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万見
- PDB-4c76: Crystal Structure of the FMN-reductase Msue from Pseudomonas puti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c76
タイトルCrystal Structure of the FMN-reductase Msue from Pseudomonas putida KT2440.
要素FMN REDUCTASE (NADPH)
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVODOXIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor
類似検索 - 分子機能
FMN reductase, MsuE-like / : / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / FMN reductase (NADPH)
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Gibson, R.P. / Isupov, M. / Littlechild, J.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Fmn-Reductase Msue from Pseudomonas Putida Kt2440.
著者: Gibson, R.P. / Isupov, M. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2013年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN REDUCTASE (NADPH)
B: FMN REDUCTASE (NADPH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,25812
ポリマ－45,2312
非ポリマー1,02710
水5,026279
1
A: FMN REDUCTASE (NADPH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2137
ポリマ－22,6151
非ポリマー5986
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FMN REDUCTASE (NADPH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0455
ポリマ－22,6151
非ポリマー4294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.730, 124.730, 45.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2105-

HOH

21B-2069-

HOH

31B-2075-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9957, -0.09276, -0.002691), (-0.09275, 0.9957, -0.00192), (0.002858, -0.001662, -1)
ベクター: -5.188, 2.631, -15.08)

-
要素

#1: タンパク質 FMN REDUCTASE (NADPH) / NADH-DEPENDENT FMN REDUCTASE / FMN REDUCTASE


分子量: 22615.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: KT2440
解説: DSMZ - GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM-6125)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88J85, FMN reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 25% W/V PEG 1K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.9798, 0.9762, 0.9800
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.97621
30.981
反射解像度: 1.96→19.5 Å / Num. obs: 29204 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.96→19.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.083 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19252 1481 5.1 %RANDOM
Rwork0.14511 ---
obs0.14751 27705 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-1.11 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---3.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2825 0 67 279 3171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9854325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4425423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16322.534146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67715506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8831531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1945.7161514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.649.5331905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6076.631653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 117 -
Rwork0.192 2002 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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