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- PDB-4c1o: Geobacillus thermoglucosidasius GH family 52 xylosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c1o
タイトルGeobacillus thermoglucosidasius GH family 52 xylosidase
要素BETA-XYLOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GH52
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / : / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 52 / Glycosyl hydrolase family 52 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Espina, G. / Eley, K. / Schneider, T.R. / Crennell, S.J. / Danson, M.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A Novel Beta-Xylosidase Structure from Geobacillus Thermoglucosidasius: The First Crystal Structure of a Glycoside Hydrolase Family Gh52 Enzyme Reveals Unpredicted Similarity to Other ...タイトル: A Novel Beta-Xylosidase Structure from Geobacillus Thermoglucosidasius: The First Crystal Structure of a Glycoside Hydrolase Family Gh52 Enzyme Reveals Unpredicted Similarity to Other Glycoside Hydrolase Folds
著者: Espina, G. / Eley, K. / Pompidor, G. / Schneider, T.R. / Crennell, S.J. / Danson, M.J.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Data collection
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,16434
ポリマ－82,2001
非ポリマー2,96433
水11,476637
1
A: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子

A: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,32768
ポリマ－164,3992
非ポリマー5,92866
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area18590 Å2
ΔGint-91.9 kcal/mol
Surface area46310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.557, 105.143, 195.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2326-

HOH

21A-2535-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BETA-XYLOSIDASE


分子量: 82199.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)
株: TM242 / 解説: TMO RENEWABLES / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067XG64*PLUS, xylan 1,4-beta-xylosidase

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非ポリマー , 7種, 670分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細GLYCEROL (GOL): CRYOPROTECTANT
配列の詳細TM242 IS A PROPRIETARY STRAIN BELONGING TO TMO RENEWABLES. OTHER G. THERMOGLUCOSIDASIUS XYLOSIDASE ...TM242 IS A PROPRIETARY STRAIN BELONGING TO TMO RENEWABLES. OTHER G. THERMOGLUCOSIDASIUS XYLOSIDASE SEQUENCES IN THE DATABASES WILL BE SIMILAR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10MG/ML BETA-XYLOSIDASE IN 50MM TRIS-HCL PH8, 150MM NACL, MIXED EQUIVOLUME WITH 0.1M MES PH6, 0.4M AMMONIUM SULPHATE AND 25% PEG3350. CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD., pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→195 Å / Num. obs: 83431 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 21.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→97.782 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 4165 5 %
Rwork0.1404 --
obs0.142 83366 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→97.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5604 0 188 637 6429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2618423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9162302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071095
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.71930.22591190.222612X-RAY DIFFRACTION100
1.7193-1.73960.2431300.20982625X-RAY DIFFRACTION100
1.7396-1.76080.24251490.19862591X-RAY DIFFRACTION100
1.7608-1.78310.1921400.18962650X-RAY DIFFRACTION100
1.7831-1.80650.24571450.18492555X-RAY DIFFRACTION100
1.8065-1.83130.22041200.18272682X-RAY DIFFRACTION100
1.8313-1.85750.18841400.17542556X-RAY DIFFRACTION100
1.8575-1.88520.20651240.16492711X-RAY DIFFRACTION100
1.8852-1.91460.21661420.16122560X-RAY DIFFRACTION100
1.9146-1.9460.17961260.15662671X-RAY DIFFRACTION100
1.946-1.97960.19711230.15942600X-RAY DIFFRACTION100
1.9796-2.01560.20041310.15612640X-RAY DIFFRACTION100
2.0156-2.05440.20641220.1542649X-RAY DIFFRACTION100
2.0544-2.09630.19151460.14562606X-RAY DIFFRACTION100
2.0963-2.14190.18421490.14572642X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.19170.161350.14692622X-RAY DIFFRACTION100
2.1917-2.24650.1851160.14092641X-RAY DIFFRACTION100
2.2465-2.30730.17611320.13762659X-RAY DIFFRACTION100
2.3073-2.37520.17911480.13352624X-RAY DIFFRACTION100
2.3752-2.45180.16911490.13172626X-RAY DIFFRACTION100
2.4518-2.53950.19691390.13332641X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.64120.18581390.13472616X-RAY DIFFRACTION100
2.6412-2.76140.17411580.1372628X-RAY DIFFRACTION100
2.7614-2.9070.17511290.12862683X-RAY DIFFRACTION100
2.907-3.08910.13991430.13092641X-RAY DIFFRACTION100
3.0891-3.32760.17281520.12822647X-RAY DIFFRACTION100
3.3276-3.66250.13061490.1222659X-RAY DIFFRACTION100
3.6625-4.19250.14051610.11052666X-RAY DIFFRACTION100
4.1925-5.28210.1381580.1182707X-RAY DIFFRACTION100
5.2821-97.94460.21671510.17682791X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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