UNKNOWN ATOM OR ION (UNX): UNIDENTIFIED FEATURE ASSIGNED AS UNX UNKNOWN ATOM OR ION. UNKNOWN LIGAND ...UNKNOWN ATOM OR ION (UNX): UNIDENTIFIED FEATURE ASSIGNED AS UNX UNKNOWN ATOM OR ION. UNKNOWN LIGAND (HSE): UNIDENTIFIED LIGAND MODELED AS HOMOSERINE.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.48 % 解説: MOLECULAR REPLACEMENT MODEL WAS A MIRO STRUCTURE DETERMINED BY SAD PHASING OF SEMET-LABELED PROTEIN.
結晶化
pH: 8 詳細: 5.0 MG/ML MIROS,1.9 M LISO4, 0.1 M BIS-TRIS PH 8.0, 5 MM EGTA; CRYSTALS WERE SOAKED IN 30 MM MGCL2, 20 MM GDP FOR 72H PRIOR TO DATA COLLECTION.
モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3→52.2 Å / Num. obs: 12487 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 82.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度: 3→3.24 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHENIX
(PHENIX.REFINE)
精密化
MOSFLM
データ削減
Aimless
データスケーリング
PHENIX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: INITIAL MODEL FROM PRIOR DATASET 解像度: 3→25.825 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 33.27 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: REFINEMENT NUMBER OF REFLECTIONS TREATS ANOMALOUS PAIRS SEPARATELY.
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2585
1107
4.9 %
Rwork
0.2145
-
-
obs
0.2166
12299
97.41 %
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL