3485 5 %
Rwork0.2118 --
obs0.2145 69639 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.772 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.4622 Å20 Å20 Å2
2---20.3929 Å20 Å2
3---1.9306 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11626 0 524 58 12208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72516845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8774337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7370.36151370.34742586X-RAY DIFFRACTION99
2.737-2.7760.41171390.32312627X-RAY DIFFRACTION100
2.776-2.81740.37061370.31382600X-RAY DIFFRACTION100
2.8174-2.86140.33021370.30152601X-RAY DIFFRACTION100
2.8614-2.90830.32791390.29392631X-RAY DIFFRACTION100
2.9083-2.95840.35871360.27592617X-RAY DIFFRACTION100
2.9584-3.01210.31641390.27352624X-RAY DIFFRACTION100
3.0121-3.070.35281360.25522570X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.13260.31461390.25132649X-RAY DIFFRACTION100
3.1326-3.20070.33181380.23722621X-RAY DIFFRACTION100
3.2007-3.2750.28461380.23432621X-RAY DIFFRACTION100
3.275-3.35680.31261390.21462632X-RAY DIFFRACTION100
3.3568-3.44740.24441380.20732610X-RAY DIFFRACTION100
3.4474-3.54870.26151370.17842625X-RAY DIFFRACTION100
3.5487-3.66310.20881400.17932655X-RAY DIFFRACTION100
3.6631-3.79370.23761380.16432626X-RAY DIFFRACTION100
3.7937-3.94530.24531410.17542665X-RAY DIFFRACTION100
3.9453-4.12440.24431390.17582642X-RAY DIFFRACTION100
4.1244-4.34120.1981410.16582669X-RAY DIFFRACTION100
4.3412-4.61220.24541400.17422657X-RAY DIFFRACTION100
4.6122-4.96670.21591400.17922666X-RAY DIFFRACTION100
4.9667-5.46370.29971410.21322673X-RAY DIFFRACTION100
5.4637-6.24770.28531420.2212699X-RAY DIFFRACTION100
6.2477-7.84660.25921440.2042749X-RAY DIFFRACTION100
7.8466-29.42280.22551500.21832839X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.8845 Å / Origin y: 16.3716 Å / Origin z: -34.377 Å
111213212223313233
T0.3015 Å2-0.083 Å20.0717 Å2-0.1846 Å2-0.0477 Å2--0.3953 Å2
L0.6256 °2-0.0785 °20.1129 °2-2.052 °2-0.1211 °2--0.6526 °2
S-0.0601 Å °0.0078 Å °-0.0464 Å °0.0762 Å °-0.0027 Å °0.2891 Å °0.1542 Å °-0.0234 Å °0.0575 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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