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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c53 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Guanarito virus GP2 in the post-fusion conformation | |||||||||
![]() | PRE-GLYCOPROTEIN POLYPROTEIN GP COMPLEX | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / ARENAVIRUS / VENEZUELAN HEMORRHAGIC FEVER / GLYCOPROTEIN / FUSION GLYCOPROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell Golgi membrane / membrane => GO:0016020 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Parsy, M. / Huiskonen, J.T. / Harlos, K. / Bowden, T.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Venezuelan Hemorrhagic Fever Virus Fusion Glycoprotein Reveals a Class 1 Post-Fusion Architecture with Extensive Glycosylation. 著者: Parsy, M. / Harlos, K. / Huiskonen, J.T. / Bowden, T.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mkoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16285.385 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 292-418 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-LINKED GLYCOSYLATION SEQUONS AT ASN314, ASN351, ASN359, ASN376, AND ASN381 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | #5: 糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 3.5 詳細: 0.15 M LI2SO4, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5, 18% W/V PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SINGLE BOUNCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.14→50 Å / Num. obs: 5894 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 171.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26.6 |
反射 シェル | 解像度: 4.14→4.14 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3MKO 解像度: 4.14→38.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.795
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原子変位パラメータ | Biso mean: 222.84 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.869 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.14→38.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4.14→4.63 Å / Total num. of bins used: 5
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