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万見
- PDB-4c2k: Crystal structure of human mitochondrial 3-ketoacyl-CoA thiolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c2k
タイトルCrystal structure of human mitochondrial 3-ketoacyl-CoA thiolase
要素3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID METABOLISM / MITOCHONDRIAL BETA-OXIDATION / THIOLYTIC CLEAVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / acetyl-CoA hydrolase / acetyl-CoA hydrolase activity / palmitoyl-CoA hydrolase / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / acetyl-CoA C-acetyltransferase / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / acetyl-CoA hydrolase / acetyl-CoA hydrolase activity / palmitoyl-CoA hydrolase / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / acetyl-CoA C-acetyltransferase / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / cholesterol biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation / cellular response to hypoxia / nuclear body / ciliary basal body / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 3-ketoacyl-CoA thiolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kiema, T.-R. / Harijan, R.K. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure of Human Mitochondrial 3-Ketoacyl-Coa Thiolase (T1): Insight Into the Reaction Mechanism of its Thiolase and Thioesterase Activities
著者: Kiema, T.-R. / Harijan, R.K. / Strozyk, M. / Fukao, T. / Alexson, S.E.H. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
B: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
C: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
D: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,82030
ポリマ－176,5824
非ポリマー2,23926
水8,791488
1
A: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
B: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,52714
ポリマ－88,2912
非ポリマー1,23712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint10.9 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
2
C: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
D: 3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,29316
ポリマ－88,2912
非ポリマー1,00214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area27270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.730, 196.770, 79.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9225, -0.3689, 0.1135), (-0.3587, 0.7107, -0.6052), (0.1426, -0.599, -0.7879)-5.05941, 2.68978, 10.5261
2given(-1, 0.002908, -0.004478), (-0.005051, -0.7871, 0.6168), (-0.001732, 0.6168, 0.7871)10.2605, -73.2041, 25.7465
3given(0.9231, 0.3656, -0.119), (0.3643, -0.9307, -0.03329), (-0.1229, -0.01262, -0.9923)15.3556, -68.612, 35.4807
4given(0.9242, 0.3671, -0.1049), (0.3659, -0.9301, -0.03191), (-0.1093, -0.008907, -0.994)15.2533, -68.6995, 35.6856
5given(-0.9998, -0.00518, -0.01984), (-0.008114, -0.7887, 0.6147), (-0.01883, 0.6148, 0.7885)10.3004, -73.1544, 25.8088
6given(-0.9248, -0.3607, 0.1209), (-0.3598, 0.7258, -0.5863), (0.1238, -0.5857, -0.801)-5.13477, 2.40449, 10.4708

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要素

#1: タンパク質
3-KETOACYL-COA THIOLASE, MITOCHONDRIAL / ACETYL-COA ACYLTRANSFERASE / BETA-KETOTHIOLASE / MITOCHONDRIAL 3-OXOACYL-COA THIOLASE / T1 / 3- ...ACETYL-COA ACYLTRANSFERASE / BETA-KETOTHIOLASE / MITOCHONDRIAL 3-OXOACYL-COA THIOLASE / T1 / 3-KETOACYL-COA THIOLASE


分子量: 44145.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42765, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.6 / 詳細: 100 MM MES PH 6.6, 15% MME-PEG5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.17 Å / Num. obs: 109515 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.07
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DM3

1dm3


解像度: 2→48.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.525 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. SOME OR THE SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUES LYS A 38, LYS A 137, LYS A 143, GLU A 177, LYS A 209, LYS A 211, LYS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. SOME OR THE SIDE CHAIN ATOMS OF RESIDUES LYS A 38, LYS A 137, LYS A 143, GLU A 177, LYS A 209, LYS A 211, LYS A 212, LYS A 214, GLN A 226, THR A 228, GLU A 230, LYS A 234, LYS A 241, LYS A 305, LYS A 312, MET B 1, LEU B 4, LYS B 137, LYS B 171, LYS B 173, GLU B 177, GLU B 178, LYS B 209, THR B 210, LYS B 214, GLN B 226, GLN B 233, LYS B 234, LYS B 269, LYS B 270, LYS B 305, LYS B 312, ILE B 338, LYS C 38, LEU C 60, ASN C 131, SER C 140, ASP C 141, GLU C 177, GLU C 178, LYS C 209, THR C 210, LYS C 214, GLN C 215, GLN C 226, GLU C 230, GLN C 233, LYS C 234, LYS C 241, ASP C 242, LYS C 269, ARG C 278, LYS C 305, LYS D 45, GLU D 49, LYS D 109, LYS D 137, LYS D 143, GLN D 158, LYS D 173, LYS D 181, LYS D 209, THR D 210, LYS D 211, LYS D 212, GLN D 215, ARG D 224, GLN D 226, GLU D 230, LYS D 234, LYS D 241, THR D 274, LYS D 305, LYS D 312 HAVE POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22889 5461 5 %RANDOM
Rwork0.19527 ---
obs0.19695 104049 99.65 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.104 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0.81 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11712 0 140 488 12340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01912013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0211839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.97616198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191327269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8851577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22624.592453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.998152044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2331564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02113593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.23006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.210648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.25982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.26465
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0450.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2532.35812013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6112.47411839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3043.4816198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 393 -
Rwork0.222 7738 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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