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- PDB-4c3k: Structure of mixed PII-ADP complexes from S. elongatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c3k
タイトルStructure of mixed PII-ADP complexes from S. elongatus
要素NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta ...Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.099 Å
データ登録者Zeth, K. / Forchhammer, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis and Target-Specific Modulation of Adp Sensing by the Synechococcus Elongatus Pii Signaling Protein.
著者: Zeth, K. / Fokina, O. / Forchhammer, K.
履歴
登録2013年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
B: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
C: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
D: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
E: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
F: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,32611
ポリマ－76,5226
非ポリマー1,8045
水00
1
D: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
E: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
F: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5436
ポリマ－38,2613
非ポリマー1,2823
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9600 Å2
ΔGint-45.4 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
2
A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
B: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
C: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7835
ポリマ－38,2613
非ポリマー5222
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-44.2 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.463, 122.463, 80.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II / PII SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN / PII


分子量: 12753.712 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A3F4
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG4000, 100 MM TRIS, PH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45 Å / Num. obs: 11089 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AFF

4aff


解像度: 3.099→48.73 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 555 5 %
Rwork0.2142 --
obs0.2169 11090 87.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.099→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4413 0 113 0 4526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0386151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0361707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049768
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0988-3.41050.36141420.30392691X-RAY DIFFRACTION90
3.4105-3.90390.31231400.24112683X-RAY DIFFRACTION90
3.9039-4.91770.23031390.17552641X-RAY DIFFRACTION88
4.9177-48.73590.23391340.19432520X-RAY DIFFRACTION83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.25432.1473-0.2424.44490.25131.1974-0.0274-0.29-0.3290.02290.2404-0.3219-0.1336-0.2305-0.1240.2755-0.1034-0.14820.50710.06970.2633-22.243418.7722.1558
27.24552.532-1.03461.67020.40225.28480.50860.36551.2952-0.07640.70312.34560.7024-0.3849-1.02030.699-0.0648-0.15050.56940.16311.1834-40.595617.43956.8239
36.8983.8857-7.79142.6994-4.33599.72540.57450.7138-0.61360.0266-0.91180.0462-0.88630.21370.07080.2519-0.0366-0.03070.52780.02950.4158-22.520823.4438-3.0806
47.87671.0145-0.42359.3043-3.68631.57420.04270.6714-0.1073-0.8768-0.0578-0.1595-0.39060.26080.23950.4459-0.0889-0.02380.3581-0.04450.2346-21.015714.7473-6.6107
52.49661.1980.06031.39940.52270.2917-0.0690.65020.6172-0.29760.20070.4705-0.0195-0.1285-0.03490.45850.0017-0.00660.49810.15680.3586-23.2425.5727-3.1084
68.2161-6.3428-1.85016.07932.40651.2267-0.6477-0.38630.6267-0.32190.6649-0.6516-0.80730.4356-0.16821.1492-0.3562-0.06260.4946-0.00470.1918-10.32831.2915-3.5393
74.70270.9355-0.12052.38452.18844.6143-0.06870.07630.579-0.32510.36560.82550.7561-0.6568-0.52950.6423-0.1952-0.24240.53510.40631.1365-46.358628.21210.4605
85.46420.15920.38272.58961.33885.30170.26461.05890.5005-0.2750.37510.74850.2979-0.0164-0.62210.46710.0631-0.06630.71180.42791.0625-42.664729.5927-1.002
92.1206-0.8215-0.98934.8567-1.51414.0975-0.10670.40120.4370.23910.07150.25430.0586-0.4831-0.04190.5679-0.0458-0.16460.87580.11480.3656-37.947226.7955-5.4999
102.408-2.9428-0.38723.7502-0.27245.24170.120.0641.6319-0.40970.3220.3382-0.22230.5528-0.1680.4257-0.06860.14040.1530.26020.9376-25.626742.44456.8408
115.63683.6137-5.45963.9188-2.2782.02720.74360.8856-0.19390.76480.30290.322-0.9469-1.0856-0.08420.44750.0381-0.01390.616-0.25180.6333-30.214336.68237.5933
125.8844-4.46354.83457.22720.43168.43650.3763-2.1797-1.84370.34730.7235-0.5842-0.46060.3727-0.96450.5813-0.0378-0.14141.06450.09760.692-14.078723.187612.8043
138.09270.92341.13646.4303-1.72887.0052-0.00770.22121.59030.23250.6471.1511-0.5658-1.2571-0.4860.43530.00970.17440.47030.1140.6593-24.726742.13111.6395
141.3552-0.5129-0.24631.9038-1.23352.09470.39260.10780.75930.74820.35871.0656-1.3822-0.39480.07350.01170.4512-0.09850.67580.5120.7956-29.85939.208-1.026
