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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c40 | |||||||||||||||||||||||
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タイトル | The molecular recognition of kink turn structure by the L7Ae class of proteins | |||||||||||||||||||||||
![]() | 5'-(*![]() RNA / DNA / KINK TURN | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ![]() ![]() タイトル: The Molecular Recognition of Kink-Turn Structure by the L7Ae Class of Proteins. 著者: Huang, L. / Lilley, D.M.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 30.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 387.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 387.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6233.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: KINK TURN MOTIF / 由来: (合成) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4 / 詳細: 3.5M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→37.54 Å / Num. obs: 3827 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.17 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BW0 解像度: 2.2→37.5 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.05
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2011→37.5432 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -23.3345 Å / Origin y: 41.5282 Å / Origin z: 49.2951 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |