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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c5r | |||||||||
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タイトル | Structural Investigations into the Stereochemistry and Activity of a Phenylalanine-2,3-Aminomutase from Taxus chinensis | |||||||||
要素 | PHENYLALANINE AMMONIA-LYASE | |||||||||
キーワード | LYASE / (R)-BETA-PHENYLALANINE ANALOGUE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phenylalanine aminomutase (L-beta-phenylalanine-forming) / intramolecular aminotransferase activity / paclitaxel biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase / L-phenylalanine metabolic process / cinnamic acid biosynthetic process / alkaloid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / protein homotetramerization / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | TAXUS WALLICHIANA VAR. CHINENSIS (植物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Wybenga, G.G. / Szymanski, W. / Wu, B. / Feringa, B.L. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014 タイトル: Structural Investigations Into the Stereochemistry and Activity of a Phenylalanine-2,3-Aminomutase from Taxus Chinensis. 著者: Wybenga, G.G. / Szymanski, W. / Wu, B. / Feringa, B.L. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c5r.cif.gz | 496.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4c5r.ent.gz | 407.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4c5r_validation.pdf.gz | 505.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4c5r_full_validation.pdf.gz | 531.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4c5r_validation.xml.gz | 91.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4c5r_validation.cif.gz | 126.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77553.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PEPTIDE BOND BETWEEN SER174 AND MDO 175 PEPTIDE BOND BETWEEN MDO 175 AND D178 COVALENT BOND BETWEEN THE CB2 ATOM OF MDO AND THE BETA-AMINO GROUP OF THE R-BETA-PHE SUBSTRATE ANALOGUE 由来: (組換発現) TAXUS WALLICHIANA VAR. CHINENSIS (植物) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68G84, phenylalanine ammonia-lyase #2: 化合物 | ChemComp-BQ7 / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→49.09 Å / Num. obs: 151434 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.26 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YII 解像度: 2.14→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.497 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.029 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→49.09 Å
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拘束条件 |
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