152.16443.4942-2.38187.4551-5.52376.03710.3060.00910.15260.32770.84120.96350.6381-0.4805-1.19610.3946-0.05050.20340.5576-0.14210.5673-26.257722.3576-32.3539
162.47574.4503-2.04588.7043-2.88694.2427-0.74830.0216-0.7352-0.98370.5469-2.06840.7927-0.32810.01110.5934-0.07470.18560.4108-0.0940.3889-16.9816.8132-39.5745
176.0232-4.86994.30974.5328-4.67865.79610.56150.47121.4023-1.2618-1.4408-1.17920.6439-0.16240.51740.36060.04070.16880.62720.05620.4937-26.861521.2019-40.3079
181.95971.6328-1.47179.98213.46063.64691.5404-0.14412.8995-0.06650.94830.3275-1.5221.2752-2.25640.9326-0.23990.6510.70270.07491.9744-23.484340.1131-38.5052
198.26330.13690.34016.1858-0.79616.0427-0.0088-0.76060.1010.90120.2544-0.1139-0.8318-0.1139-0.13180.5153-0.08770.28610.3884-0.11430.2783-22.70219.4568-31.8153
203.83494.9749-3.01126.6209-3.30454.28720.3326-2.64540.13750.6762-0.82360.19971.76481.71660.59120.79970.1552-0.00280.7248-0.1270.485-13.587330.3685-33.9994
211.76791.99870.9776.93753.16761.434-0.1866-0.2535-0.27240.82670.2331-0.25190.48670.2215-0.07840.7454-0.0030.07530.4447-0.01110.3708-35.404710.7899-31.5885
223.12281.7355-0.77015.5816-3.3014.51750.6150.23111.5457-0.4098-0.6467-0.15-0.04630.3435-0.30190.55140.0160.28620.5511-0.08611.2603-35.311840.7776-35.5994
233.1211-0.96990.93956.98042.34815.68490.66440.50690.3683-0.7308-0.12160.1169-0.6010.3962-0.50070.76150.00570.26650.52470.16620.7511-38.646233.0858-42.4078
242.16390.51680.30931.4042-0.7270.50170.3609-0.67740.56890.359-0.17730.3446-0.35890.2838-0.20740.87950.14240.68620.52860.03391.0135-36.487639.3767-29.4999
255.40460.0188-0.51222.2777-0.621.9156-0.16330.22531.72290.7379-0.2910.6748-0.5940.0908-0.11140.8212-0.10540.29960.5546-0.16690.829-31.617833.0338-29.3869
263.6615-0.2189-1.58582.16621.63083.87780.10831.22720.7294-0.11790.09621.49710.4895-0.77320.1290.29630.63240.31770.41380.00590.6765-45.490118.0323-42.2974
273.23910.6445-0.25311.0331-0.45342.279-0.0446-0.7492-0.30830.56480.80231.4312-0.4645-1.0766-0.81380.71240.40640.31440.83340.54881.2744-53.530523.1588-40.0011
286.6599-0.82831.73694.79980.821.57060.83980.4962-0.1718-1.283-0.1492-0.74970.070.7869-0.5880.60780.02750.16440.4899-0.03420.3431-29.69215.213-46.856
294.45761.8751-1.99073.0352-0.99077.2824-0.2756-0.72760.54210.95950.25151.1930.0671-0.34280.21590.6938-0.01780.25270.42110.1350.5674-42.642620.8417-37.4486
302.53941.12361.36973.18630.19621.3956-0.4540.0048-0.4590.91330.26661.01410.9202-0.12490.56570.7188-0.15960.33660.47670.06730.6303-44.274212.3868-37.2312
312.20692.45021.18022.94142.12984.9599-0.77820.992-0.2039-0.88040.42291.0214-1.02540.0957-1.00331.05510.05031.53350.81191.00250.9141-47.610336.6432-29.783
326.17661.76023.40540.87851.03782.93220.1811-0.47050.61251.6472.9712-1.80950.95652.4019-2.89921.25340.21280.27921.8424-0.44793.0398-53.513131.6421-30.131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 34 THROUGH 57 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 70 THROUGH 81 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 82 THROUGH 107 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 108 THROUGH 116 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 23 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 24 THROUGH 81 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 82 THROUGH 108 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 23 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 24 THROUGH 35 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 36 THROUGH 55 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 56 THROUGH 81 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 82 THROUGH 108 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 9 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESID 10 THROUGH 23 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 24 THROUGH 35 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 36 THROUGH 55 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 56 THROUGH 81 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESID 82 THROUGH 90 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESID 91 THROUGH 115 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESID 1 THROUGH 23 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESID 24 THROUGH 57 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E AND (RESID 58 THROUGH 81 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN E AND (RESID 82 THROUGH 111 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN F AND (RESID 1 THROUGH 21 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN F AND (RESID 22 THROUGH 28 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN F AND (RESID 29 THROUGH 55 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN F AND (RESID 56 THROUGH 68 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN F AND (RESID 69 THROUGH 95 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN F AND (RESID 96 THROUGH 107 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN F AND (RESID 108 THROUGH 114 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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