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万見
- PDB-4c7p: Crystal structure of Legionella pneumophila RalF F255K mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7p
タイトルCrystal structure of Legionella pneumophila RalF F255K mutant
要素RALF
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity
類似検索 - 分子機能
sec7 domains / RalF, C-terminal domain superfamily / RalF, C-terminal Sec-7 capping domain / RalF C-terminal Sec-7 capping domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily ...sec7 domains / RalF, C-terminal domain superfamily / RalF, C-terminal Sec-7 capping domain / RalF C-terminal Sec-7 capping domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Folly-Klan, M. / Alix, E. / Stalder, D. / Ray, P. / Duarte, L.V. / Delprato, A. / Zeghouf, M. / Antonny, B. / Campanacci, V. / Roy, C.R. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: A Novel Membrane Sensor Controls the Localization and Arfgef Activity of Bacterial Ralf.
著者: Folly-Klan, M. / Alix, E. / Stalder, D. / Ray, P. / Duarte, L.V. / Delprato, A. / Zeghouf, M. / Antonny, B. / Campanacci, V. / Roy, C.R. / Cherfils, J.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RALF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6152
ポリマ－45,5231
非ポリマー921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.265, 78.265, 115.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RALF / GUANINE EXCHANGE FACTOR RALF


分子量: 45523.035 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
株: PHILADELPHIA STRAIN 1 / プラスミド: PHIS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q8RT31
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
配列の詳細6 HIS-TAG AND TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE AT THE N-TERMINUS MUTATION AT POSITION 255 (F255K)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 25% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→39.13 Å / Num. obs: 7973 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 90.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XSZ

1xsz


解像度: 3.1→39.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9445 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.514
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 751 9.73 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.2059 7716 99.19 %-
原子変位パラメータBiso mean: 116.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0397 Å20 Å20 Å2
2---7.0397 Å20 Å2
3---14.0795 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.795 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2755 0 6 0 2761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012825HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.253822HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d998SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes393HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2825HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion376SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3332SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.47 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 195 9.01 %
Rwork0.1925 1970 -
all0.2011 2165 -
obs--99.19 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.1491 Å / Origin y: 33.1135 Å / Origin z: 1.6544 Å
111213212223313233
T-0.254 Å20.2089 Å2-0.0142 Å2--0.1597 Å2-0.0468 Å2---0.6919 Å2
L2.5233 °20.3509 °21.2072 °2-3.1067 °21.1652 °2--7.0775 °2
S-0.0498 Å °0.2002 Å °0.3527 Å °0.1098 Å °0.1544 Å °-0.0318 Å °0.2152 Å °0.317 Å °-0.1046 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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