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- PDB-4c40: The molecular recognition of kink turn structure by the L7Ae clas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c40
タイトルThe molecular recognition of kink turn structure by the L7Ae class of proteins
要素5'-(*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP *GP*AP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / DNA / KINK TURN
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2013
タイトル: The Molecular Recognition of Kink-Turn Structure by the L7Ae Class of Proteins.
著者: Huang, L. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Derived calculations
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-(*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP *GP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2341
ポリマ－6,2341
非ポリマー00
水25214
1
A: 5'-(*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP *GP*AP*GP*CP*C)-3'

A: 5'-(*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP *GP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4682
ポリマ－12,4682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_557-x,-x+y,-z+21
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.250, 70.250, 47.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2001-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-(*GP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*GP *GP*AP*GP*CP*C)-3' / HMKT-7


分子量: 6233.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: KINK TURN MOTIF / 由来: (合成) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 3.5M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.54 Å / Num. obs: 3827 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.17 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BW0

4bw0


解像度: 2.2→37.5 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 177 5 %
Rwork0.22 --
obs-3824 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 417 0 14 431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.996730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00719
LS精密化 シェル解像度: 2.2011→37.5432 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 177 -
Rwork0.2227 3647 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.3345 Å / Origin y: 41.5282 Å / Origin z: 49.2951 Å
111213212223313233
T0.3984 Å2-0.0526 Å20.0308 Å2-0.2551 Å20.0544 Å2--0.2407 Å2
L0.9179 °2-0.0958 °20.1359 °2-0.0274 °2-0.0495 °2--0.0829 °2
S0.2465 Å °0.3149 Å °-0.2214 Å °0.23 Å °-0.1509 Å °-0.0435 Å °-0.4167 Å °-0.3179 Å °0.0731 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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