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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c6f | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the dihydroorotase domain of human CAD bound to substrate at pH 6.5 | |||||||||
要素 | DIHYDROOROTASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / AMIDOHYDROLASE SUPERFAMILY / METALLOENZYME / ZINC BINDING / HISTIDINATE ANION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase ...aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase / aspartate carbamoyltransferase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / glutaminase activity / UDP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / response to caffeine / response to testosterone / glutamine metabolic process / response to starvation / response to amine / 'de novo' UMP biosynthetic process / animal organ regeneration / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / lactation / xenobiotic metabolic process / liver development / cell projection / female pregnancy / peptidyl-threonine phosphorylation / response to insulin / terminal bouton / nuclear matrix / heart development / protein autophosphorylation / protein kinase activity / neuronal cell body / enzyme binding / protein-containing complex / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.261 Å | |||||||||
データ登録者 | Ramon-Maiques, S. / Lallous, N. / Grande-Garcia, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: Structure, Functional Characterization and Evolution of the Dihydroorotase Domain of Human Cad. 著者: Grande-Garcia, A. / Lallous, N. / Diaz-Tejada, C. / Ramon-Maiques, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c6f.cif.gz | 241.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4c6f.ent.gz | 196.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c6f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4by3C 4c6bC 4c6cSC 4c6dC 4c6eC 4c6iC 4c6jC 4c6kC 4c6lC 4c6mC 4c6nC 4c6oC 4c6pC 4c6qC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42916.020 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1456-1846 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPIN-M / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P27708, dihydroorotase |
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-非ポリマー , 5種, 393分子
#2: 化合物 | ChemComp-DOR / ( | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NCD / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-FMT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→48.49 Å / Num. obs: 107452 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 13.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.29 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4C6C 解像度: 1.261→48.49 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 2 / 位相誤差: 11.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.261→48.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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